В первые годы после назначения министром Уолсингем неоднократно ездил с различными дипломатическими поручениями за границу, выступая одновременно в качестве посла и главы секретной службы королевы. В течение этих лет он в основном руководил людьми, принятыми на службу Берли. Однако в последующее десятилетие Уолсингем создает собственную разведывательную сеть, сыгравшую немалую роль в борьбе между Испанией и католической реакцией, с одной стороны, и елизаветинской Англией – с другой.
План Филиппа II и его сторонников – германского императора, римского папы и всех сил католической контрреформации, оставался прежним: уничтожение такого очага «ереси», как голландские и бельгийские владения испанской короны (которые с этой целью следует отрезать от всякой помощи со стороны Англии), свержение с престола Елизаветы, возведение на английский трон Марии Стюарт, предлагавшей свою руку испанскому королю, и, таким образом, установление полной гегемонии Испании и католицизма. Если бы не удалось свергнуть Елизавету с помощью тайной войны, в резерве оставался план высадки в Англии испанской армии, считавшейся лучшей в Западной Европе.
Англия стремилась сорвать эти планы, прежде всего организовав непрерывную войну против испанского судоходства. Захват и ограбление испанских кораблей английскими корсарами одновременно ослабляли Испанию и заметно увеличивали ресурсы Англии. В задачу английской секретной службы входило, прежде всего, парирование заговоров, наблюдение за подготовкой к высадке в Англии испанской армии и, наконец, сбор информации, который облегчал бы английским пиратам войну на море. Разведывательная сеть Уолсингема в целом весьма успешно справилась со всеми этими заданиями.
Ревностный кальвинист, верящий в доктрину предопределения, Уолсингем был искренне убежден, что принадлежит к числу избранников божьих. Его сеть состояла из костяка в виде доверенных, постоянно используемых людей, и более значительного количества агентов, используемых от случая к случаю, за скромную плату.
Англия еще не была той богатой страной, какой она стала впоследствии. Елизавета хорошо знала счет деньгам и отпускала их на секретную службу не очень щедрой рукой. Уолсингем не имел под рукой чиновничьего аппарата, которому он мог бы передоверить руководство сложной машиной разведки. Главный секретарь сам поддерживал связь со всей многочисленной агентурой. Ближайшими помощниками Уолсингема были его личные секретари – Френсис Миллс и Томас Фелиппес. Фелиппес знал много иностранных языков, его по праву считали непревзойденным специалистом в чтении зашифрованных текстов, подделке почерков, открытии писем без ломки печатей. Известен и другой доверенный «эксперт» Уолсингема – Артур Грегори – специалист по незаметному вскрытию писем без повреждения конверта и по фабрикации поддельных печатей.
Иезуитский орден продолжал подготовку к «обращению» Англии. Один за другим высаживались на английский берег иезуитские лазутчики, тайно проповедовавшие против «еретической» королевы и, главное, занимавшиеся сколачиванием всех сил католической партии, подготовкой новых заговоров в пользу Марии Стюарт, новых восстаний, которые помогли бы намеченному вторжению испанской армии.
Призванным руководителем заговоров был отец Роберт Парсонс, в 1580 г. лично возглавляющий иезуитскую «миссию», которая тайно посетила Англию. Он был главным противником Уолсингема в тайной войне, неутомимо плетя из Рима все новые и новые сети заговоров. Иезуитам удалось даже печатать подпольно в Англии памфлеты против королевы. Парсонс озаботился составлением плана будущего государственного устройства Англии после победы Филиппа и иезуитов. Католические епископы должны были получить право назначать членов палаты общин английского парламента, вводилась инквизиция.
Другими видными руководителями католических заговоров были кардинал Аллен и уэлсский дворянин Хью Оуэн. Эмигрировав, Оуэн, совместно с Парсонсом и Алленом, разработал детальный план вторжения в Англию испанских войск. В течение нескольких десятилетий испанское правительство выплачивало Оуэну приличную пенсию. Дом Оуэна в Брюсселе стал шпионским центром католических держав, боровшихся против Англии.
Борьба была беспощадной. Оуэн и Парсонс однажды едва не попали в руки отряда английских войск, сражавшихся во Фландрии. В другой раз Оуэну и его агентам удалось побудить к дезертирству отряд, состоявший из солдат-уэлсцев, который вдобавок без боя сдал испанцам крепость Девентер. Командир отряда Уильям Стенли стал полковником испанской службы. Его отряд, действовавший во Фландрии, пополнялся за счет эмигрантов-католиков.