Борьба продолжалась. Наученные горьким опытом, испанцы постарались наладить работу своей разведки и контрразведки. Во главе ее в 90-х годах был поставлен Андре Веласкес де Веласко, которому были подчинены все учреждения и лица, занимавшиеся разведкой и контршпионажем. (Позднее, в 1613 г., была официально создана должность «главного шпиона», которую занял Веласко).
В 90-е годы испанцам удалось получить доступ к секретам английского Тайного совета, отчеты о деятельности которого регулярно доставлялись в Мадрид.
В 1597 г. некто по имени Эдмонд Палмер предложил испанским властям открыть «все тайны Англии, а также многих шпионов, находящихся в Испании, равно как и их планы». Испанские власти приняли условия. Палмер успел даже оговорить, чтобы ему предоставлялась часть доходов от конфискации имущества английских купцов-шпионов, которых он выдал испанцам. Кроме того, Палмер, прошедший школу Уолсингема, счел глупым пренебрегать и доходами, которые давала английская служба. В течение семи лет (до 1604 г.) он посылал свои отчеты и в Лондон, получая положенную мзду.
Вначале войны Испании с Англией Барли поступил на испанскую службу. Новый испанский чиновник усердно предлагал завербовать во флот короля Филиппа II многих англичан-католиков. Однако в Мадриде побоялись таким путем сыграть на руку английским агентам, маскировавшимся под эмигрантов-католиков, и отвергли предложение Барли.
Эти опасения еще более усилились, когда через некоторое время поползли слухи, что Барли – английский лазутчик. В 1595 г. он был арестован и всю войну просидел в тюрьме. Только в 1603 г. его освободили, объяснили, что арест был ошибкой, и разрешили служить во флоте. Разгадку этого странного дела можно найти в мемуарах английского адмирала Уильяма Монсона. Роберт Сесиль послал Барли письмо, в котором выражал благодарность за его (вымышленные английской разведкой) заслуги на службе королевы. Испанцы поверили и запрятали в тюрьму одного из своих наиболее деятельных сторонников из числа английских эмигрантов.
Несмотря на ряд провалов, шпионская сеть Сесиля в Испании функционировала до самого конца войны. В частности, он имел восемь резидентов в главных испанских городах и портах. Еще до смерти Елизаветы он завязал тайную переписку с Яковом, шотландским королем, обещая полную поддержку его притязаний на наследование английского престола. В 1601 г. посланцы Якова явились в Лондон и были поражены радостной вестью: всесильный Роберт Сесиль встал на сторону шотландского короля. На тайном свидании в доме Сесила был согласован код, использовавшийся для переписки. Яков обозначался цифрой 30, Елизавета – 24, Сесиль – 10, все остальные видные лица также получили свои номера.
Лукавый «10» быстро сумел опутать Якова, фактически подсказывая ему программу действий. Сесиль ратовал за своего кандидата неспроста – таким путем он стремился обеспечить себе милости будущего короля Англии и устранить с пути других возможных претендентов (особенно испанскую принцессу Изабеллу, которой Филипп II передал свои «права» на английский трон).
Однако в глазах старой, цеплявшейся за жизнь Елизаветы тайные переговоры за ее спиной с Яковом ничем не отличались от государственной измены. Дабы никто не посмел ее так назвать, Сесиль облекал обмен письмами с Яковом покровом глубокой тайны. Секретная служба Елизаветы на этот раз действовала против самой королевы.
Однажды, когда государственный секретарь Роберт Сесиль сопровождал королеву в поездке, внимание Елизаветы привлек звук почтового рожка. Она приказала остановить гонца и передать секретарю Сесилю пакеты, присланные ему из Эдинбурга. Бледный Сесиль взял бумаги, не зная, на что решиться. Не распечатывать пакеты – значит заведомо навлечь подозрение Елизаветы, а открыть – кто знает, что содержит присланная корреспонденция. Министра выручила находчивость. Он взял ножик у одного из придворных, вскрыл конверт, понюхал его и объявил, что письмо следует подержать на свежем воздухе, прежде чем зачитывать в присутствии ее величества, так как оно издает скверный запах. Сесиль знал отвращение королевы к плохим духам, оно оказалось сильнее подозрительности. Он смог без посторонних глаз просмотреть корреспонденцию, прежде чем ознакомить с ней Елизавету.
Тайная связь главы английской тайной службы с иностранным монархом продолжалась вплоть до того долгожданного для Якова дня весны 1603 г., когда гонец на взмыленном коне прискакал в Эдинбург и объявил шотландскому королю о смерти старой королевы. Яков VI шотландский становился отныне английским королем Яковом I.