Между тем отставной шпион, занимая выгодную должность в управлении Лондонского порта, не терял надежды завоевать признательность Сесиля и снова оказаться у него на службе. Внимательно приглядываясь к приезжающим и уезжающим пассажирам, Фелиппес учуял назревающий заговор и решил произвести розыск на собственный страх и риск.
С этой целью Фелиппес надумал завязать тайную переписку с признанным руководителем эмигрантов и многолетним организатором заговоров Хью Оуэном в Брюсселе. Переписка оказалась односторонней, так как не менее опытный интриган Оуэн заподозрил подвох в письмах, приходивших от некоего «Винцента» (так подписывал свои послания Фелиппес). Однако такое препятствие, не могло остановить старого подделывателя писем, которых великодушно взял на себя сочинение и ответных посланий Оуэна, фигурировавшего под именем «Бенсон».
Фелиппес не учел одного, что не только он, но и Роберт Сесиль прошел школу Уолсингема. Сравнив перехваченные письма «Винсента» и «Бенсона», Сесиль сразу же сообразил, в чем здесь дело. В январе 1605 г. разгневанный министр приказал арестовать шпиона, который во всем сознался. Жалуясь на бедность, шпион открыл еще один мотив своих действий: он хотел через Оуэна, связанного с мадридским двором, попользоваться деньгами, которые щедро рассыпал испанский посол в Лондоне, чтобы укрепить партию сторонников недавно заключенного мира. Если бы только служащий Лондонского порта мог знать, что несметно богатый Сесиль и здесь обогнал его, сразу же после заключения мира приняв пенсию от испанского правительства, которому обещал выдавать английские государственные секреты.
За самовольное вмешательство в государственные дела Сесиль отправил Фелиппеса в тюрьму, где тот и оставался до весны. Свой досуг шпион заполнял покаянными письмами и просьбами о прощении и предложениями быть полезным.
Старый шпион на этот раз не лгал. После освобождения из тюрьмы Фелиппес был разоренным человеком. Он только и мечтал поправить свои дела, нанявшись к Сесилю. Вместо этого в январе 1606 г., за несколько дней до суда над участниками «Порохового заговора», Фелиппеса снова арестовали и посадили в Тауэр.
Предыстория второго ареста заслуживает внимания, кроме всего прочего, характеризуя приемы «работы» фактического правителя Англии. Вместе с Фелиппесом, когда он служил у Уолсингема, трудился и другой опытный подделыватель писем и профессиональный шпион, Томас Барнс, пытавшийся, в частности, по поручению правительства втереться в доверие к Хью Оуэну и стать его агентом. В отличие от Фелиппеса он еще оставался на службе в 1605 г.
Как раз в самом конце года Барнс, по прямому указанию Сесиля, подделал письмо Фелиппеса к Оуэну. Через несколько дней Барнсу вручили заграничный паспорт, подписанный самим Сесилем. Паспорт был выдан на имя Томаса Вильсона, одного из секретарей Сесиля (осталось неизвестным, не был ли Барнс этим самым «секретарем Вильсоном» и в Англии).
Поставив подпись на паспорте Барнса-Вильсона, Сесиль в тот же день написал коменданту города Дувра сэру Томасу Фейну. В письме было сказано, соблюдая строжайшую тайну, арестовать человека по имени Томас Вильсон, который предполагает покинуть страну. И к великому негодованию Вильсона, он был арестован, несмотря на его клятвенные заверения, что здесь произошла какая-то ошибка и что он действует строго в соответствии с приказаниями Левинуса Мунка, главного секретаря всесильного министра. Фейн, согласно инструкции, поместил Вильсона в одиночную камеру, а захваченные при нем письма переслал в Лондон на имя Сесиля и лорда Нортгемптона, который занимал должность королевского наместника нескольких южных городов, включая Дувр.
Авантюра заключалась в том, что формально в первый раз Фелиппес был арестован по приказанию не Сесиля, а Нортгемптона. Теперь же Нортгемптон, не подозревая интриги, отдал приказ о вторичном аресте Фелиппеса. Таким образом, министр, с одной стороны, добился полной изоляции Фелиппеса, а с другой – мог делать вид, что арест произведен без малейшего его, Сесиля, ведома и участия. Одновременно, с точки зрения министра, арест Барнса был также не лишней острасткой для этого агента. Барнса вскоре освободили и разрешили следовать во Фландрию, куда он и отправился, многократно заверяя Сесиля в своей верности ему и преданности делам службы.
А Фелиппес оставался сидеть в Тауэре. В судьбе бывшего шпиона проявили участие два человека, можно сказать, его сослуживцы – Левинус Мунк и комендант Тауэра сэр Уильям Уэйд, известный как жесточайший истязатель заключенных и провокатор. Таким образом, Фелиппес бы не только изолирован, но и попал в положение, когда единственным выходом было оказать крупную услугу Сесилю, перед которым за него уже ходатайствовали Мунк и Уэйд. Не стоит забывать также, что до января 1606 г. Сесиль мог пользоваться услугами Барнса, заботливо посланного во Фландрию, подобно тому, как Фелиппес был отправлен в Тауэр. Именно в это время суду была представлена «Исповедь» Томаса Винтера.