Устав и правила иезуитов были специально направлены на то, чтобы превратить их в ревностных проповедников и агентов католицизма, при этом нередко агентов тайных или действующих с помощью создаваемой ими секретной службы. Очень часто исповедник короля или глава иезуитской семинарии был по существу резидентом, которому подчинялась обширная шпионская сеть, или главой шпионской школы, готовившей не столько проповедников, сколько священников, прослушавших курс общих религиозных и специальных разведывательных «наук» и ставших вполне подготовленными разведчиками или диверсантами. Часто проповедник и разведчик совмещались в одном лице. Иногда иезуитский шпион обходился и без «проповеднического прикрытия».
Агентами ордена могли быть как его члены, так и светские лица. Как правило, сами иезуиты брали на себя роль тайной направляющей силы, совершая наиболее темные дела чужими руками. Порой лазутчики «Общества Иисуса» строили интриги прямо на территории противника, в других случаях они действовали исподтишка, через подставных лиц, оставаясь при этом в других странах, вне досягаемости своих врагов. Так поступали, например, иезуиты, создавшие свои шпионские центры в занятой испанскими войсками части Нидерландов (в последней трети XVI в. и в начале XVII в.). Иезуитские разведчики могли то поддерживать короля против знати, то знать против короля, они разжигали народные волнения, тайно или явно проповедовали тираноубийство – в зависимости от целей, которые в данный момент и в данной стране преследовал орден.
Иезуиты приветствовали и поддерживали попытки установления в Европе господства одной католической державы, считая, что создание подобной универсальной монархии будет сопровождаться торжеством католицизма над реформацией. Поэтому во второй половине XVI в. и в начале XVII в. орден всеми силами поддерживал притязания испанских и австрийских монархов Габсбургов на европейскую гегемонию. «Общество Иисуса» не считалось с тем, что подобная перспектива нарушала интересы других католических государей, дружелюбно относившихся к иезуитам, и что успеха этих планов страшился даже римский папа Сикст V (он боялся превратиться в простого духовного вассала испанского короля).
К началу XVII в. выявился крах великодержавных планов Филиппа II и его приемников, а Тридцати летняя война (1618–1648 гг.), по сути, покончила с притязаниями на гегемонию, которую продолжала выдвигать австрийская ветвь Габсбургов. Тогда иезуиты перенесли все свои симпатии на Францию, в свою очередь начавшую претендовать на господствующее положение на европейском континенте.
Помимо разведывательной службы, иезуитский орден имел и свою контрразведку. Обязанность вылавливать вражеских лазутчиков в собственных рядах лежала на всех иезуитах. С течением времени ордену пришлось опасаться не столько агентов противника в собственном лагере, сколько перебежчиков. По мере того, как разоблачалось истинное лицо ордена, увеличивалось и число иезуитов, на верность которых орден не мог вполне полагаться. Особенно опасными были те, которые выступали с разоблачением тайн ордена. В отношении этих лиц активно действовала иезуитская «контрразведка». Так, в протестантской Голландии появились направленные против ордена сочинения бывшего иезуита Петра Ярриге.
Не имея возможности покарать отступника, иезуиты вначале ограничились сожжением его изображения и полемическими трактатами. На сторону Ярриге немедленно встали протестанты, потому полемика больше повредила, чем помогла иезуитам, привлекая общее внимание к его разоблачениям. Полемика была прекращена, а в город Лейден, где проживал Ярриге, отправилась тайная делегация во главе с отцом Понтелье с целью побудить бывшего коллегу вернуться в «Общество Иисуса». Иезуиты привезли Ярриге бумагу с подписью генерала ордена, содержащую полное прощение всех грехов отступника. Ярриге раскаялся, вернулся в орден и написал опровержения своих прежних еретических сочинений.
Противники иезуитов утверждали, что все это было лишь комедией, разыгранной для сокрытия следов преступления. По этой версии, иезуитские посланцы убили или похитили Ярриге, которого никто из посторонних с тех пор не видел.