Здание монастыря св. Флориана было построено в конце XVII — первой половине XVIII века. Это импозантное четырехугольное строение с внутренним двором, выдержанное в стиле итальянского барокко, по архитектурной роскоши напоминало дворец. Наряду с богатой картинной галереей и большой библиотекой одной из главных достопримечательностей монастыря являлся великолепный орган, построенный в 1770-х годах мастером Францем Хрисманном. С этим замечательным инструментом связаны первые глубокие впечатления юного Брукнера от искусства органной игры. Новый певчий с наслаждением слушал вдохновенные импровизации органиста монастыря Антона Каттингера. Искусство Каттингера стало для Брукнера практическим руководством: маститый музыкант принял на себя заботы по его обучению игре на клавире и органе; занятия, естественно, проводились не на главном большом инструменте, а на маленьком, так называемом воскресном органе.
Конечно, музыкальное обучение в монастыре не преследовало цели специального профессионального образования; оно составляло часть программы подготовки будущих учителей, в которую наряду с общеобразовательными дисциплинами входили пение, игра на музыкальных инструментах, изучение техники генерал-баса. Трое мальчиков-певчих народной школы, включая Антона, жили в здании монастыря. Помимо уроков игры на клавире и органе, Брукнер обучался игре на скрипке у Франца Грубера, ученика Игнаца Шуппанцига (последний был близким другом Бетховена и известным исполнителем его квартетов в качестве первой скрипки). Получив разностороннее образование, Брукнер после мутации голоса, наступившей в 1839 году, смог играть во время церковной службы на скрипке или органе. Все это, конечно, создавало благоприятные предпосылки для формирования из одаренного подростка профессионала-музыканта. Однако сам Брукнер был еще очень далек от понимания своего истинного призвания. Когда его однажды спросили, кем он хочет стать, «духовным лицом или школьным учителем, как его отец», то воспитанный в почитании семейной традиции юноша не задумываясь ответил: «Как отец!»
Решение молодого Брукнера избрать профессию школьного учителя надолго предопределило его жизненную судьбу. После специальной подготовки в школе при монастыре 16-летний Брукнер был послан в Линц для прохождения особого курса при Нормальной главной школе; окончившие 10-месячный подготовительный курс получали звание «помощника [учителя] обычной школы» (Gehilfe für Trivialschulen). 1 октября 1840 года Брукнер успешно выдержал вступительный экзамен и был принят. В соответствии с будущими разнообразными обязанностями помощника учителя в число изучаемых предметов входили чтение, письмо, арифметика, география, история, а также пение, гармония, генерал-бас, игра на органе. К счастью для Брукнера, преподавание музыкально-теоретических дисциплин на курсе вел Август Дюрнбергер, известный глубокими научно-музыкальными познаниями. Его «Элементарный учебник гармонии и генерал-баса» (1841) стал для будущего композитора настольной книгой. Позднее Брукнер говорил: «Эта книга сделала из меня того, кем я стал». Дюрнбергер не только посвятил Брукнера в тайны гармонии, но и ввел его в возвышенный мир музыки И. С. Баха. Дружественные отношения с Дюрнбергером сохранились у Брукнера и впоследствии.
Пребывание в Линце, главном городе Верхней Австрии, способствовало расширению музыкального кругозора молодого Брукнера. Как органисту ему довелось участвовать в воскресных исполнениях «курсантами» месс Гайдна и Моцарта под руководством Дюрнбергера. Другим источником новых впечатлений были концерты основанного в 1821 году линцского Музыкального общества. Из произведений, исполнявшихся в Линце, наибольшее впечатление на него, вероятно, должны были произвести увертюры к операм К. М. Вебера «Вольный стрелок» и «Эврианта», а также Четвертая симфония Л. Бетховена.
Будучи ревностным и одаренным учеником, Брукнер 16 августа 1841 года блестяще сдал выпускной экзамен и получил звание школьного помощника. 3 октября он приступил к исполнению обязанностей в Виндхааге, небольшой бедной деревне в Верхней Австрии, близ границы с Чехией. Условия жизни были суровыми. За 12 гульденов в год и скудное питание приходилось беспрекословно подчиняться местному учителю, «шульмейстеру» Фуксу, который нещадно эксплуатировал своего помощника, заставляя выполнять тяжелую и грязную работу. День школьного помощника начинался летом в 4 часа утра, зимой в 5; в его обязанности входило ударом в колокол возвещать наступление дня, косить траву, одевать священника к мессе, играть во время службы на органе, проводить занятия в классе с 71 (!) учеником и работать на поле. Вечером школьный помощник звоном колокола возвещал окончание дня, затем переписывал ноты для учителя и наконец ужинал вместе со служанкой.