После этого он стал делать наброски к «Армиде». Это тоже было не новое либретто. Ярослав Врхлицкий, крупнейший знаток романской литературы в Чехии, сочинил его сразу же после завершения перевода на чешский язык поэмы Торквато Тассо «Освобожденный Иерусалим», а уже в 1887 году этот перевод был напечатан. В «Армиде» Врхлицкого есть ряд отклонений от поэмы Тассо.
Войско крестоносцев во главе с Готфридом Бульонским осаждает Дамаск. Сирийский король-волшебник Йемен предлагает Армиде — дочери своего союзника Гидраота — проникнуть в лагерь противника, своей красотой очаровать рыцарей и вызвать среди них распри, чтобы легче было их разгромить. Армида не хочет этого делать, но Йемен силой волшебства дает возможность девушке взглянуть на вражеский стан, где среди рыцарей она узнает Ринальда, с которым случайно встретилась в лесу и которого полюбила. Армида отправляется во вражеский стан. С помощью своего возлюбленного, несмотря на противодействие пустынника Петра, разгадавшего ее намерения, Армида проникает к Готфриду Бульонскому. Она хочет заманить его в город и там убить, но любовь к Ринальду заставляет ее забыть о своем намерении. Она увлекает юношу в волшебные сады Йемена, чтобы там насладиться его ласками. Разгневанный Йемен сообщает двум рыцарям, которые ищут Ринальда, что спасти его от любовных чар может только щит архангела Михаила, спрятанный в замке. Рыцари завладевают этим щитом. Ринальд возвращается к войску. В начавшейся битве он убивает Йемена и смертельно ранит Армиду, не узнав ее в мужском платье. Ринальд горячо оплакивает свою возлюбленную. Армида, умирая, принимает христианство.
Трудно сказать, какие причины побудили Дворжака написать оперу на это либретто, сильно отличающееся от общей тематики его произведений: отсутствие другого текста, высокое качество работы Врхлицкого и желание закрепить с ним дружбу или поиски чего-то нового, что побудило бы искать и новые средства выразительности в музыке. Дворжак знал, что на сюжет поэмы Тассо написано много десятков опер, начиная с созданной еще в 1624 году оперы Клаудио Монтеверди «Единоборство Танкреда и Клоринды». Наряду с посредственными композиторами, образами поэмы Тассо вдохновлялись Люлли, Гендель, Глюк, Россини. Но если в свое время античные и рыцарские сюжеты сыграли бесспорно положительную роль в утверждении «светских» основ оперного искусства, «Армида» Врхлицкого — Дворжака была явлением далеким от круга интересов чешской общественности, строившей свою национальную культуру. Великолепно сделанная Врхлицким «интерпретация» поэмы Тассо не содержала идеи, которая как мостик могла бы соединить образы архаического прошлого с современностью.
«Армиду» Дворжака нельзя считать произведением абсолютно вненациональным, как это пытаются некоторые утверждать. В музыке ее довольно ясно ощущаются мелодические истоки чешской песенности. Тема, характеризующая войско крестоносцев, напоминает таборитские гимны. Но наряду с этим в партитуре «Армиды» есть и кризисные черты позднего западноевропейского романтизма, сказавшиеся в предельном усложнении гармонического языка, а главное — в налете религиозного мистицизма (хоралоподобный «мотив креста», проходящий через всю оперу). Эта противоречивость в музыкальном языке и архаическое либретто, никак не связанное с действительностью, очевидно, и были причиной неуспеха оперы.
Дворжак, работавший всегда с увлечением, «Армиду» с самого начала прятал даже от ближайших друзей. Никому не проигрывал ее тем, не рассказывал замысла оперы. А в кругу семьи говорил: «Вот будут удивляться новой опере!»
Он рассчитывал, что «Армида», которая давалась ему значительно труднее предыдущих опер, получится его самой совершенной работой. Впрочем, такое чувство его охватывало каждый раз, когда он начинал новое сочинение. Однако «Армида» не оправдала его надежд и мало принесла ему радости. Огорчения начались уже после того, как была закончена партитура (17 августа 1903 года).
Коваржовиц, взявщийся ставить оперу, провел всего несколько репетиций и под благовидным предлогом уклонился от этой работы, передав ее второму дирижеру Франтишку Пицке. Потом театр начал отодвигать день премьеры. Дворжак нервничал, был очень раздражителен, сердился даже на Матурову, для которой специально писал партию Армиды.
«…Я не видел д-ра Ант. Дворжака никогда таким расстроенным, как во время генеральной репетиции «Армиды», — писал Яначек. — Это было неудивительно: дирижерская палочка не овладела оркестром; г-н Птак из-за болезни не пришел; костюмы у действующих лиц спадали, и репетицию не довели до конца».