На преследованиях Ирода и попытке спасти от них Иисуса кончается собственно история Марии. Дальше следует совсем другой сюжет, связанный с Иоанном Крестителем и гибелью его отца Захарии. Эта история взята из сказаний об Иоанне Крестителе и не имеет отношения к истории Марии. По всей вероятности, она отсутствовала в оригинале, так как Ориген не знает версии, приведенной в Протоевангелии, об убийстве Захарии в храме, хотя ссылается на «Книгу Иакова», говоря о братьях Иисуса. Присоединена она была к первоначальному тексту еще в поздней античности (легенды о спасении Елизаветы в горе и смерти Захарии были широко распространены в средние века). В этой истории усилен чудесный, сказочный элемент: гора расступается перед Елизаветой и скрывает ее вместе с младенцем. Гибель Захарии не имеет основы в канонических текстах. Возможно, она сконструирована автором в связи со словами, сказанными Иисусом в Евангелии от Матфея (23.35), где он призывает на головы книжников и фарисеев всю кровь праведную «от крови Авеля праведного до крови Захарии, сына Варахиина, которого вы убили между храмом и жертвенником» {7}. Кто такой Захария, сын Варахии, было неясно христианам II в. Автор истории о гибели Захарии связал эту гибель с преследованиями Ирода, требовавшего выдачи маленького Иоанна {8}. По приказанию Ирода Захария, выведенный в качестве первосвященника (хотя, согласно канонической традиции, он был жрецом, выполнявшим свои обязанности в черед с другими, «из Авиевой череды»), был убит за отказ сказать, где его сын; его кровь чудесным образом окаменела, чтобы свидетельствовать о преступлении. История Захарии связывается в конце с историей Иисуса введением первосвященника Симеона, которого избирают на место убитого Захарии. В Протоевангелии сказано, что этому Симеону было предсказано, что он не умрет, пока не увидит Христа. Здесь повествование опять использует Евангелие от Луки, где говорится о человеке по имени Симеон, которому было дано такое предсказание (автор Протоевангелия искусственно делает его первосвященником, выбранным после гибели Захарии, чтобы связать обе части повествования и иметь возможность вернуться к Иисусу).
Кончается апокриф словами Иакова, который объявляет себя автором повествования, он вернулся в Иерусалим после смерти Ирода, а до тех пор скрывался в пустыне. Неясно, почему он должен был скрываться: ведь Ирод разыскивал младенцев, чтобы уничтожить будущего царя иудейского, а не взрослых. Возможно, здесь речь идет об Ироде Антипе, а возможно, с именем Иакова связано предание о его пребывании в пустыне (может быть, реальный Иаков имел отношение к эбионитам-ессеям?), и автор Протоевангелия для достоверности ввел эту деталь.
В целом Протоевангелие Иакова представляет собой смешение различных христианских легенд, равно как и привнесенных в христианство представлений о древних античных божествах. В Протоевангелии Иакова нарративный элемент превалирует над теологическим, но и там под бытовыми деталями (или, точнее, якобы бытовыми) и сказочными чудесами прослеживается вероучительная тенденция, связанная с идеей Иисуса-божества, чьи чудесные свойства были присущи еще его матери. В этом произведении ощущается своеобразно переработанное влияние гностиков. Это было не просто занимательное чтение, оно отвечало религиозным запросам основной массы христиан, для которых были непонятны догматические споры сторонников гностицизма и ортодоксального направления: они приспосабливали учения, подчас враждебные друг другу, к своему восприятию христианства.
Протоевангелие Иакова было создано в среде, в которой знали и почитали новозаветные евангелия, однако они не воспринимались еще как «канонические»: с их текстом можно было достаточно вольно обращаться, дополнять, изменять порядок повествования. Эпизод рождения Христа в пещере показывает, что наряду с новозаветной почиталась и иная традиция.