Если одно удаление христиан от общегражданской жизни наводило на подозрение в неприязненном отношении христиан к государству, то еще подозрительнее должно было взглянуть правительство на скрытность христиан, на их тайные собрания в глухих местах и преимущественно ночью. Оно думало, что христиане потому и скрытничают, что в тиши и уединении им удобнее измышлять и осуществлять свои преступные противогосударственные замыслы. В этом сказалась обычная подозрительность римского правительства, которое было запугано разными заговорами и готово было видеть политические цели даже и там, где их совсем не было и быть не могло. Преимущественно со времени империи, когда заговоры следовали одни за другими, оно прилагало особые старания, чтобы уничтожать и не допускать возникновения всяких корпораций, с какою бы целью они не составлялись. Например, в Никомидии, часто страдавшей от пожаров, была учреждена артель рабочих, на обязанности которых лежало тушение пожаров, но Траян воспретил такую артель, говоря, что такие общества или колонии легко превращаются в злоумышленные сходки, под каким бы именем и с какою бы целью они не учреждались. Тот же Траян в 99 году издал указ против всякого рода гетерий, который своею строгостью превзошел все существовавшие до него законы о тайных обществах. Подозрительность римлян простиралась и на религиозные общества, не санкционированные правительством, потому что они опасались, что религиозные цели были только предметом, а за ними скрывались политические замыслы. Естественно, что на христианскую общину с ее тайными собраниями правительство могло взглянуть как на политическую корпорацию, враждебную государству, тем более, что сами христиане подавали к тому повод, неосторожно высказываясь об ожидании нового царства, которое, очевидно, не тождественно с римским, о близком разрушении Рима и т. д. Христианство поэтому было подведено под разряд гетерий и, как всякое недозволенное общество, подлежало строгой ответственности перед судом уголовных законов.
Таким образом все взаимоотношения между римским правительством и христианством должны были приводить к преследованию христиан. Из церковной истории видно, что гонения на них в разных частях империи не прекращались до издания знаменитого указа Константина Великого, но иногда, на основании императорских эдиктов они принимали общегосударственный характер и потому наносили христианству особенно большой вред. Самые систематические гонения падают на царствование лучших императоров, тогда как при императорах худых, их или совсем не было, или же они носили случайный характер, как, например, при Нероне, который начал преследовать христиан, чтобы сложить на них вину за римский пожар. Начало систематическим гонениям положил Траян (99-117). По натуре своей он не был жестоким деспотом в духе Нерона или Домициана. Это был государь справедливый и добрый; ему не чужды были и филантропические идеи, но как император, поставивший своей задачей упрочить государственные и религиозные устои и при том крайне подозрительный ко всяким проявлениям сепаратизма в государстве, он не мог благосклонно отнестись к христианству, выделявшемуся из общего течения римской жизни. Рассматривая его отношения к христианам, поскольку они выразились в его указе, нужно предполагать, что для него не выяснился еще универсальный характер христианства, который мог бы еще больше восстановить его против христиан, но и то, что христиане по жизни и учению не подходили под общий склад римской жизни, заставляло его употребить против них стеснительные меры. Самое знакомство его с христианством и возникшее отсюда отношение к нему произошло совершенно случайно. В 99 году Траян издал эдикт против тайных обществ, имеющий отношение главным образом к области Вифинии, где замечалось много беспорядков. Правитель этой области, Плиний Младший, был удивлен, когда к нему представили массу людей, обвиняемых в нарушении вышеозначенного указа и называвшихся христианами. Самый добросовестный допрос с применением даже пытки для некоторых из обвиняемых не выяснил их участия в каком-нибудь запрещенном обществе, какой-либо их преступности. Выяснилось только, что они исповедуют особенную религию, не принадлежащую к числу дозволенных, которой они держатся с непоколебимым упорством, и, на основании ее предписаний, отказываются воскурять фимиам и делать возлияния перед изображениями богов и императоров. Как ревностный чиновник, Плиний счел нужным наказать их и за это, но в виду, с одной стороны, новизны дела, а с другой, – множества обвиняемых, он колебался поступил ли он правильно, а потому, изложивши в письме к императору все обстоятельства дела, испрашивал его руководства для дальнейшего отношения к христианству. Траян ответил ему в форме указа, что христиан не следует отыскивать наряду с другими преступниками; равным образом не следует принимать на них анонимных доносов, но если они будут представлены в суд и уличены, то должны быть наказаны. Меру наказания Траян не определил точно, говоря, что для разных случаев должна быть и различная кара, но обыкновенным наказанием в таких случаях была смертная казнь. Таким образом, явился первый императорский указ, специально направленный против христиан. По-видимому этот указ был довольно благосклонен к христианству потому что специальные розыски и анонимные доносы на них еще запрещались, но в сущности и он был жесток. По смыслу его христианство само по себе, независимо от качества его последователей, должно быть наказуемо, как религия недозволенная. Он таким образом давал формальное право на преследование христиан. После этого указа даже из личной вражды или мести можно было всем желающим представлять христиан в суд и, если обвинение в принадлежности к христианству будет доказано, законное возмездие за это не замедлит.