Раковский остался в Браиле преподавать французский, греческий и турецкий языки и вместе с греческими революционерами организовывать новые четы. Эта попытка также потерпела провал. Раковскому удалось избежать казни лишь потому, что он сумел пробраться на пароход, уходивший в Марсель. Проведя восемнадцать месяцев во Франции, он заболел такой тоской по родине, что решил вернуться в Болгарию. В Тырново он получил место учителя и очень скоро вступил в конфликт с настоятелем церкви, греческим священником, в результате чего бросил работу и вернулся в Котел. Здесь его ждали новые неприятности. Городские ремесленники были сыты по горло диктаторскими замашками своих чорбаджиев, несправедливым распределением налогов, произвольным расходованием сумм, собиравшихся для школы и других нужд города. Они решились на открытый конфликт и попросили Стойко Поповича возглавить переговоры от их имени. Обращение к чорбаджиям ничего не дало, и горожане уже хотели своими силами расправиться со старшинами города, но Попович посоветовал подать на них жалобу турецким властям. Его послушались; делегация из шести человек отправилась в Видин просить пашу, чтобы в Котел прислали официальное лицо для расследования дел общины. Чорбаджии перепугались не на шутку и, подученные митрополитами Тырново и Преслава — греками, ответили ударом на удар; они донесли в Константинополь, что Стойко и его сын — бунтовщики, готовящие восстание, и при этом как могли сыграли на родстве Поповича с сосланным на заточение преступником Георгием Мамарчевым. Заявление котленских чорбаджиев было передано Порте патриархом и Стефаном Богориди; этот последний тут же отказал бывшему протеже в покровительстве из страха оказаться замешанным в историю.
Турки далеко не всегда обращали внимание на доносы христианских подданных султана. На сей раз, однако, они поверили каждому слову и тут же приняли меры: несчастного видинского пашу сместили за то, что он «просмотрел заговор», а тырновскую околию, в которую входил и Котел, передали в ведение русенского паши. В январе 1845 года, морозным вечером, когда во дворе завывала вьюга и семья Стойко садилась ужинать, Раковского вызвали в конак и сообщили, что он арестован и утром его отправят в Русе. Он попросил разрешения провести ночь в родном доме и даже предложил свое гостеприимство полицейским. Турки были склонны пойти на компромисс, однако чорбаджии не собирались давать поблажек врагу, и Раковский провел ночь в конаке. Наутро, хотя вьюга еще не стихла, Раковский в сопровождении конной стражи по замерзшим горным тропам поехал в Русе, где на него надели ручные и ножные кандалы и бросили в сырую и холодную темницу. Он вышел оттуда лишь через две с половиной недели, для очной ставки с отцом, который также был арестован.
Отца и сына отправили в Константинополь. Восемнадцать дней они ехали верхом по морозу, снегу и вьюге. По прибытии в столицу империи им набили на ноги тяжелые колодки, а наутро вновь разлучили. Раковского бросили в подземный каменный мешок Топхане — самой страшной тюрьмы Константинополя. Прошло целых шесть месяцев, прежде чем он снова увидел дневной свет: его вывели на очную ставку с отцом. Оба были бледны как мертвецы, одеты в тряпье, полусгнившее от сырости, их волосы и бороды были нечесаны, а цепи успели заржаветь.
Ни угрозы, ни посулы, ни хитро обдуманные ловушки не помогли вынудить у них признания, и правительству был направлен следующий доклад: «Подвергнув Стойко и Саву Поповичей самым жестким и тяжелым мерам в течение шести месяцев, допросив их самым тонким образом и послав в Болгарию лучших шпионов для наведения о них справок, не обнаружив после всего за этими людьми никакой вины, если не считать сплетен о деревенских счетах, суд Топхане постановил этих людей — отца и сына — освободить». Было даже решено призвать клеветников к ответу.
Плача от радости, отец и сын обняли друг друга. С них сняли цепи. Однако котленские чорбаджии не сдавались; они подкупили патриарха, чтобы он опротестовал приговор; его поддержал Стефан Богориди. Верховный суд не принял во внимание решение Топхане и приговорил отца и сына к семи годам строгого тюремного заключения.
Сидя в тюрьме, где, по свидетельству самого Раковского, их товарищами были бандиты, головорезы, воры и отцеубийцы, они продолжали отстаивать свою невиновность. Они посылали петиции, искали связей с влиятельными людьми и истратили все немалое состояние Стойко на взятки. Их сторонники в Котеле и болгарские купцы в Константинополе также подали петиции правительству и, как это ни удивительно, собрали немало подписей османов. Однако чорбаджиям и патриархии удалось склонить чашу весов в свою пользу и не допустить пересмотра дела.