Работа на новом месте не удалась. Нерчинск — прежде всего каторга, и нравы в то время там были каторжные. Начальство безнаказанно воровало, бесчинствовало. Честный и правдивый Лаксман был там всем как кость в горле. По донесению генерала Бекельмана, указом Сената его освободили от занимаемой должности. В письме Г.Ф. Миллеру он перечисляет все беды, свалившиеся на него:
«Итак, я живу без жалования, без покровителей и должен теперь начинать добывать себе пропитание трудом рук своих, после того как 20 лет пользовался известностью в учёном мире и отдавал науке свои способности. Так приходится честному человеку терпеть оскорбления от самодура, который возвеличился лакейскими услугами, без подвигов, за счет других героев и полагаться только на своего шурина. Поверьте мне, я не прожил здесь ни одного дня без притеснений. Всем моим начинаниям ставилось препятствие. Кто может всё это рассказать?
...Подумать только! Сколько есть у меня друзей в Петербурге! Сколько естествоиспытателей во всей Европе! И ни от кого я не получил ни строчки, как будто я уже никуда не годен. Никто не замолвит за меня ни слова, никому нет дела до моей участи! Таков свет. Мои друзья, наверно, с улыбкой получают редкие и прекрасные натуралии и ведут об этом весёлый разговор за бокалом вина или чашкой кофе» .
Это письмо очень яркое, горькое и правдивое. Пятьдесят лет назад так же унижали Гмелина, Стеллера, Крашенинникова. Интеллект и научные заслуги в сибирской глуши ничего не значили. Бесчинствующих чиновников несколько пугали указы Сената, но человек, лишившийся и этой поддержки, становился щепкой в житейском море.
В то время у Лаксмана уже было восемь детей: двое мальчиков от первой жены и остальные шесть — от второй. Поэтому он не гнушается никакой работой. Переменив несколько мест, он становится исправником в Нерчинске. И, несмотря на житейские потрясения, продолжает оставаться естествоиспытателем. Именно в эти годы он собирает коллекцию растений и со своими уже подрастающими сыновьями отправляет её в Петербург высокопоставленным особам, среди которых будущий император Павел I. Этот дар имел свои последствия — отношение к Лаксману изменяется к лучшему. В Академии тоже произошли некоторые события: академики взбунтовались против Домашнева и отказались ему подчиняться. На его место была назначена княгиня Екатерина Дашкова. Лаксману не вернули место действительного академика, но назначили «минералогическим путешественником» при императорском кабинете, деятельность которого заключалась в поиске и доставке в Петербург поделочных камней и самоцветов для царской семьи. С него сняли все обвинения в служебных «проступках» и назначили оклад в 600 рублей.
Окрылённый Лаксман покидает опостылевший Нерчинск и отправляется в Иркутск — тогдашнюю столицу Сибири. Именно здесь, за 8 000 километров от Петербурга, он встречается с другим учеником Линнея — А.М. Карамышевым. Тот уже не занимался ботаникой, а исполнял должность директора банковской конторы, что не мешало ему превосходно знать растения Сибири.
Недалеко от Иркутска, в сельце Тальцинском, Лаксман построил завод по производству стекла, который, надо сказать, просуществовал довольно долго и был едва ли не единственным в Восточной Сибири. Но самое знаменательное — его компаньоном в строительстве завода был купец А.А. Баранов, тот самый, который станет вскоре властителем Аляски и расширит владения Российской империи до Калифорнии. Именно знания, которые Баранов получил от Лаксмана, помогли ему выжить в Северной Америке, наладить добычу угля и начать плавить медь. Уезжая из Иркутска, Баранов оставил свою долю в Тальцинском стекольном заводе и долгие годы состоял в переписке с Лаксманом.
Но это уже другая ниточка, намечающая другую неботаническую арабеску, такую же прекрасную, таящую неожиданные находки и переплетение судеб.
Благосклонность нового президента Академии вдохновила Лаксмана на дальнейшие открытия. Для Дашковой он собирает камни, животных, растения. В этот период им был найден способ посадки растений с мёрзлым комом, который переоткроют через полтора столетия. Вот как он сам его описывает в письме из Иркутска от 8 апреля: «...считаю своим долгом описать найденный мною очень простой способ надёжной перевозки сибирских растений. Моё мнение по этому вопросу расходится с мнением различных знаменитых учёных–садоводов. Их предписания утверждали следующее: нужно растенияосторожно вынуть из земли, стараясь, насколько возможно, не повредить корни, удалить почти всю землю, окружающую их нити, обложить их сухим мхом, обвязать и, покрыв снаружи мягким мхом, упаковать в ящики. Чтоб познакомить меня со всеми этими приёмами, они даже взяли на себя труд переслать ко мне различные русские растения, упакованные по правилам. Но мне каждый раз так везло, что ни один корень я не получал неповреждённым.
Я же в течение многих лет пользовался следующим способом и убедился в его надёжности. Зимой, когда земля промерзает как камень, я вырубаю дёрн так глубоко, как это требуют в нём находящиеся корни, упаковываю их как можно плотнее в ящик и отправляю.
Прошедшей зимой я вырубил дёрн с различными корнями в последние дни ноября, чтобы выставить их на ещё больший холод, и оставил их на целых четыре месяца лежать на моей крыше. В последние дни марта я посадил дёрн с Trollius, Anemona, Narcissiflora, Corthusa, Mattioli в ящики и имел удовольствие видеть, что все эти корни благополучно проросли и, более того, упавшие на этот дёрн семена различных однолетних трав тоже проросли...»
Этот способ Лаксмана позволял транспортировать растения в течение всей длинной сибирской зимы. Жаль, что это не пришло в голову Стеллеру. Большинство растений, которые он вёз живыми из Сибири, в пути помёрзли, и он вынужден был их бросить в Соликамске.
В настоящее время способ Лаксмана широко используется в садовом строительстве. Особенно при пересадке крупномерных хвойных растений. Для этого на питомнике в феврале тракторной фрезой вырезают монолит почвы с корнями. Захватывают растение с комом краном и грузят на машину. Потом в заранее приготовленные ямы ставят вырезанные растения. При этом достигается их полная сохранность и приживаемость. Жаль, что никто из озеленителей не знает автора этого остроумного метода.
Лаксман стремился попасть на берег Тихого океана и там осмотреть натуралии трёх царств. Его мечта не сбылась. И тем не менее, Лаксман и здесь оказал России неоценимую услугу. В Иркутске он познакомился с японским купцом, которого спасли русские рыбаки. Из разговоров с ним у Лаксмана возникла мысль о возможности России завязать торговые отношения с Японией. Он подал соответствующую записку Екатерине II, она и возложила на него организацию этой экспедиции. Начальником и уполномоченным по делам Лаксман поставил своего сына, поручика Адама Лаксмана. Миссия прошла успешно, и Адам вернулся в Россию. В подарок Императрице японский Император прислал три сабли. Екатерина II разрешила изобразить их на семейной печати Лаксманов.