В эти годы Крашенинников много работает над закладкой нового сада. Следуя устным указаниям Канцелярии, Крашенинников и ботаник Гобенштройт «осмотрели места здешнего Васильевского острова» и в рапорте указали, что «способнейшего к тому места сыскать не можно, как кадетский огород, который за Малою перспективою, между 7-й и 9-й линиями находится, ибо там по обширности места можно быть саду и строению, не постыдному Императорской Академии наук, к тому же и земля там плодородна и вода внутри саду». Но на это место Васильевского острова сад перенесён не был.
Крашенинников стремился поддерживать связи с крупными учёными, и поэтому он пишет письмо самому Линнею. Именитый ботаник прислал незамедлительный ответ: «Славнейшему мужу, достойному Степану Крашенинникову, Петербургскому профессору ботаники и натуральной истории шлёт нижайший привет Карл Линней. Любезное твоё письмо от 7 декабря я получил, славнейший муж, я очень благодарен тебе за него, а так же за присланные гербарии, особенно за твою лунарию...» Таким образом, нам открылась ещё одна связь, и проявился новый узор бесконечных арабесок ботаники.
Известно, что М.В. Ломоносов относился к С.П. Крашенинникову с большой любовью. Именно он рекомендовал к опубликованию главный труд Крашенинникова — «Описание земли Камчатской». В октябре 1751 года он писал в Канцелярию Академии наук: «Присланную ко мне сентября 24 дня при ордере книгу, сочинённую профессором Крашенинниковым, называемую “Описание земли Камчатской” свидетельствовал, которую признаю за достойную напечатания ради изрядных об оной земли известий».
Свои ботанические исследования Крашенинников проводил и в окрестностях Санкт–Петербурга. В одном из документов, датированном 1749 годом, он испрашивает у Канцелярии четырёхвёсельную лодку с рабочими, которые бы могли носить «собираемые травы и выкапываемые для саду коренья», из чего мы видим, что он организовывал поисковые экскурсии не только для изучения растений в природе, но сбора живых экземпляров для пополнения коллекции.
После отъезда Гмелина в Германию (1749) оборвалась связь между первыми ботаниками Петербургской Академии. Однако Крашенинников уже не нуждается в опеке и наставниках. С 1750 года он сам становится полноправным членом Академии.
В 1752 году Крашенинников предпринял новое путешествие. Свидетельством тому является рапорт в Канцелярию Академии наук, в котором был намечен маршрут его экспедиции. «Намерен я, — говорится в рапорте, — для ботанических обсерваций ехать отсюду до Шлюшенбурга и от Шлюшенбурга по Ладожскому каналу до старой Ладоги и до Новгорода. Того ради Канцелярию Академии покорно прошу, чтоб о пропуске меня, переводчика Щепина и будуче при мне людей повелено дать пропуск на один из перевозных щерботов с бечевою и мачтою, а людей при нас четыре человека работников, которые будут тянуть бечевою, двое из Ботанического сада и двое из истопников гимназических, да один гимназист из сирот. Профессор Степан Крашенинников».
На этот рапорт И.–Д. Шумахер накладывает длинную, но разрешающую резолюцию, и Крашенинников получает возможность изучить растения Ингерии. «Понеже, — говорится в резолюции, — при Академии давно принято намерение о сочинении исследования и описания зверям, травам и камням, рудам и прочего в Российской Империи обретающемуся, которое исследование в некоторых провинциях произведено, а в других поныне не учинено и как оное дело есть нужное, полезное и достохвальное, которое без продолжения оставить никак не возможно и для того в Канцелярии Академии наук определено: к продолжению того назначить профессора ботаники господина Крашенинникова, чтоб он в нынешнее время, сколько возможно допустит, начало описания растущих трав в Ингерманландии определил и оное бы описание сочинил наподобии учинённого им Камчатского описания, а для вспоможения придан ему быть имеет переводчик Щепин и некоторые ученики, о чём оному господину профессору Крашенинникову и объявлено в Канцелярии».