Сия витиеватая резолюция, по сути, техническое задание на изучение природы северо–востока России, что Крашенинников и выполнил. В августе следующего года он докладывал в Канцелярию, что им собрано более 500 видов разных трав.
9 февраля 1755 года он опять подаёт рапорт — о необходимости путешествия в Малороссию и Новороссию: «Известно Канцелярии Академии наук коим образом чужестранные любопытные люди требуют от нас трав и семян нашего столь пространного государства, отчего зависит честь Академии в рассуждении ботаники». Но профессору Крашенинникову, к сожалению, уже не удалось осуществить эту поездку. 25 февраля того же года лекарь Академии Иберкамф пишет короткий рапорт: «Сего февраля 25 числа по утру в седьмом часу ведомства Академии наук господин профессор Степан Крашенинников Волей Божию умре и о сём Канцелярии Академии наук рапортую».
Причина смерти остаётся и доселе не известной. Можно только предположить, что неожиданная кончина эта — следствие не хронических заболеваний, поскольку профессор ещё две недели назад был здоров и строил планы на будущее.
Архивариусом И. Стафенгагеном был составлен реестр оставшихся после смерти С.П. Крашенинникова рукописей, которые поступили в Архив. Там было и полностью законченное сочинение «О растениях Ингерии», содержащее 506 видов. По всей вероятности, эта рукопись осталась бы лежать в Академическом архиве, быть может, лишь время от времени привлекая внимание историков науки, как свидетельство деятельности первого русского профессора ботаники и как первая региональная флора нашего отечества.
Однако сочинение профессора Крашенинникова счастливо увидело свет и самым действенным образом послужило науке. Это произошло благодаря почётному члену Академии лейб–медику Давиду Гортнеру, который прибыл в Санкт–Петербург 12 сентября 1754 года и был очарован природой вокруг российской столицы: «... обошёл облесённые берега Невы, окрестные луга и поля, увидел растения, там обитающие, из которых многих не видел у себя на родине и был охвачен желанием тщательнее их исследовать. Но так как в это время флора, готовая ко сну, уже слагала свои венки, стремление мое было подавлено до следующей весны. Между тем я был очень сильно обрадован, когда через короткое время из Архива Академии мне была сообщена копия рукописи книги о растениях Ингерии, которую покойный Крашенинников представил незадолго до смерти».
Здесь приведены собственные слова Гортнера из предисловия к книге «Флора Ингерии». На самом деле всё было несколько иначе. Сам президент Академии К.Г. Разумовский передал для доработки и подготовки к печати ему почти законченную рукопись Крашенинникова, а когда Г.–Ф. Миллер обратился к Гортнеру с просьбой вернуть рукописи, тот ответил категорическим отказом.
В 1761 году Гортнер обратился в Академию с ультимативным требованием немедленно напечатать обработанные им ботанические описания Крашенинникова, грозя в противном случае увезти все материалы в Голландию и там их опубликовать, разумеется, под своим именем.
Академическая конференция постановила передать работу Гортнера на рассмотрение и заключение академика И.Т. Кельрейтера. В материалах Канцелярии Академии наук сохранились доношения академика Миллера о предъявленном требовании Гортнера и постановление канцелярии Академии наук о напечатании его книги, а также очень обстоятельный отзыв академика Кельрейтера.
С самых первых строк этого отзыва чувствуется, что вокруг работы С.П. Крашенинникова создалась атмосфера недоверия к его авторству. Кельрейтер сразу же оговаривает свою полную беспристрастность в этом вопросе, так как он лично никогда не знал Крашенинникова и возможность судить только его работы. «В Академии существует мнение, — писал он, — что Крашенинников не является единственным автором “Флоры Ингерии” и что до него над ней работали акад. Амман, Сигезбек и Буксбаум. Более того, говорят, что он работал над этим трудом так же мало, как и напечатанной в “Коментариях” статьёй, которую написал ему Гмелин. Я хорошо знаю, с какою тщательностью занимался Гмелин со своими учениками, но, тем не менее, я не могу присоединиться к этому мнению, позорящему первого русского ботаника. За всё моё пребывание в Академии мне не приходилось видеть ни одной рукописи названных выше учёных, трактующих эти вопросы, я искал и не находил их в академическом Архиве. Кто может сомневаться в том, что Крашенинников был в силах написать такой труд. Не сделал ли он с этой целью путешествие по всей Ингерманландии, собрал растения, описал их, указал местонахождение и присоединил к описанию свои наблюдения и замечания. Я утверждаю, что способ описания растений единообразен во всей рукописи. Манера Гмелина мне очень хорошо известна и совершенно отлична от этой работы. Ещё менее вероятно приписывать эту работу Сигезбеку, Амману или Буксбауму — так как их работы отличаются от крашенинниковской, как по манере, так и по употребляемым ими специальными терминами, которых нету у Крашенинникова, как у учёного новой, гмелиновской школы. Сам Гмелин почти совсем не бывал в этих местах. Можно ли, наконец, предполагать, чтобы Крашенинников проявил такую дерзость и напечатал бы под своим именем статью Гмелина».