Впрочем, семейное торжество омрачалось ещё и тем, что места в родном университете для Иоганна не было. Германия едва-едва восстанавливалась после многочисленных и разорительных войн. По совету Бюльфингера ещё совсем молодой Иоганн Гмелин летом 1727 года должен был отправиться в далёкую Россию.
По какой-то небесной случайности именно летом 1727 в глухом уголке северной Швеции ректор гимназии Крон писал характеристику на выпускника своего заведения Карла Линнея (1707—1778). Он был явно недоволен своим учеником: «Юношество в школах можно уподобить молодым деревьям в питомниках. Изредка случается, что дикая природа дерева, несмотря ни на какие заботы, не поддаётся культуре. Но пересаженное на другую почву, дерево облагораживается и приносит плоды. Только с этой надеждой юноша отпускается в университет, где он, может быть, попадёт в климат, благоприятный для его развития».
Недоросль явно не был похож на своих сверстников. Ему не давалась латынь, а без неё невозможен путь в науку. И всё же после окончания гимназии, в 20-летнем возрасте, Линней поступает в университет в небольшом городке Лунд.
В том же году старший Гмелин пишет письмо президенту Петербургской Академии наук Лаврентию Лаврентьевичу Блюментросту (1692–1755), а в качестве подарка вместе с письмом посылает для Кунсткамеры различные окаменелости. «Сюда, в Петербург, отправляются два молодых человека, из которых один мой сын, а другой — Христиан Готлиб Швентер, родом из Дитфурта в Паппенгейме. Я покорнейше рекомендую их обоих Вашему Превосходительству. Что касается до первого, то я также почтительно приношу Вам благодарность за показанную Вами, по рекомендации господина Бюльфингера, благосклонность к нему и желаю, чтоб Ваше Превосходительство нашло его достойным...»
С этим письмом и кучей окаменелостей для Академии 30 августа 1727 года Гмелин младший прибыл в Санкт–Петербург. Он приехал за свой счёт, не просил жалованья. Его намерением было служить определяющимся, пока не откроется какая-нибудь вакансия, к чему он мог бы себя употребить. Пока решался вопрос об его утверждении профессором, он получал на расходы по 10 рублей в месяц.
Год этот был знаменателен для Петербургской Академии и другими событиями. За два месяца до Гмелина в Санкт–Петербург по рекомендации Даниила Бернулли, которому самому было 25 лет, прибыл 19-летний Леонард Эйлер (1707–1783). В том же году в Академию прибыл недоучившийся студент Герард–Фридрих Миллер (1705–1783), которому исполнилось 22 года. Впоследствии он станет старшим товарищем Гмелину в многотрудном путешествии по Сибири. Ещё до приезда Гмелина, по предложению президента Академии Блюментроста, 27 июля Эйлер, Гмелин, Крафт и Миллер были рекомендованы на профессорские должности. Случай беспрецедентный для науки всех времен. Старшему Крафту исполнилось 26 лет.
Иоганн–Георг Гмелин (1709–1755)
Три года Гмелин посвятил Кунсткамере и кабинету натуральной истории. В них уже был накоплен огромный фактический материал, который по указу Петра I поступал туда со всего света. Работа была кропотливой и долгой. Гмелин составил каталог минералов, а затем вместе с академиком Амманом приступил к составлению каталога древних окаменелостей, но не окончил: каталог завершил в 1741 году Михайло Ломоносов (1711—1765).
Гмелин приехал в Россию не в лучшие времена. Россия Петра кончилась 28 января 1725 года смертью Императора. Ещё некоторое время сила инерции, память его соратников и воля вдовы Императора Екатерины I совершали необходимые действия, направленные на собирательство и строительство государства Российского. Но 6 мая 1727 года не стало и Екатерины. Наступила черная полоса царствования Анны Иоанновны.
Петровское детище — Академия — стало ненужным инструментом общества, однако ещё жила, поскольку академики не вмешивались в политику, а их постоянные споры между собой, переходящие нередко в потасовки, веселили властных вельмож. Сумма в 20 тысяч рублей не очень уж обременяла бюджет. Ну и, кроме всего прочего, приглашали не чопорных англичан, не суетливых итальянцев, а всё ж своих, с точки зрения Бирона, — немцев.