Но, с другой стороны, Паллас, воспитанный на смелых идеях Бюффона, скептически относился к искусственной системе Линнея, когда тот группировал растения по количеству тычинок. При этом он никогда не позволял себе открыто критиковать Линнея. Для этого он был искусным дипломатом и очень хорошо воспитан, а своё принципиальное несогласие выразил в названиях растений.
Пётр Симон Паллас с гравюры Крюгера (1767)
Так, описывая род Polycnemum из семейства маревых, он описал несколько видов, делая акцент на количестве тычинок: поликнем однотычиночный, поликнем трёхтычиночный, поликнем противолистный – «тычек обыкновенно бывает пять». Много позднее замечательный ботаник А.А. Бунге, наводя систематический порядок в этой группе растений, часть видов, описанных Палласом, отнёс в новый род – Петросимония, тем самым увековечив имя Петра Симона Палласа, намекая на причины возникновения видовых эпитетов. Так и растет по солонцам южной Сибири петросимония трёхтычиночная, ставшая средством в идейном противоборстве двух ботанических титанов.
Петросимония трёхтычиночная — Petrosimonia triandra (Pallas) Simonk.
Линней считал, что видов столько, сколько их создал бог. Он отстаивал незыблемость своей системы. Однако, причисляя себя к ортодоксам, не был педантом. Преданный истине, он к концу жизни сам усомнился во многих им же утвержденных догматах. Как проницательно заметил Паллас: «Линней в тайне предпочитает своей системе естественный порядок и иногда исправляет первую против собственных правил в угоду законам природы».
Линней верил в правильность системы, поскольку при помощи её можно было навести порядок в царствах природы. Как любая искусственная система, она грешила недостатками и подвергалась множественной критике ещё во время его «царствования». Линней требовал неукоснительно следовать своей системе. Он её пропагандировал, внедрял, отстаивал, и только благодаря его бескомпромиссной борьбе с инакомыслием ему удалось навести порядок в ботанике.
Паллас всю жизнь оставался в оппозиции великому шведу. К.Ф. Вольф в своем неоконченном трактате «Предметы размышлений в связи с теорией уродов» предположительно датируемом 1778–1783 гг., приводит наблюдения Палласа над сибирскими растениями. Паллас сообщает о 6 растениях, привезённых из Сибири и посаженных в Петербургском ботаническом саду. По его наблюдениям, сибирские растения, размноженные семенами в Петербурге, сохраняли свои «сибирские» признаки в первом, втором, третьем поколениях. Однако после шестого и в последующих поколениях они заметно менялись. Изменения Паллас относит к воздействию нового климата, то есть то, что сейчас называют акклиматизацией. «Ведь разве могут растения, — пишет он, — несущие на себе многовековой отпечаток жизни в Сибири, не медленно, в первом или во втором поколении, сбросить с себя этот отпечаток?»
Он предполагает, что «растения некогда были перенесены в Сибирь из более южных областей: так что отпечаток, налагаемый на них петербургским климатом, и есть первоначальный и естественный признак, который Сибирь изменила и к которому эти растения при культивировании их здесь наконец возвращаются».
Следовательно, на основании опытов по акклиматизации сибирских растений в Петербурге Паллас пришёл к заключению, что адаптивные признаки у интродуцентов усиливаются в ряду поколений в течение времени. Надо сказать, что к общепризнанному заблуждению о «перерождении естества», на примере трансмутаций, якобы наблюдаемых у хлебных злаков, Паллас относился иронически. Он не верил в перерождение видов, как и его замечательный современник Андрей Болотов.