«Другое лицо, с которым я был знаком — горный механик Иван Ползунов, муж, делающий истинную честь своему отечеству. Он строит теперь огненную машину, совсем отличную от английской и венгерской. Эта машина будет производить в действие посредством огня и без помощи воды меха в плавильнях, которые до сих пор приводились в движение водой. Какая же после того в России будет выгода! Со временем в России (если будет необходимо) можно будет строить заводы на высоких горах и даже в самих шахтах. От этой машины будут действовать 15 печей, а именно 3 трейбофена и 12 рудоплавильных».
Линнея саверная (Linnaea borealis L.)
Во время своего путешествия на восток, к границе Монголии и Китая, где велись поиски тангутского ревеня, Лаксман без устали проводил свои натуралистические исследования. Он собирал растения, семена, коллекции насекомых и всё отправлял в Академию и своим друзьям в Швецию. Коллекции отсылались с караванами, которые вывозили серебро с колыванских заводов.
Гора Ревнюха (Алтайский край). Скала, от которой был отколот монолит яшмы для изготовления «Царь—вазы»
Алтайский период его деятельности, очевидно, был самым плодотворным. Первым из ботаников он поднялся на Тигирекский хребет. Маршрут его лежал к истокам рек Тигирека и Ини. Именно там, на высоте 2000 метров, он нашёл растение, обессмертившее его имя. Это была генциана крупноцветная. Можно вообразить себе тот восторг, который охватил молодого исследователя, когда среди порыжевшей высокогорной тундры он увидел крупные тёмно-синие цветки, цветущие как будто без листьев. Удивительно, что никто из ботаников, куда более славных, чем он сам, не обнаружил это маленькое природное чудо. Из предгорий Алтая, там же на Тигирекском хребте, он описал сиббальдию алтайскую, лютик алтайский, змееголовник алтайский. Наверное, европейским ботаникам и в самом деле трудно было сдерживать своё немалое восхищение при осмотре Лаксмановских коллекций.
Лаксман был теснейшим образом связан со шведскими учёными. Его первый биограф В. Лагус приводит много писем, в которых говорится о материалах, посылаемых Лаксманом в родную Швецию. «Как только успею пересмотреть гербарий и окажется надёжный случай, — сообщает он в очередном письме к Бергиусу — буду иметь честь поднести Вам всё, что могу доставить. Как по ботанике, так и по минералогии я собрал много дублетов, которые предоставляю своим друзьям. В королевскую Академию наук я пошлю Hirundo daurica (даурская ласточка), рисованную с натуры, вполне описанную. Изрядную коллекцию минералов я поднесу ей, как скоро представится к тому удобный случай».
Переписка с Бергиусом, Шлецером, Бекманом и другими шведскими учёными содействовала той известности, которую он получил в Швеции в учёных кругах. Несомненно, этому способствовали и многочисленные посылки семян, гербариев и некоторых минералов в различные шведские научные учреждения и отдельным лицам. Первая его научная статья о даурской ласточке тоже была опубликована в Записках Стокгольмской Академии наук. Линней не ошибся в своём корреспонденте. За научные заслуги в 1769 году Лаксман был выбран действительным членом Стокгольмской Академии наук. Это научное учреждение пользовалось высокой научной репутацией. Среди её членов были Линней и Ломоносов. Вот только зарплаты своим действительным членам эта Академия не платила, в отличие от Петербургской.
Казалось, что научная карьера Лаксмана в России удалась. 26 февраля 1770 года его избирают академиком по кафедре экономии и химии. Эту кафедру с великой пользой для науки возглавляли сначала И. Гмелин, а после него — М. Ломоносов. Конечно, Лаксману не хватало их академических знаний, но он очень старался. Читал лекции, воспитывал учеников, оснащал кабинет химии.
Вся его научная карьера сломалась в одночасье, когда Президент Академии С.Г. Домашнев приказал Лаксману предоставить в его распоряжение некоторые реактивы, а также изготовить термометр. Это не входило в служебные обязанности академика, и Лаксман отказался. Верно, он забыл, что он на службе в российской Академии, где и академики не лучше холопов. Домашнев был в ярости. Лаксману стало совершенно ясно, что оставаться в Академии он не сможет, и он подал в отставку. Используя свои связи, ему удалось получить вроде бы неплохую должность помощника на Нерчинских заводах. Несомненно, в этом назначении он видел возможность продолжать исследования трёх царств. После унизительной сдачи всех материалов, с установлением солдатского караула возле квартиры, бегства из Петербурга, 12 декабря 1780 года он уехал в Нерчинск, чем окончательно разрушил свою академическую карьеру. В следующем году, по предложению Домашнева, Лаксмана перевели в число почётных членов Академии (без жалования), а позже и вовсе исключили из списков Академии. В качестве иностранного члена он был восстановлен уже после смены академического руководства. Всё это сильно обижало Лаксмана, и в письме академику Эйлеру от 21 декабря 1784 года он писал: