Определяющим событием его жизни стала встреча с учениками Карла Линнея, ботаником Г. Кальмом и химиком–технологом П.А. Гаадом. За очень короткое время они выучили способного к наукам юношу основам ботаники, химии и минералогии. Собственно, эти занятия и составили всё его «университетское» образование.
После ухода из университета Лаксман не по призванию, но по необходимости поступил в духовное училище и до 1762 года занимал скромное место помощника пастора в маленькой финской деревушке. Единственно, чем располагал Лаксман на тот момент, это собственными, ещё не развитыми способностями и случайными знакомыми — учениками великого шведа. Впрочем, этого было достаточно, чтобы Лаксман начал изучать растения, совершил ряд больших экспедиций по России и в конце концов стал считать себя русским.
Палласу досталось то, чего страстно желал Линней, — весь гербарий, собранный первыми исследователями Сибири: Гмелином, Стеллером и Крашенинниковым. Почти все растения этого гербария не имели названий в соответствии с бинарной системой Линнея. Паллас исправил этот недостаток и стал автором многих видов сибирской флоры.
Паллас никогда не был только российским ботаником или зоологом, и хотя его называют «отцом русской териологии», он всегда оставался вне национальных рамок. Он отправлял европейским специалистам научные коллекции, при этом не только свои собственные, но и принадлежавшие Российской Академии. В России так не было принято. Российское сановное общество испокон пыталось жить за железным занавесом, но использовать иностранный интеллект. Весной 1774 года академическая администрация задержала и вскрыла посылку Палласа, отправленную в Голландию. Было установлено, что в коллекции насекомых некоторые экземпляры не были представлены в Академической коллекции, а другие выглядели лучше, чем те, что хранились в Кунсткамере. Палласу было выражено порицание и от академиков, и от графа Орлова, который был её директором. Паллас переписывался практически со всеми известными естествоиспытателями Европы. Он был светским человеком и даже одно время служил при дворе воспитателем цесаревича — будущего императора Павла I.
Ничего подобного в жизни Лаксмана не было. Лишь стремление видеть новые земли, собирать коллекции минералов, насекомых, растений захватило его целиком. Большую часть времени он посвящал этому делу и увлечённо рассказывал о своих научных изысканиях в письмах своим высокообразованным покровителям.
Он не принимал участия в экспедициях, которые организовывала Академия наук, и путешествовал сам по себе, страдая от насмешек обывателей и притеснения чиновников. Как и многие исследователи–инородцы, он страдал от подозрительности русских чиновников, которые видели в Лаксмане шведского шпиона, поскольку не понимали научной значимости собираемых материалов. Свои посылки с научными коллекциями в Европу Лаксман отправлял без указания имени отправителя. Гаад писал в одном из писем: «Русские чрезвычайно ревнивы относительно семян и корней ревеня, почему настоятельнейше прошу не объявлять имени друга мне их приславшего». В письмах Лаксман открыто обличает начальников, едва умевших читать и писать, офицеров и чиновников, имевших слабость к разного рода увеселениям и пустым собраниям, способных вести только горные журналы да счета, а химию и горное дело презиравших как что-то неприличное. Он находил утешение только в своих материалах, которые добывал во время экспедиций и поездок.
Лаксман, от природы наделённый большими способностями, имел огромную работоспособность, однако ему сильно не хватало академической грамотности, вот почему описания его страдали отсутствием научности и точности определений. Он не мог, как Паллас, сидя в экипаже, составлять списки растений, растущих вдоль обочин дорог. С другой стороны, он был ставленником самого Линнея, а это многого стоило.
Очевидно, Паллас и Лаксман не были знакомы к моменту прибытия в Россию. Паллас приехал в Петербург в 1767 году, в то время Лаксман уже жил в Сибири. А в 1769 году, когда Лаксман прибыл в Петербург, Паллас годом ранее отправился в многолетнее путешествие, и они опять не встретились.
В первый период работы в России их общение было заочным, через изучение работ друг друга. Вернее, Лаксман читал труды Палласа, а Паллас читал только те письма Лаксмана из Сибири, которые без ведома автора опубликовали в Гётеберге. Эти письма, по признанию самого Лаксмана, не предназначались для печати. «Сибирские письма» сильно подмочили научную репутацию Лаксмана. Как он сам писал П.И. Бергиусу, в одном из его писем приводится дурацкое описание мыши–землеройки. На самом деле его намерением было уведомить о существовании этого неописанного животного, которое он нашёл мертвым и вспухшим. Другой конфуз вышел с даурской ласточкой, заметка о ней послужила поводом для избрания Лаксмана в Стокгольмскую Академию наук. Вот как он сам пишет о своей промашке с этой ласточкой секретарю Академии Барейтину: