Гумбольдт, да простят меня приверженцы других наук, был в большей степени всё же ботаником. Это следует хотя бы из того, что из громаднейшего научного наследия большая часть — это книги in folio, посвящённые растениям. При этом он очень гордился своими ботаническими достижениями: «Из пяти тысяч пятисот видов явнобрачных (цветковых в современном понятии — А.К.), найденных нами, три тысячи новых и совершенно не известных ботаникам видов. Это приобретение науки покажется особенно значительным, если вспомнить, что в книге “Sistema Vegetabilium”, изданной в 1797–1811 гг. Вильденовым, включая и папоротники, описано только три тысячи сто восемьдесят семь растений из тропической Америки». А всего в то время ботаники знали 38 тысяч видов. Первую свою награду, золотую медаль от курфюрста Саксонии, Гумбольдт получил за «Флору Фрейнберга», которая нашла всеобщее признание. О приверженности Гумбольдта к ботанике говорит и тот факт, что, вернувшись из Америки, он совместно с Бонпланом в 1805 году в Париже издаёт два тома «Plantae aequinoctialae»[10], где приводит почти 40 новых для науки родов растений, сопровождая описания растений превосходными иллюстрациями. Он разорился, издавая великолепнейшие ботанические фолианты, в которых рисунки раскрашивались вручную в каждом экземпляре! Могут возразить, что Гумбольдт всегда пользовался услугами других ботаников, например, Вильденова, а после его смерти — Карла Куна. Но, прочитывая небольшую работу «О географическом распределении растений», можно насчитать свыше 700 (!) видов растений, процитированных автором, причём видов из различных частей света. Исходя из этого, можно с уверенностью говорить о Гумбольдте как о крупнейшем ботанике XIX века.
Гумбольдт первый из ботаников обратил внимание на однотипность изменения габитуса различных растений в одинаковых условиях, то есть показал существование экоформ: «Бесчисленное множество растений, покрывающих землю, при внимательном наблюдении можно свести к немногим основным формам». Только спустя целое столетие К. Раункиером в Швеции и И.Г. Серебряковым в России будут разработаны системы экоформ.
Идеи Гумбольдта о сумме температур, необходимой для каждого растения, привели его последователя Мейера к развитию прогностических предположений в интродукции растений. Метод климатических аналогов, предсказанный Гумбольдтом и разработанный Мейером, более чем сто лет был главенствующим при отборе растений для интродукции. Благодаря этому, культурофлоры стран мира взаимно обогатились новыми полезными растениями. В небольшой по объёму работе «Идеи о географии растений», посвящённой французскому ботанику Лорену Жусье (1748–1836) — автору первой естественной системы растений, Гумбольдт впервые затрагивает вопрос о значении интродукции растений. Приводя примеры стихийной интродукции винограда из районов Каспия, вишни — из Понта в Италию, а также на основании других примеров, он делает вывод, что «человек по своему желанию изменяет первоначальное распределение растений и собирает вокруг себя произведения отдалённых климатов».
Современная флористика опирается на метод конкретных флор как единицу сравнительного анализа. Эти идеи стали развиваться только в середине XX столетия, но предсказаны они также Гумбольдтом: «Можно пожелать, чтобы уже существовала полная флора двух областей по 20000 кв. миль каждая, лишённых высоких гор и плато, которые были бы расположены между тропиками в Старом и Новом Свете».
В Россию Гумбольдт стремился всегда. Но сумел осуществить свою мечту благодаря министру финансов России Е.Ф. Канкрину, с которым был давно и близко знаком. Министра всерьёз интересовал вопрос о замене золотых монет на платиновые и он считал, что именно Гумбольдт способен помочь ему, отыскав в России новые месторождения платины. И тогда граф Канкрин в одном из писем предложил Гумбольдту совершить путешествие по России, назначив конечными пунктами Урал и Арарат. 26 февраля 1828 года Гумбольдт отвечал графу, что с дозволения короля прусского он решился предпринять такое путешествие весною 1829 года, и в первое время намерен посетить Уральские горы и доехать до Тобольска, не надеясь, однако, достигнуть Алтайских гор. А в следующем году предполагает отправиться на Арарат, а также в Персию.