Длительное пребывание его на посту министра, своеобразный внешний вид и характер становились предметом многочисленных салонных острот великосветских шутников. Среди них был и такой анекдот:
«Граф Канкрин справшивает директора департамента: — А по каким причинам хотите Вы уволить от должности этого чиновника? — Директор: — Да стоит только посмотреть на него, чтоб получить от него отвращение: длинный, сухой, неуклюжий немец, физиономия суровая, рябая... — Граф Канкрин: — Ах, батюшка, да Вы мой портрет рисуете! Пожалуй, Вы и меня от должности отрешить захотите!»
Другой анекдот касался введения в российский оборот ценных бумаг и бумажных ассигнаций, его приписывают весельчаку и балагуру А.С. Меншикову — адмиралу и управляющему морским министерством.
«Однажды Меншиков разговаривал с государем, увидал проходящего Канкрина и говорит: — Фокусник идет. — Какой фокусник? — спрашивает государь, — министр финансов что ли? — Фокусник, — продолжал адмирал, — в правой руке держит золото, в левой платину, дунет в правую — ассигнации, дунет в левую — облигации».
Именно при содействии графа Канкрина на ботанические исследования выделялись десятки тысяч рублей. Так, К.Ф. Ледебуру была предоставлена возможность совершить своё первое путешествие, Карелину он помог осуществить самое знаменитое его путешествие на Алтай, десятки лет покровительствовал Н.С. Турчанинову. Можно смело признать, что все блестящие ботанические исследования в середине XIX века были совершены только благодаря помощи министра финансов России.
При этом Е.Ф. Канкрин был очень рачительный (если не сказать скупой), очень осторожный экономист, умеющий держать и сохранять государственную копейку, и тем не менее, он поощрял ботанические исследования. Можно было бы объяснить такое отношение тем, что граф сам проявлял интерес к ботанике или увлекался гербариями. Но это не так. Кроме того, ему была известна пренебрежительная фраза, брошенная Наполеоном Гумбольдту при знакомстве: «Вы занимаетесь ботаникой? — спросил Наполеон путешественника, — моя жена делает тоже самое». Скорее всего, это был всё же экономический расчет на возможную пользу от исследований растительного мира России. И кроме того, как проницательный человек он не мог не понимать значимость своих деяний для науки. Ведь благодаря его поддержке Карелин, Кирилов, Ледебур, Турчанинов наперегонки публиковали в Бюллетене Московского общества испытателей природы описания новых видов.
И сегодня, в тяжёлое для всей фундаментальной российской науки время, приятно сознавать, что были в России такие чиновники, как Егор Францевич, которые, не требуя ни степеней, ни научных званий, помогали развиваться отечественной науке.
Известно много писем Гумбольдта к Канкрину, в которых он благодарит графа за организацию поездки по России. Из этих писем следует, что министр финансов чрезвычайно был заинтересован в изучении растительных богатств России, что он и сам когда-то выдвигал теории по происхождению степей. Гумбольдт был очень доволен поездкой, о чём явно свидетельствуют его письма графу.
Гумбольдт — Канкрину. Астрахань. 1/13 октября 1829 г.
«Мы проехали 12 тысяч вёрст от Петербурга и 48 тысяч связанных с ними толчков (я скромно считаю по четыре огромных моста с подъездами на версту) принесли облегчение моим утробным болям. Мне кажется, что я меньше страдал здесь от болей в животе, невзирая на сибирские соусы и фруктовые инфузии (называемые вином), которые могли бы сойти за яды. Почти никогда за всю мою беспокойную жизнь в столь короткое время (6 месяцев) и на столь чудовищно необъятных пространствах я не собирал такого количества мыслей и впечатлений. Я воспользовался возможностью (Императорское соизволение, продолжительная благоприятная погода) для того, чтобы проложить свой путь по Алтаю к Каспийскому морю. Приятнейшие воспоминания оставили у нас: область на юго востоке от Тобольска между Томском, Колыванью и Усть–Каменогорском; прекрасная, похожая на швейцарскую местность в Зыряновских снежных предгорьях Алтая; посещение китайского форпоста Хонимаилэ–ху в китайской Джунгарии; проезд вдоль казачьей линии от Нарына до Семипалатинска, Омска, Петропавловска, Троицка, Оренбурга и Уральска; обильная озерами южная часть Уральских гор, Златоуст и Миасс. На непрерывном отрезке более чем в 700 немецких миль мы увидели казачьи поселения на Иртыше, Тоболе, Яике, от Оренбурга до Астрахани (в степях между Доном и Волгой), и порадовались их нравственности и устроенности. Для военного человека такое путешествие в течение двух месяцев вдоль линии было бы очень познавательным. Среди блестящих впечатлений, наиприятнейших воспоминаний отмечу музыкальные и конные скачки. Праздник киргизов в степи под Оренбургом; путешествие с князем Голицыным (губернатором Саратова) по процветающим немецким колониям».