Скорее же всего Турчанинов физически не мог больше ни путешествовать, ни свободно передвигаться по своим коллекциям. В итоге учёный передаёт университету и свой богатейший гербарий, и не менее богатую библиотеку. Взамен он хотел иметь небольшое пособие, чтобы пополнять гербарные фонды университета. Совет университета принял дар Турчанинова, пообещав выплачивать ему ежегодное пособие в сумме 500 рублей. По-видимому, в ответ на ходатайство В.М. Черняева, было предоставлено небольшое помещение для жилья, расположенное вблизи Харьковского университета. Турчанинов был избран его почётным членом.
Однако свои обязательства перед Турчаниновым университет не выполнил. Пособие уменьшили до 300 рублей, да и выплачивать его начали только в 1853 году, то есть через 6 лет после передачи гербария и библиотеки в собственность университета. Когда же Турчанинов стал настаивать на выплате пособия в сумме 500 рублей (в соответствии с договором), то Совет университета большинством голосов отклонил его законное требование. Вскоре он лишился и предоставленной ему квартиры.
Объективные причины не выполнять свои обязательства у администрации университета, конечно же, нашлись. Турчанинову ничего не оставалось, как только продолжать служить своему гербарию, без которого его жизнь теряла всякий смысл и значение. На свою небольшую пенсию он продолжает покупать неопределённые гербарии и описывать из них новые виды, пополняя огромную коллекцию теперь уже Харьковского университета.
По непонятным причинам он потерял все свои сбережения и скоро стал очень нуждаться в деньгах. По одним сведениям, он лишился своего состояния во время крымской войны. По другим — его обманули бессовестные люди, не вернувшие деньги, взятые у него в долг. По косвенным сведениям, это был П.Е. Кирилов, служивший врачом и натуралистом в китайской миссии. Этот человек, как считал сам Турчанинов, старался не платить свои долги и мог обмануть Турчанинова, зная его страсть к гербарию.
В последние годы жизни Николай Степанович «пестовал» талантливого ботаника С.С. Щеглеева, выпускника Московского университета. Но, к сожалению, этот даровитый ботаник также рано ушёл из жизни в возрасте 38 лет. Турчанинов снова остался один. Отношения с Карелиным практически прекратились, а собственной семьи у него не было. Как и раньше, неизменным утешением в жизни ему был Гербарий.
В 1857 году Турчанинов удостоился присуждения полной Демидовской премии за свою «Байкало–Даурскую флору». Эта почётная и заслуженная награда была дана ему по ходатайству академиков Ф.И. Рупрехта и Н. И. Железнова. Однако полученные деньги не слишком улучшили материальное положение, так как он их тут же потратил на приобретение значительной части гербария Роберта Брауна, в том числе «пачки неопределённых растений».
В эти же годы на университетское пособие Турчанинов купил у Д. Хукера гербарий, дополняющий его коллекцию растений Восточной Индии. Коллекции его были очень большими, но самое удивительное, что он в них великолепно ориентировался. В одном из писем А.А. Бунге в 1862 году он не без скрытого хвастовства замечает: «Препровождаю к Вам по желанию Вашему список видов астрагалов нашего Гербария. Из него Вы увидите, что у меня только 495 видов, тогда как у Вас до 600, следовательно не в астрагалах наш Гербарий богаче Вашего. Американских у меня вообще немного, может быть некоторые я могу сообщить Вам из тех, которые Вы отметите». Надо сказать, что к тому времени простой барнаульский врач Бунге стал одним из мировых монографов рода астрагал.
Коллекция Турчанинова во многом превосходила личный гербарий Бунге и немного недотягивала до монографического списка Бунге. Но даже сам факт, что Турчанинов имел в одной коллекции столько видов одного рода, причём самого сложного в систематическом отношении, ставит его в ряд великих ботаников XIX века.