В 1733 году К. Линней формирует программу всей своей жизни. Е.Г. Бобров приводит выдержку из письма Линнея, в котором он намечает написание книг, определивших развитие ботаники на последующие столетия. Среди них: «Biblioteca Botanica», в которой пересмотрены все ботанические книги; «Philosophia Botanica» — в ней уже тогда были заложены все принципы новой ботаники; «Harmonymia Botanica» — учение о стройности ботанических названий; «Species Plantarum», в которой предполагалось описать все известные растения с использованием бинарной номенклатуры. Всего в перечне 260летнего Линнея было 13 тем, которые он разрабатывал всю свою жизнь.
В 1741 году К. Линней, уже признанный гений, высокоценимый врач и ботаник, первый президент Шведской Академии, возвращается из Стокгольма в Упсалу. После смерти своего учителя Рудбекка, он был избран профессором кафедры ботаники Упсальского университета. Он уже написал свой самый гениальный труд «Система природы» (1735). За предыдущие 10 лет он объехал всю Европу, рекламируя свои идеи. Его мысли о новых принципах систематики обогащены блистательным Германом Бургавом (1668–1738), первым признавший гениальность молодого шведа. В Голландии он ознакомился с огромными коллекциями живых растений, собранных бургомистром Амстердама Клифортом (1685–1760). Во Франции — с гербарием, собранным Турнефором (1656–1708) в Малой Азии и великолепными коллекциями Трианонского ботанического сада Бернара Жусье (1699–1776) в Париже. В Англии он полемизировал с первыми британскими ботаниками Слоаном (1660–1753) и Диллениусом (1687–1747).
После длительного путешествия Гмелин вернулся в Академию, но оказалось, что его место профессора химии и минералогии уже занято. Его преемником стал Михайло Ломоносов. Новый академик не отличался изысканностью манер и, мягко говоря, недолюбливал большинство своих коллег по Академии, особенно немецкого происхождения. Ко времени приезда Гмелина из Великой Сибирской экспедиции яркий талант Ломоносова уже раскрылся и заблистал всеми гранями. За время отсутствия Гмелина он сделал химическую лабораторию, где проводил опыты и занятия. Уже одного этого дела достаточно, чтобы увидеть, что профессором химии он стал и по призванию, и по праву. Между старым и вновь назначенным профессором химии хорошие отношения установились довольно скоро. Гмелин, уступив кафедру химии, мог «отъехать в отечество» со спокойной душою за состояние дел, а Ломоносов ценил Гмелина как специалиста и труженика.
Очевидно, близость отношений с Ломоносовым позволили Гмелину в июле 1747 года обратиться к нему с просьбой о поручительстве, которое состояло в том, что, если он, Гмелин, выехав из России на год, не вернётся к указанному сроку, то Ломоносов вместе с Миллером должны будут выплатить Академии деньги, полученные Гмелином при отъезде в сумме 715 рублей. Дело в том, что ещё с 1744 года Гмелин хлопотал о своём увольнении из Академии наук, объясняя его причины плохим состоянием здоровья, подорванного в Сибирской экспедиции. Хлопоты Гмелина об отставке были безуспешными. 27 января 1747 года истёк срок его контракта, и Гмелин был освобождён от должности профессора химии, ранее уже занятой Ломоносовым. Впрочем, 1 июля того же года Гмелин заключил новый контракт с Академией сроком на пять лет и опять был принят на службу профессором ботаники. В контракте оговаривалось право Гмелина на годичный отпуск, которым он тут же и воспользовался, выехав на время отпуска в свой родной город Тюбинген.
Ломоносов и Миллер в июле 1747 года подписали поручительство за Гмелина, и тот уехал в Германию (на год, как все полагали), взяв с собою материалы, собранные в экспедиции, чтобы продолжить работу над своим фундаментальным трудом «Флора Сибири, или История сибирских растений».
Поручители писали: «Мы, ниже подписавшиеся, сим ручаемся, что г. доктор Гмелин, по учинённому в Канцелярии Академии наук письменному обещанию, касающемуся до его возвращения и до учёных сочинений, во всём исполнять будет и обещаемся, если он против чаяния поступит или назад не возвратится после поданного ему срока, выданные ему деньги 215 рублей, да половинное жалованье, которое впредь будет произведено будет по контракту за морем, 500 рублей, всего 715 рублей, заплатить и данные ему дела и рисунки поставить паки в Академию без всякого отлагательства, и чтоб оные нигде в свете не были изданы в печати, которым его, Гмелина, рисунком за его рукою прилагается реестр».
Однако по истечении отпуска Гмелин в Россию не вернулся, а написал президенту К.Г. Разумовскому письмо, в котором сообщил, что остаётся в Германии и о том, что назначен на должность профессора ботаники Тюбингенского университета. С Ломоносова и Миллера начали удерживать половину их жалованья как с поручителей за Гмелина. К тому же Ломоносов задолжал Академии (так же, как и Миллер) сумму, которой поручился за Гмелина при его отъезде. Она составляла 315 рублей 83 копейки.