В этих обстоятельствах беспокойство Ломоносова вызвано было соображениями не столько материального (хотя это тоже надо иметь в виду), сколько морального порядка. Ломоносов, как уже говорилось, очень высоко ценил научную добросовестность Гмелина и уже по этой причине питал к нему чисто человеческую симпатию. Кроме того, нельзя забывать, что после отъезда академика Делиля Гмелин был, пожалуй, единственным крупным, по-настоящему авторитетным учёным в Академии. К тому же, нарушив новый контракт, Гмелин, хотел он того или нет, наносил моральный урон Академии, а тем самым — и России, как, впрочем, и себе самому. Ломоносов был ошеломлён как патриот, как учёный и просто как человек.
1 октября 1748 года он берётся за перо, чтобы высказать Гмелину всё, что он думает по поводу случившегося.
«Несмотря на то, что я на Вас должен быть сердит с самого начала, потому что Вы забыли мою немалую к Вам расположенность и не прислали за весь год ни одного письма ко мне, и это, наверное, потому, чтобы я в моём письме–ответе к Вам не смог бы напомнить Вам о Вашем возвращении в Россию, у меня всё же есть причина, которая меня не только заставляет, будучи на Вас в раздражении, писать Вам то, что обычно не пишут людям с чистой совестью. Я воистину не перестаю удивляться тому, как Вы без всякого стыда и совести нарушили Ваши обещания, контракт и клятву и забыли не только благорасположенность, которой Вы пользовались в России, но и, не заботясь о своих собственных интересах, чести и славе и ни в малейшей степени о себе, Вы пришли к мысли об отказе от возвращения в Россию. <...>
Все Ваши отговорки ничего не значат. В Германии человека не держат силой, если это не злодей. Ваши новые обязательства не имеют никакой силы, потому что они имели место после подписанного здесь договора, а Вы России обязаны в сто раз больше, чем Вашему отечеству. Что же касается болезней, то эти Ваши старые сибирские отговорки давненько всем известны... Ещё есть время, всё можно ещё смягчить, и Вы по прибытии будете работать по Вашему договору. Вам предлагается сейчас два пути: один — что Вы без промедления передумаете и вернётесь в Россию честно и, таким образом, избежите своего вечного позора, будете жить в достатке, приобретёте своими работами известность во всём мире и по истечении Вашего договора с честью и деньгами сможете по Вашему желанию вернуться в Ваше отечество.
В противном случае все те, кому ненавистны неблагодарность и неверность, покроют Вас ненавистью и вечными проклятьями. Вас всегда будет мучить совесть, Вы потеряете всю Вашу славу, которую Вы приобрели здесь у нас, и будете жить в конце концов в вечном страхе и бедности, которые будут окружать Вас со всех сторон. Из этих двух возможностей каждый выбрал бы первую, если он не потерял свой разум. Однако же, если Вы серьёзно решили не иметь ни стыда, ни совести и забыть благодеяния со стороны России, Ваше обещание, контракт, клятву и самого себя, то постарайтесь прислать причитающиеся мне 357 рублей и все работы и зарисовки передать профессору Крафту, как только Академия прикажет ему получить их. Это, однако, должно произойти без всякого отлагательства, так как из-за Вас я вынужден жить в крайней нужде...
Ваш! очень обиженный друг и слуга Михаило Ломоносов».
Гмелин без промедления пишет ответ Ломоносову и возвращает деньги. Несмотря на резкий характер ломоносовского письма, Гмелин не изменил своего дружеского отношения к великому русскому учёному, ибо понимал, что того беспокоили не только деньги, в коих Ломоносов всегда и сильно нуждался, но и престиж Академии, членом которой Гмелин состоял.
Почему Гмелин так стремился из России? Косвенные причины связаны с действительностью российской жизни. В глубинке каждый начальник — «и цари и бог». Он мог давать деньги для экспедиции, а мог и не давать, несмотря на царский указ. 19 сентября 1737 года Гмелин писал Корфу: «Все общие проволочки сибирских канцелярий для нас тяжёлое обстоятельство в этом путешествии. Указы бывают только тогда грозны, когда из этого может быть извлечена выгода для начальника». Академик де ля Кройер пишет о своей поездке к устью Лены: «…что касается до меня, то я обязан делать всё, что может содействовать науке и служить к выгоде воеводы». Время текло медленно, а неустроенность быта и произвол воевод давили постоянно. Любая жалоба в Петербург и обратно путешествовала в лучшем случае полгода. Были и другие трудности. Татищев прислал Гмелину одного ссыльного, умеющего делать плавильные горшки, в которых нуждался Гмелин для плавки руд. Но ему не было отпущено никакого содержания, и платить приходилось Гмелину из своего кармана. Гмелин пишет в письме барону Корфу: «...мы в страхе от всех ссыльных не ради их злоумышленности, а потому что у них укоренился обычай кричать при всяком случае «слово и дело». Если подобное случилось с кем-либо из наших спутников, то мы принуждены были его лишиться на некоторое время, отчего нашим делам могла быть великая помеха».