Суть этого заключалась в том, что и кричащего «слово и дело», и против кого воздвигнуто обвинение, должны быть отправлены в Москву для разбирательства, а на это уходило не менее года. Такой прецедент уже был — зимой в Якутске, когда перепившийся помощник живописца Беркана прокричал «слово и дело» против другого живописца. Это лишило экспедицию художников на два года. Да и не понимали, забитые нуждой, русские переселенцы проблем немецкого высокомерного ботаника. Эта неприязнь к русскому народу у Гмелина осталась навсегда. В дальнейшем в предисловии к первому тому «Флоры Сибири» он добросовестно описал неприглядные стороны российской жизни. Вот уже 250 лет и российские, и советские, и новые российские власти не решаются перевести правдивые, горькие слова Гмелина о России: о пьянстве, разврате, мздоимстве и беззаконии.
Другой же причиной стремления покинуть Россию были академические дрязги. Гмелин, вернувшись из сибирского путешествия в Санкт–Петербург 16 февраля 1743 года, активно стал обрабатывать коллекции и в 1745 году подал прошение об отставке. После этого обострились его отношения с Шумахером, который всячески мешал работе. Вследствие этого конфликта 28 января 1747 года Гмелин был уволен, однако восстановлен в июле того же года.
К тому же здоровье его действительно было подорвано. Он не смог, подобно Миллеру, адаптироваться к российскому обществу. И потом — он добился кафедры в родном университете, что было его потаённой мечтой. Добившись европейской славы, он считал, что заслужил покой и отдых. Ему было уже почти сорок лет, и только вернувшись в Германию, он встретил женщину, которая стала его женой. Это обстоятельство, вероятно, ещё более должно было усугубить его проблему сдержать слово перед своими друзьями и коллегами в России.
По этим, а возможно и по каким-то иным причинам, Гмелин остался в Германии, где продолжал работу с гербарием и другими материалами, привезёнными из Сибири.
В 1754 году у него резко ухудшается здоровье. Он успевает закончить лишь третий том «Флоры Сибири», который будет опубликован только через тринадцать лет под редакцией его племянника, тоже И. Гмелина, и адъюнкта Академии Кельрейтера. Гмелин скончался 20 мая 1755 года. Его гербарий вдова передала в Петербургскую Академию наук и получила за него 600 рублей. Четвёртый том вышел из печати в 1769 году, вслед за третьим. Пятый — в XVIII веке остался неизданным. Гмелин–младший опубликовал из него только несколько новых папоротников. Том считался безвозвратно утерянным и был найден много десятилетий спустя.
В 1754 году членом Петербургской Академии наук становится Карл Линней. К этому времени его опубликованные ботанико-философские труды — «Философия ботаники» (1751) и «Виды растений» (1753) — произвели переворот в систематике растительного мира. С этого времени начался новый отсчёт времени. Гмелин за ним не успевал. Он был последователем Джона Рея (1628–1705), который первый разделил растения на тайнобрачные (споровые) и явнобрачные (цветковые). Последние он разделил на однодольные и двудольные по количеству семядолей с семени. Это была прогрессивная система живых организмов, из которой впоследствии родилась естественная система Б. Жюсье (1699–1776). Названия растениям Гмелин давал не бинарные: род и вид, как Линней, а полиномные. Но Гмелин и не мог знать новых принципов бинарной номенклатуры. Эти идеи в систематике растений появились, когда он путешествовал по Сибири. Он остался на устаревших позициях систематики, ещё прогрессивных каких-то 10–15 лет назад.
Линней был знаком с великим сибирским гербарием Гмелина. Не исключено, что он знакомился с растениями, получая их непосредственно от промышленников Демидовых: три брата — Григорий, Павел и Пётр — были его учениками. Но это уже другая ниточка, которая вплелась случайно, и тем не менее в чём0то определила развитие сибирской ботаники. Другой его русский ученик — А.М. Карамышев (1744–1791) — приводит 118 растений сибирской флоры, растущих в ботаническом саду Линнея.