Поскольку он был одним из немногих, кто имел опыт партизанской войны, он получил от египетской армии разрешение обучать студентов технического факультета, которые хотели участвовать в боевых акциях против британских гарнизонов, располагавшихся тогда в зоне Суэцкого канала. Однако армия и правительство Египта поддерживали националистически настроенных студентов лишь скрепя сердце. Хотя король Фарук хотел покончить с колониализмом в своей стране, он, с другой стороны, учитывал договоры, связывавшие Египет с Англией. Он допускал булавочные уколы в отношении англичан: британские солдаты не должны были чувствовать себя на Суэцком канале слишком уверенно. Поэтому студентам втайне было разрешено заниматься партизанской подготовкой.
В последний период существования в Египте королевской власти в Каире появилось множество политических групп различной окраски. Программа каждой обещала грядущее величие Аравии. Как рецепт спасения предлагался социализм партии Баас. Коммунисты, арабские националисты и исламистски ориентированные группировки считали, что знают выход из состояния депрессии, в которой находился арабский народ после неудачного похода на Израиль. Арафат не интересовался идеологией этих групп и не вступил ни в одну из них. Он видел цель и считал, что сможет объединиться со всеми направлениями, чтобы достичь ее.
Арафат был выдвинут независимым кандидатом в президиум студенческой организации, сооснователем которой он был, и большинством был избран, наконец, ее президентом. Заместителем стал студент Абу Аяд, который впоследствии стал одним из важнейших сотрудников Арафата.
До 1956 года Арафат оставался президентом палестинского союза студентов. Ему удалось установить контакты со студенческими организациями восточного блока. В 1954 году он поехал в Варшаву на заседание Международного союза студентов. Его друзья говорят, что тогда он обручился с полькой.
Он охотно поддерживал бы отношения и с Западом — но западноевропейцы не приглашали его. Восточные контакты Арафата вызвали у египетской тайной полиции подозрение в том, что он коммунист. Гамаль Абдель Насер, который сам лишь по необходимости сделал Советы своим партнером, считал нежелательным углубление этих отношений. В досье тайной полиции Арафат фигурировал с тех пор как опасная личность.
Дальнейшие неприятности с правительством Насера не заставили себя долго ждать. Арабская лига до 1952 года поддерживала нуждающихся палестинских студентов из совместного фонда всех арабских государств. Поскольку студенты были из семей беженцев, все они были бедны. Следовало заботиться о нескольких сотнях молодых людей и женщин в Каире. Необходимые для этого деньги складывались в значительную сумму. Чтобы облегчить это бремя, секретариат Арабской лиги постоянно пытался снизить выплаты студентам. Окончательно отменить пособия собирались в ноябре 1952 года.
Студенты, которые не имели других источников дохода, сопротивлялись. Они заняли здание Арабской лиги. Египетская полиция, по долгу службы защищавшая здание, вытеснила из него студентов. Ясир Арафат после этого инцидента считался в Каире возможным нарушителем спокойствия. Руководимая Арафатом организация открыто призывала к свержению правительства Насера, когда в феврале 1955 года бригада израильской армии вторглась в сектор Газа, где проживали палестинцы, не получив отпора от египетских войск.
Было разрушено большое количество домов, 31 житель умер от ранений. Нападение было вызвано действиями палестинских партизан, которые организовали в Израиле взрывы.
Ярость палестинских студентов была направлена против Насера прежде всего потому, что египетское руководство оставило границу между Израилем и сектором Газа почти без защиты. Пограничные мосты, где было не больше дюжины солдат, были захвачены врасплох. Во время израильской акции в секторе Газа не было видно ни одного египетского соединения; никто не дал команды к отражению нападения. Честь Египта, как считали студенты, этим бездействием была втоптана в грязь. «Насер трусливее Фарука!» — эти слова звучали во время демонстраций.
Гамаль Абдель Насер возглавлял молодой еще режим. Король Фарук был свергнут в 1952 году. Сам Насер официально стал во главе государства всего за несколько месяцев до израильского нападения. Президент государства считал, что его режим еще не находится в полной безопасности. Каждый голос, требовавший его свержения, должен был казаться ему опасным. Он жестоко разгонял демонстрации, студентов арестовывали. Однако когда несколько из них решилось в знак протеста на голодовку, которую нельзя было сломить силой, Насеру пришлось вступить в диалог.