Ахмед Шукейри совершенно открыто от имени ООП осудил Фатах. Он даже сказал, что Аль Фатах следует назвать врагом палестинского народа, поскольку эта организация занимается распылением боеспособных сил.
После военного 1956 года израильская армия больше не проводила налетов на иорданскую территорию. Однако 27 мая 1965 года израильские вооруженные силы пересекли границу и атаковали базы Фатах в окрестностях Дженин и Калкилии. Этот ответный удар стал для иорданского правительства поводом для ареста членов Фатах. Вскоре более сотни членов организации сидели в тюрьмах короля Хусейна.
То, что в Аль Фатах иногда попадали мошенники, было неизбежно. Кое-кто, заинтересованный лишь в деньгах, зарывал в пограничных районах взрывчатку, которую ему доверили. Бывало, что такой человек на следующее утро возвращался и сообщал о подвигах, которые он совершил на вражеской территории. Достаточно часто Аль Фатах включала донесения таких мошенников в свои победные коммюнике, а затем ей приходилось мириться с тем, что Израиль объявлял организацию несуществующей. В некоторых случаях израильская пропаганда даже предъявляла фотографии якобы разрушенных объектов, которые показывали, что им вообще не нанесен ущерб.
В феврале 1966 года Ясир Арафат и некоторые ведущие члены руководства Фатах были арестованы в Дамаске. Сирийская тайная полиция в лице офицера Юсефа Ураби обвинила Арафата и других арестованных в том, что они отдали приказ расстрелять двух членов собственной организации, поскольку те протестовали против партизанских акций. Обвинение было серьезным.
Личность Арафата была в это время почти неизвестна руководству в Дамаске. Публичных выступлений он избегал, от общения с правящими кругами уклонялся. Впрочем, однажды, в 1965 году, он уже был арестован. Его обвиняли в налете на нефтепровод, который пересекает Сирию со стороны Саудовской Аравии в направлении средиземноморского побережья Ливана. Тогда Арафат был быстро выпущен на свободу. На этот раз он также недолго пробыл в тюрьме. Арафат оценил арест как попытку поставить Аль Фатах под контроль партии Баас, правящей в Сирии.
Отсутствие Арафата не остановило деятельность организации. Члены Фатах в Кувейте и в ФРГ держали бразды правления в своих руках.
Арафат, который к этому времени носил псевдоним «Рауф», сразу же после ареста хотел быть полезным своей организации в Израиле, т. е. на вражеской территории. Нужно было показать пример мужества и готовности к действию. Однако тайная полиция Ливана невольно воспрепятствовала переходу через границу. В Ливане Арафат был обвинен в том, что он является агентом египетской тайной полиции и работает на Гамаля Абдель Насера. Подобное обвинение в Ливане было тогда равноценно обвинению в государственной измене. Прошло 8 лет после окончания гражданской войны, подстрекателями которой были сторонники Насера. Борьба была закончена с помощью американских морских пехотинцев. Победителями считались противники Насера. Они хотели предотвратить появление нового поколения насеристов. Арафата причислили к насеристам, поэтому он был арестован. Арест не имел ничего общего с тем, что Арафат хотел пересечь границу в сторону Израиля.
Ливанские власти не узнали подлинного имени Арафата. Однако освобождение произошло лишь тогда, когда Аль Фатах пригрозила налетами на Ливан. Так стало ясно, что арестованный был важным лицом в палестинском сопротивлении. Намерение самому попасть в Израиль так и осталось неосуществленным. Арафат вынужден был считаться с тем, что ливанское правительство сразу же сообщит свои сведения Израилю.
Арафата ждали другие задачи. Он и его советники вынуждены были признать: их мнение, что палестинская революция может действовать полностью независимо от других арабских движений, было ложным. Арафат понял, что бойцы Аль Фатах больше должны остерегаться братских государств, чем собственно врага. Гораздо больше членов Фатах сидело в арабских, чем в израильских тюрьмах. Для самого Арафата стала неожиданностью враждебная позиция правительств Дамаска, Каира и Бейрута. Пришло время самокритики: стремление сохранить свою независимость вызвало враждебность египетского режима. С наивной заносчивостью от сознания своей правоты руководство Фатах задело интересы других. После горького опыта нужно было преодолеть заблуждения. Вначале Арафат хотел объяснить египетскому президенту Насеру, что палестинское сопротивление в понимании Аль Фатах следует рассматривать как часть арабского движения за единство.