Редко в новейшей истории столь внезапно обнаруживалось такое резкое противоречие между пропагандой и реальностью. Громкие слова, которые произносили перед войной Гамаль Абдель Насер и Ахмед Шукейри, сделали арабов в свете военных событий посмешищем.
Руководство Фатах настоятельно подчеркивало, что его члены вели себя не как трусы. Арафат, которого начало войны застало в Дамаске, попытался вместе с пятью сотнями партизан из тренировочного лагеря Хаме, находившегося вблизи сирийско-израильской границы, сдержать продвижение израильтян на сирийскую территорию. После окончания боевых действий Арафат вновь оказался в Дамаске. Покидая лагерь Хаме, он отдал приказ обучающимся там партизанам искать в районе боев, теперь занятом израильтянами, оружие, брошенное при бегстве сирийскими соединениями.
Заявление Насера об отставке 9 июня 1967 года Арафат воспринял психологически тяжело. Хотя основатели Аль Фатах никогда не находили взаимопонимания с египетским президентом, однако они сохраняли к нему уважение как к символу арабского единства. Они считали непростительной ошибкой, что Насер почти без подготовки пустился на подобную военную авантюру. Однако они уважали его за то, что этот человек решился не признавать существование государства Израиль. Если Насер уходил в отставку, то арабы теряли образ отца, часто неудобный, но всегда необходимый. Отставка Насера удваивала победу Израиля.
В часы, последовавшие за решением Насера отказаться от политической борьбы, скорбь мешала принять решение о будущей политике партизанского движения.
Однако, как только стало известно о готовности Насера остаться на своем посту, люди вокруг Арафата очнулись от летаргии. Представители Аль Фатах собрались 12 июня в Дамаске. Признание поражения вызвало дискуссию. Довольно значительное число руководителей Фатах придерживалось мнения, что продолжение борьбы в данный момент не имеет смысла. Аль Фатах должна держаться в тени, уйти в подполье, пока арабские армии не будут реорганизованы.
Любой вид партизанской активности сейчас вызовет израильские удары возмездия, которым не смогут противостоять ни египетская, ни иорданская, ни сирийская армии. Если Аль Фатах поведет войну дальше, то это, естественно, вызовет конфликты с правительствами трех государств. Однако в этих конфликтах Аль Фатах будет побеждена как более слабая сторона.
Арафат опровергал это мнение. Его точка зрения: «Если регулярные арабские армии признают свое поражение, то это их дело. Если мы не будем дальше бороться, то и мы признаем свое поражение. Палестинский народ, питавший надежду, будет нас презирать».
Сотни тысяч этого народа вновь теряли корни. Те из них, кто после основания государства Израиль жил в поселениях в районах Иерихона, Хеврона и Набулуса, в массовом порядке переселялись на восток. Теперь они устраивали лагеря на восточном берегу Иордана. Молодые люди из рядов беженцев были теперь резервом для Аль Фатах. Однако их подготовка была бы напрасной, если бы их нельзя было использовать на оккупированных территориях.
Предварительным условием такого использования служила готовность палестинцев, которые не бежали, принимать и прятать у себя партизан с восточного берега Иордана. Предстояло выяснить, существовала ли вообще такая готовность после позорного поражения. 12 июня руководство Фатах приняло решение, чтобы Арафат на месте проверил, как сказалась арабская неудача на настроениях людей, которые должны были теперь жить под израильским оккупационным контролем. Арафат взялся за это поручение. Он уже давно отстаивал тезис, что революционер должен чувствовать себя среди народа, за который он борется, как рыба в воде. Этот тезис не принадлежал ему, он заимствовал его из положений китайских революционеров. Теперь Арафату предстояло проверить, захочет ли палестинский народ быть жизненно важной опорой для революционеров.
Сообщения. Арафата, которые он посылал из оккупированных областей и из Израиля в Дамаск, звучали обнадеживающе: его хорошо приняли, он чувствует себя защищенным, он даже уже посетил свой родной город Иерусалим. Затем в сирийскую столицу к руководству Фатах поступил глубокий анализ, проделанный Арафатом. Арафат подвел итог: население оккупированного западного берега реки Иордан требует, чтобы Аль Фатах продолжала борьбу. Они не принимают пораженчества.
Оружие для возможного проведения партизанских акций имелось. Аль Фатах в недели, последовавшие за поражением, посылала партизанские группы не только в оккупированные районы Сирии, но и в Синайскую пустыню. За спинами оккупационных израильских войск они собрали все транспортабельные предметы вооружения, которые побросали бежавшие египтяне. Склады Фатах в Иордании и Сирии наполнялись автоматами, пулеметами и противотанковыми ракетами советского производства.