А поскольку, несмотря на многочисленные перемены стилей поведения и всю загадочность и непредсказуемость своей натуры, император всегда оставался собой, то и Аракчееву была суждена долгая и беспримерно ровная — пусть и с некоторыми огорчениями — служба при нем, примерно с 1815 г. превратившаяся в управление всеми внутренними делами государства. Немаловажно и то, что Аракчеев оказался своего рода орудием императорской власти в крайне сложных взаимоотношениях монарха с дворянством. Стремясь обуздать недальновидное и эгоистичное дворянское своеволие (проявлявшееся на самые разные лады: от активного неприятия конституционных начал в первые годы царствования, всеобщей исступленной ненависти к Сперанскому, генеральского фрондерства, процветавшего в кругу А. П. Ермолова, А. А. Закревского, П. Д. Киселева, И. В. Сабанеева, — до замыслов цареубийства), Александр I мог опираться на Аракчеева как на вассала, который был предан лично сюзерену, с равной неприязнью относился ко всем придворным группировкам (это не значит, что он не участвовал в интригах) и чуждался вельможной позы. Разумеется, репутация последнего в ходе этой напряженной борьбы не могла не деформироваться совершенно определенным образом: нелестные характеристики типа «всей России притеснитель» приросли к Аракчееву намертво.
Один из эпизодов этой службы Аракчеева государю (и уже потом — отечеству) пагубнее всего сказался на его облике в глазах современников и потомков. Речь идет о преобразовании армии, а точнее — о создании военных поселений. В глазах императора это мероприятие было не менее, а судя по тому, что устройство их было поручено лично Аракчееву, — возможно, и более важно, чем все другие государственные реформы.
Учреждение поселений было ответом на вопрос, возникший еще перед Петром I и в нерешенном виде перешедший к его наследникам: как содержать регулярную армию в мирное время без убытка для государственной казны? Павел I в 1770-е гг., в бытность цесаревичем, обдумывал проекты размещения армии на постоянных квартирах, где солдаты жили бы вместе со своими семействами, а их дети со временем заменяли бы отцов в строю. Но за свое недолгое царствование Павел не успел осуществить эти замыслы, и к началу XIX в. принципы комплектования, содержания и расположения армии оставались прежними: рекрутские наборы, при которых солдаты на долгое время отрывались от родных домов; частые переводы полков с одного места на другое; квартирование офицеров и солдат по обывательским домам. Строительство военных городков и поселение в них солдат вместе с их семьями решало бы задачи профессиональной подготовки; совмещение солдатами воинской службы с крестьянским трудом отменяло бы проблему обеспечения армии провиантом; по мере расширения числа военных поселений можно было бы постепенно сократить разорительные для крестьян рекрутские наборы, а затем и вовсе избавиться от них — такова была логика Александра I.
Первый опыт преобразования состоялся вскоре после административной реформы Сперанского — высочайший указ от 9 ноября 1810 г. предписывал переселить в Новороссию государственных крестьян нескольких деревень Климовичского уезда Могилевской губернии и в этих деревнях разместить запасной батальон Елецкого мушкетерского полка. В 1811 г. мужиков выселили, батальон разместили, но завершить эксперимент не удалось — следующим летом началась Отечественная война.
После победы Александр I вернулся к своей идее, несколько видоизменив ее. Могилевский опыт показал, что переселение крестьян в новые губернии — слишком дорогостоящее для казны дело. Поэтому решено было помещать солдат не вместо крестьян, а вместе с ними, формируя из мужиков новые военные части. В 1816 г. на землях государственных крестьян Новгородской губернии была поселена 1-я гренадерская дивизия, в 1817-м в Херсонской и Слободско-Украинской губерниях — 3-я Украинская и Бугская дивизии. Непосредственное начальство над украинскими поселениями император поручил генералу И. О. Витту, над новгородскими — Аракчееву, который, впрочем, по должности председателя Военного департамента Государственного совета и по личной просьбе монарха курировал организацию и ход всего дела. В 1821 г. военно-поселенческие части были объединены в Отдельный корпус под общим командованием Аракчеева, учрежден штаб этого корпуса и Совет «главного над военными поселениями начальника» (т. е. Аракчеева). К 1825 г. на военно-поселенческий режим было переведено около 150 тысяч солдат и 375 тысяч государственных крестьян; новые поселения были организованы в Петербургской и Могилевской губерниях.