На «Черноморе» пустили в ход все противопожарные средства, но они были ничтожны против разбушевавшейся стихии. «Черномора» осыпало осколками раскаленного железа, «Черномору» грозила опасность. Он отошел и зашел с кормы левого борта. Тут мы увидели то, чего описать невозможно: команда искала спасения, сбежалась на корму, люди, охваченные ужасом, кричали, просили о помощи, некоторые молились. Бросаться за борт не разрешали, у борта стоял старший офицер с револьвером в руке, угрожая расстрелом тем, кто посмеет прыгать. Все-таки некоторые прыгали. Кто умел плавать и был крепкий, тот некоторое время держался на воде, кто был слаб, вода его сковывала, и он тут же шел ко дну.
Сюда прибыло много катеров, шлюпки вылавливали людей из воды и отвозили на линкор «Императрица Екатерина Великая», который стоял недалеко. Многих возили в госпиталь.
Командир корабля «Императрица Екатерина Великая» кап. 1-го ранга Терентьев опасался, как бы от детонации не произошел взрыв на его корабле, и отошел от «Императрицы Марии».
Командир «Марии» Кузнецов, учитывая, что вблизи находится Сухарная балка, где в погребах хранятся огромные запасы снаряжения, боялся, что от детонации могут взорваться эти склады, и распорядился затопить корабль. Были открыты кингстоны правого борта. Вода хлынула внутрь корабля, и корабль начал медленно, а потом все быстрее крениться на правый борт. Люди, находящиеся на палубе, — а их было около тысячи — посыпались за борт. У корабля за бортом висела противоминная сетка, она, как невод, накрыла людей и утащила под воду вместе с кораблем.
Когда «Мария» оказалась килем вверх, еще некоторое время держалась на поверхности воды, на нее влезли спасшиеся человек 15—20, они просили помощи. Их катера сняли.
При первом взрыве сыграли пожарную тревогу. По этой команде, согласно расписанию, многие спустились глубоко вниз корабля. Многие из них оказались заживо погребенными.
Когда «Мария» скрылась под водой, на поверхности воды появилось много нефти, в ней плавали предметы и люди, трудно было различить, где предмет, а где голова человека. Катера и шлюпки продолжали вылавливать людей.
Когда все стихло, водолазы спускались на «Марию», под водой они слышали, как в ней, в трюмах, стучали заживо погребенные моряки.
От штабного корабля «Георгий Победоносец» отвалил катер командующего флотом Колчака, на нем стояли офицеры в накинутых на плечи шинелях, в том числе и Колчак. Колчак беспрерывно кружил вокруг места катастрофы и нервно курил.
Тот, кто задумал эту диверсию, знал, что, согласно распорядку, на корабле в 6 часов 30 минут вся команда корабля собирается на корме в церковной палубе на молитву. Значит, на носу остается минимальное количество людей. Первый взрыв был рассчитан на 6 часов 30 минут. Но первый взрыв произошел в 6 часов 28 минут, как раз в то время, когда команда проходила на корму, и многие слышали шипение внизу и запах горелого. Потом последовал взрыв…»
Е. Н. Вильковский, бывший матрос крейсера «Алмаз»:
«…Утром 7 октября 1916 года «Алмаз» производил погрузку угля около госпиталя. Когда раздался первый взрыв, мы побросали мешки и побежали на корму, тут мы увидели ужасную картину. Над линкором «Мария» поднялся огромный столб дыма, внизу в носовой части корабля вырывались языки пламени. Взрывы продолжались. Их было много.
Вскоре к госпитальной пристани стали подвозить раненых, обожженных и мертвых… После гибели «Марии» еще долго вылавливали трупы, связывали их концами и на буксире по воде доставляли к госпитальной пристани. Там для них сколачивали гробы и хоронили на Северной стороне без всяких почестей.
Многих спасшихся матросов свозили на линкор «Екатерина II». Вид у этих людей был жалким: полуголые, раненные, залитые нефтью, все они дрожали от холода. Их изолировали от команды судна. Матросы команды «Екатерины II» бросали им кто белье, кто одежду, кто бушлат, брюки. Делились с ними горячей пищей, но общаться с ними не разрешалось… И их вскоре отправили в экипаж.
Спасшиеся моряки — матросы, доведенные до отчаяния, открыто говорили, что гибель «Марии» — диверсия и только диверсия. Диверсия была связана с высшим командным составом. Матросы открыто высказывали свое негодование командованием, особенно на линкоре «Мария», — таких людей арестовывали и отправляли в тюрьму. Эти разговоры и негодование приняли массовый характер и распространялись на другие корабли…