В 1584 году был основан город Новохолмогоры, известный с 1613 года под именем Архангельск, позднее ставший настоящим главным морским портом Русского Севера, и постепенно, с ростом Архангельска, Николо-Корельский монастырь и его порт начинают терять своё прежнее торговое значение.
Основой хозяйства в XVII веке в монастыре стали рыбный и соляной промыслы, а также разведение скота.
В Смутное время, уже после освобождения Москвы, польские войска Яна Ходкевича разорили северные земли, нанеся большой урон и Николо-Корельскому монастырю.
В 1808—1809-х годах вблизи от монастыря возводились укрепления против возможного прихода английских кораблей. После Тильзитского мира отношения России и Англии были на грани войны. Английские корабли захватывали в северных морях русские торговые суда и, более того, даже захватили город Колу.
В 1854—1855-х годах, во время Крымской войны, англо-французская эскадра блокировала Архангельск, промышляла вблизи Николо-Корельского монастыря и на всём Белом море.
К 1917 году монастырь пребывал в сильном запустении, в нём жили всего 6 монахов и 1 послушник.
В 1921 году монастырь был ликвидирован, некоторое время здесь располагалась колония для малолетних преступников «Коммунар», а в 1929 году в нём была образована сельхозкоммуна «Искра».
Посёлок Судострой и город Молотовск
31 мая 1936 года Политбюро ЦК ВКП (б), Совет Труда и Обороны СССР на основании проведённых изысканий приняли постановление №0—137сс о строительстве судостроительного завода в районе Никольского устья Северной Двины. Строительство было названо Судостроем.
Иван Тарасович Кирилкин (стоит справа) среди первых строителей Молотовска (ныне Северодвинск) прибывших на пароходе «Иван Каляев». Фото 1936 года.
Стране был необходим крупный завод на побережье одного из морей Северного Ледовитого океана. Место в дельте Северной Двины было выбрано как наиболее защищённое с моря, благодаря узкой горловине Белого моря. 1 апреля 1937 года Постановлением ВЦИК новый населённый пункт при судостроительном заводе Приморского района Северной области получил свой официальный статус и отнесён к категории рабочих посёлков. В 1938 году Судострой получил статус города и имя «Молотовск» в честь советского партийного деятеля Вячеслава Молотова.
Приказом наркома тяжёлой промышленности СССР Серго Орджоникидзе от 29 мая 1936 года начальником строительства судостроительного завода и рабочего посёлка Судострой был назначен Иван Тарасович Кирилкин.
Построены две улицы посёлка Судострой, построены подсобные предприятия: бетонный завод, арматурный цех, механические мастерские, кирпичный завод, дизельные электростанции.
Посёлок Судострой, и далее город Молотовск строились и расширялись одновременно с ростом строительства и производственной деятельности судостроительного завода (Судостроительный завод №402).
В 1938—1953-х годах существовал Ягринский исправительно-трудовой лагерь. Первоначально он размещался на острове Ягры, что дало ему название, затем появились отделения в других частях современного города. Лагерные пункты имелись и в близлежащих деревнях. В разное время в лагере содержалось от 5 до 31 тысячи человек (По некоторым данным до 50 тысяч). При этом только за 1940—1945 годы в лагере умерло более 9 тысяч человек. Заключённые строили заводы, порт, жилые дома и дороги, валили лес и добывали песок для строительства города на болотистой местности.
Во время Великой Отечественной войны.
В военные годы город Молотовск совместно с Архангельском и Мурманском являлся одними из главных портов, принимавших грузы стран-союзниц по ленд-лизу.
История северных конвоев долгие годы связывались лишь с Мурманском и Архангельском. Северодвинск (Молотовск) при этом оставался как бы в тени. О городе в СССР, в силу характерной деятельности основных промышленных предприятий, старались упоминать как можно реже.