Но вернемся в 1945 год В октябре Б.А Колчин устроился в научно-библиографический отдел Ленинской библиотеки, где проработал до конца мая 1946 г. Летом копал в археологических экспедициях ИИМКа: Старо-Рязанской и Полоцкой. Работал он и в селе Беседы под Москвой, где А.В. Арциховский второй год подряд раскапывал курганы вятичей.
Осенью 1946 г. Колчин был зачислен в дневную аспирантуру ИИМКа с темой диссертации «Древнерусское ремесло по обработке железа». Научным руководителем его был назначен Арциховский, который по совместительству работал в ИИМКе и перед экзаменами написал своему ученику прекрасную характеристику.
Наступила весна 1947 г. После долгого перерыва А.В. Арциховский решил вернуться к работам в Новгороде. Поскольку Колчин при раскопках курганов в селе Беседы показал себя хорошим организатором, главную роль в организации новгородских раскопок А.В.Арциховский поручил ему. Результаты раскопок Новгородской экспедиции 1947–1948 гг. на Ярославовом дворище широко известны. Это была, если можно так выразиться, генеральная репетиция перед «Неревской эпопеей». Именно здесь начал складываться научный коллектив экспедиции. Начиная с этого времени, Борис Александрович становится одним из организаторов и непременным участником проведения раскопок в Новгороде. До самой смерти жизнь Новгородской экспедиции оставалась частью его жизни.
Вот как характеризует роль Колчина участник новгородских работ 1947 г. Д.А. Авдусин: «…Колчин поломал кустарный характер раскопок и придал экспедиции необычный размах. Она была обеспечена машинами, в первую очередь транспортерами, восхищавшими А.В. Арциховского, который, однако, не вполне и понимал, как их можно применить на раскопках. Было заказано большое количество пиломатериалов, чтобы не экономить на технике безопасности и не попрошайничать у местных организаций. Были сделаны надежные трапы, укрепления, ограждения и пр. Зная об обилии грунтовых вод, получили насос-„лягушку“, в чем ошиблись: нужен был насос с электрическим приводом. Событием было появление нивелиров, облегчивших и ускоривших всевозможные замеры…Но все это было только началом колчинских новаций. Их расцвет еще предстоял. Артемий Владимирович полностью положился на своих учеников. Он почти не вмешивался в их участки работы» (Авдусин, 1994. С. 31, 32).
При новгородских раскопках 1947 г. и в более позднее время Колчин воспользовался своим опытом, приобретенным в Инте на лагерных стройках НКВД и руднике «Большая Инта». Именно там, а не в ЦАГИ, он впервые увидел практическое применение транспортеров и подъемников. Таким путем некоторые приемы организации промышленных работ в ГУЛАГе пришли в практику раскопок сначала Новгородской экспедиции, а позже и многих других, изучавших средневековые русские города.
В марте 1951 г. кандидат исторических наук Колчин был зачислен в штат Института истории материальной культуры. В его жизни начался новый период. Ко времени начала работ на Неревском раскопе он получил возможность заниматься не только летней организацией археологических раскопок, но и постоянным изучением археологии Новгорода.
«Неревская эпопея», т. е. организация и проведение широкомасштабных археологических работ в Неревском конце средневекового Новгорода длилась 12 лет: с 1951 по 1962 г. За эти годы благодаря широкой механизации земляных работ был вскрыт невиданный ранее по величине участок древнерусского города: раскопана площадь в 9 тысяч квадратных метров при толщине культурного слоя от 6 до 7,5 м. Все эти годы Колчин был «правой рукой» Арциховского. Именно на его плечах лежала основная тяжесть организации научного и хозяйственного обеспечения, а также контроль за финансовым выполнением проведения работ этой, если так можно выразиться, гигантской «фабрики по добыче древностей».
На территории Неревского раскопа обнаружены три древние улицы — Великая, Холопья и Кузьмодемьянская — с прилегающими к ним обширными жилыми усадьбами. Всего было вскрыто 18 усадеб, из них 10 — почти полностью. На усадьбах изучено около 1500 различных построек, в том числе более 500 жилищ. Находки Неревского раскопа исчисляются десятками тысяч. Именно здесь в 1951 г. была обнаружена первая берестяная грамота, а всего на этом объекте найдено 395 документов на бересте. В своей книге о деревянных изделиях Новгорода, изданной в 1968 г., Б.А. Колчин пишет: «На Неревском раскопе мы впервые получили представление об облике русского средневекового города в целом, о планировке Новгорода, о его покрытых деревянными мостовыми улицах и площадях, об инженерных сооружениях, садах и огородах, жилых избах и теремах, мастерских и лавках» (Колчин, 1968. С. 5).