В X в. подъем воды, по-видимому, был столь значителен, что он отчетливо фиксируется по разрезу в самом верхнем горизонте отложений X в. В этот период на северо-западе отмечались очень высокие паводки, а в 1000 г. было наводнение, которое зафиксировано в летописях (Борисенков, Пасецкий, 1983). В это время по данным историков Рюриково Городище утрачивает свое значение как административный и торгово-ремесленный центр округи.
Низы слоев XI в. представлены песчаной пачкой с гравием и углем. Возможно, это горизонт окончательного заполнения и выравнивания оборонительного рва. По характеру отложений в разрезе наиболее отчетливо можно говорить об особенностях природной среды только второй половины XI в. В это время по сравнению с X в. и некоторым запустением в первой половине XI в. заметно увеличились площади леса. Он стал господствовать в ландшафте окружающей территории, а пахотные угодья хотя и существовали, но площади их заметно сократились. Таким образом, вблизи Городища лес являлся зональным, но не единственным типом растительности. Преобладали елово-сосновые и сосново-еловые леса с небольшим участием широколиственных пород. На более богатых почвах это могли быть сложные ельники, в растительном покрове которых появлялся подлесок из таких кустарников как калина (Viburnum) и боярышник (Crataegus). Некоторые площади были заняты суходольными и пойменными лугами. В более увлажненных местах существовали болота, причем, судя по составу спектров, заметную роль играли сфагновые и переходные типы с багульником, а по окраине — с таволгой. Отдельные территории были заняты полями с культурной растительностью, причем значение их постепенно росло. Подобный характер растительности указывает на то, что климат в это время был холоднее современного, а формации леса можно рассматривать только как южнотаежные. Вероятно, отмечалось и снижение интенсивности хозяйственной деятельности населения Городища. Однако в дальнейшем, возможно после 70-х годов, начинается новое строительство Городища, возрождаются земельные угодья. Площади, занятые лесом, сильно сокращаются.
На изменение характера растительности лесных формаций, лугов и пашен повлияло не только небольшое потепление климата, но и хозяйственная деятельность людей. Из-за чуть большей сухости климата уменьшилась роль еловых лесов. Большие площади стали занимать сосняки, скорее всего меньшей сомкнутости. Появились лесные поляны. Разнообразнее стал состав луговой растительности, а площади под пахотными угодьями возросли. Возможно, в это время большее развитие получило также и скотоводство. Активная жизнь на Городище способствовала изменению состава растительных группировок. Вокруг построек появилось много сорных растений из семейств маревых (Chenopodiaceae) и цикориевых (Cichoriaceae), а также растений произрастающих вдоль дорог — подорожник (Plantago), горец птичий (Polygonum aviculare). На месте вырубок появляются вторичные березняки. Освобожденные от леса территории снова были вовлечены в общий севооборот. В это время резко увеличились площади занятые посевами культурных злаков, хотя луговая растительность по-прежнему отличалась большим разнообразием мезофильного разнотравья.
В конце XI в., а, по-существу, на рубеже веков (дендрохронологические даты 1099 г. и 1105 г.) продолжается потепление климата, которое привело к дальнейшему сокращению количества ели в составе леса и увеличению роли сосны и березы, а также широколиственных пород. В структуре растительного покрова исследованной территории не следует забывать и о посевных площадях. Среди культурных злаков можно отметить присутствие проса, ячменя, пшеницы, ржи и, возможно, овса. Хозяйственная продуктовность посевов была на достаточно высоком уровне, т. к. пашенных сорняков мало и из них присутствует только горец почечуйный (Polygonum persicaria).