Первое засѣданіе комиссіи закончилось безрезультатно; тѣмъ же закончилось и второе. Между тѣмъ, какъ Императоръ призывалъ своихъ представителей не касаться важныхъ точекъ расхожденія, въ то же время кардиналъ, отъ лица Папы, требовалъ отъ грековъ объясниться. На третьемъ засѣданіи онъ самъ представилъ грекамъ тѣ пункты, которые, по мнѣнію латинской Церкви, являются главными и основными причинами расхожденія между Римской и Православной Церквами. Эти пункты — слѣдующіе:
1. Ученіе объ Исхожденіи Св. Духа. 2. Вопросъ о неквасномъ хлѣбѣ для Евхаристіи въ Западной Церкви. 3. Доктрина о чистилищѣ. 4. Приматъ Папы Римскаго.
На это св. Маркъ Ефесскій отвѣтилъ, что Императоръ категорически запретилъ своимъ представителямъ обсуждать съ латинянами вопросъ, значущійся подъ первымъ пунктомъ (т. е. объ Исхожденіи Св. Духа), а что касается иныхъ пунктовъ, то онъ о нихъ доложитъ Императору. Императоръ, какъ и иные представители грековъ, считалъ, что вопросъ о чистилищѣ является наиболѣе легкимъ для нахожденія “моста” между православными и римо-католиками. Этотъ вопросъ не существовалъ во времена Великаго Раскола, посему и не былъ причиной раскола. Кромѣ того, вопросъ чистилища, это — вопросъ, относящійся къ ученію о загробной жизни, которая и до сего дня не находится въ строгихъ рамкахъ догматики Православной Церкви. Поэтому греки считали, что вопросъ чистилища, который въ сущности и не былъ имъ хорошо извѣстенъ, является не столько строгимъ догматомъ Римской Церкви, сколько частнымъ мнѣніемъ латинскихъ богослововъ новой школы. Греки полагали, что по этому вопросу они легко придутъ къ соглашенію съ латинянами: если латиняне — правы, что выяснится въ безпристрастныхъ изслѣдованіяхъ комиссіи, то греки будутъ готовы согласиться и принять ученіе о чистилищѣ; а если безпристрастное изслѣдованіе выяснитъ, что ученіе о чистилищѣ догматически-невѣрно, то надо его отвергнуть. Сойдясь по первому вопросу, греки и латиняне уже легче найдутъ общій языкъ для нахожденія соглашенія и въ прочихъ вопросахъ. Этимъ надо объяснить и ту благожелательную атмосферу, тѣ благожелательныя обращенія другъ къ другу, которыя видимъ въ диспутахъ по сему вопросу, какъ у грековъ, такъ и у латинянъ.
Итакъ, Императоръ далъ свое согласіе, чтобы греческіе представители приступили къ обсужденію вопроса о чистилищѣ, о чемъ и увѣдомилъ латинскихъ представителей въ комиссіи.
Такимъ образомъ, съ 4-го засѣданія между православными и римо-католиками начались переговоры по вопросу о чистилищѣ. Вначалѣ казалось, что расхожденія между православнымъ и римо-католическимъ ученіемъ о состояніи душъ послѣ смерти — очень незначительны, что и выразилъ св. Маркъ Ефесскій въ одной изъ своихъ рѣчей, но постепенно и онъ самъ и другіе греческіе представители пришли къ убѣжденію, что эти расхожденія — непримиримы.
Источники даютъ намъ очень мало данныхъ о переговорахъ между православными и латинянами по вопросу чистилища, но зато сохранились непосредственныя рѣчи св. Марка Ефесскаго, Виссаріона Никейскаго, докладъ кардинала Іуліана и докладъ Іоанна де Торквемада, которые показываютъ намъ, какъ протекали эти переговоры и съ какимъ напряженіемъ и тщательностью этотъ вопросъ былъ изслѣдованъ. Особенно важны для насъ сочиненія св. Марка Ефесскаго противъ существованія чистилища.
Началъ дискуссію по вопросу чистилища св. Маркъ Ефесскій, который заявилъ латинскимъ делегатамъ, что православные незнакомы съ латинскимъ ученіемъ о чистилищѣ и попросилъ латинянъ представить имъ докладъ по сему вопросу, обѣщавъ представить латинянамъ и православное ученіе о загробной жизни душъ. Получивъ докладъ латинянъ, св. Маркъ немедленно составилъ свой отвѣтъ, который, какъ полагаемъ, не имѣлъ офиціальнаго характера. Засимъ послѣдовало сочиненіе, составленное Императоромъ Іоанномъ изъ двухъ представленныхъ ему докладовъ (одинъ принадлежалъ св. Марку, другой — Виссаріону Никейскому), которое и явилось офиціальнымъ отвѣтомъ грековъ на докладъ латинянъ объ очистительномъ огнѣ, и которое было прочитано Виссаріономъ Никейскимъ на одномъ изъ засѣданій комиссіи. Послѣ сего послѣдовалъ трактатъ, принадлежащій, какъ утверждаетъ Сиропулъ, Іоанну де Торквемадѣ, въ которомъ латиняне опровергаютъ возраженія грековъ. На это послѣдовалъ обширный докладъ св. Марка Ефесскаго, въ которомъ Святитель рѣшительно опровергнулъ всѣ доводы приведенные Торквемадой. Послѣ сего св. Маркъ отвѣтилъ въ письменномъ видѣ на рядъ вопросовъ латинянъ объ ученіи Православной Церкви о загробной жизни.