Вторая мировая война заставила Атанасова отойти от конструирования компьютеров. В 1942 году он стал главой Отдела акустики при Военно-морской Артиллерийской лаборатории (NOL) в Вашингтоне, штат Колумбия, где следил за акустическим испытанием мин. Одна из частей АВС — арифметическая часть, была апробирована в 1942 году и дала Атанасову уверенность в том, что компьютерный проект в значительной степени был уже закончен. Но АВС никогда фактически не использовалась.
Джон Маучли, работая статистиком на полставки в том же самом Отделе, сообщил Атанасову в 1943 году, что он и Эккерт разработали новый подход вычислений, отличный от того, что предложил Атанасов. Атанасов попросил Маучли объяснить, что он сделал, но получил резкий ответ. "Я не могу. Тема секретная". "Новый подход" был связан с ENIAC — первым полностью электронным цифровым компьютером, который в то время собирали при строгой секретности для военных целей в университете Пенсильвании.
В 1945 году Артиллерийское ведомство попросило Атанасова помочь в конструировании компьютера для Военно-морской Артиллерийской лаборатории, выделяя при этом большую финансовую поддержку. Атанасов заявил, что не может одновременно работать над компьютерным проектом и заканчивать работу в Отделе акустики NOL. Военно-морской флот, в конечном счете, отказался от его услуг. Одной из причин послужил доклад, представленный консультантом проекта Джон фон Нейманом, который писал, что Атанасов был не компетентен, чтобы руководить проектом такого масштаба. Атанасов не вернулся к компьютерам и после окончания войны. "Я работал над компьютерами примерно около 12 лет и при очень трудных обстоятельствах. Я нуждался в изменении жизни". Годы спустя он сожалел, что оставил свои усилия по созданию компьютера, но он это понял только тогда, когда стало очевидно, что его машина была поистине революционной. В начале 80-х годов он признался, что если бы понимал потенциальные возможности АВС, то продолжал бы работать над ней.
Атанасов оставался главой Отдела акустики NOL до 1949 года, а затем стал главным ученым армейских полевых сил в Форт-Монро в штате Вирджиния. В течение 1950–1951 годов он был директором программы взрывов при NOL. В 1952 году Атанасов основал фирму "Артиллерийская Инженерная корпорация" в городе Фредерик, штат Мериленд, а спустя 4 года продал ее Воздушной генеральной корпорации того же города. Он стал вице-президентом последней фирмы, а также менеджером ее Атлантического отдела до 1961 года. В дальнейшем Атанасов работал консультантом по автоматизации в упаковочной фирме. Он организовал компанию с названием "Объединенная кибернетика" в том же городе Фредерик, которая давала советы полунаучного характера. У Атанасова было трое детей: сын — Джон-младший и дочери — Элси и Джоанна.
Решение Атанасова доказать, что он является изобретателем электронного цифрового компьютера, пришло к нему после одного "странного" визита. 15 июля 1954 года адвокат от патентного бюро фирмы IBM посетил Атанасова и сказал ему: "Если вы поможете нам, мы аннулируем патент Маучли — Эккерта на компьютер. Это было заимствовано у Вас". Короткий разговор Маучли с Атанасовым в 1943 году, когда был уже создан проект ENIAC, адвокат представил в ином свете, и Атанасов уверился в своей правоте.
Фактически это было в интересах больших компьютерных фирм, не только аннулировать патент Маучли — Эккерта, но и раскрыть АВС Атанасова для того, чтобы обеспечить надежность патентного поля для своих компьютерных проектов. Смерть Клиффорда Берри в 1963 году убрала со сцены человека наиболее способного подтвердить требование Атанасова. Тем не менее Атанасов все более убеждался, что ENIAC была заимствована от его АВС и что стоит продолжать это дело. Более того, ему придавало силы признание его заслуг в других странах, в частности на родине его предков — Болгарии, которая в 1970 году наградила его орденом Кирилла и Мефодия I степени.
Дело дошло до суда. В 1971 году фирма Sperry Rand, которая приобрела патент Маучли — Эккерта на ENIAC, подала в суд на компанию Honeywell за неуплату налогов. Honeywell подала встречный иск, заявляя, что ENIAC был заимствован от ранее созданного АВС и что патент поэтому недействителен. Чтобы подготовить свои показания по этому делу, Атанасов и его адвокаты разыскали бывших коллег и попросили реконструировать АВС. На суде Атанасов точно показал, как работала АВС, нажимая на кнопки, заставляя лампочки загораться. Этого было достаточно, чтобы произвести впечатление на судью Эйрла Р. Ларсона, который решил дело в пользу Атанасова. Решение было объявлено 19 октября 1973 года, за день до Уотергейтского скандала, и поэтому было затеряно в газетной шумихе.
Приговор действительно описывал Атанасова как изобретателя электронного компьютера, a ENIAC — как компьютер, созданный в большей степени на его идее. "Эккерт и Маучли, — читал судья Ларсон, — не сами изобрели этот автоматический электронный цифровой компьютер, но вместо того позаимствовали эту идею у доктора Джона В. Атанасова, а поэтому патент ENIAC является недействительным".
Приговор вне стен суда рассматривался многими как несправедливый и определенно запутанный. Атанасову горько, что он не получил награды за свои заслуги, которые, как он полагал, заслужил. В 1975 году у него случился удар, но он поправился и прожил остаток жизни на своей ферме около Монровил, штат Мериленд, в доме, для которого он спроектировал систему кондиционирования воздуха, кухонные буфеты, краны для дождевой воды, 800-фунтовую вращающуюся входную дверь и замкнутую отопительную систему. Тем, которые заявляли, что АВС не работал, Атанасов отвечал: "Для меня достижением являются выдвинутые идеи. Как только вы получаете идеи, любой может воспользоваться ими". Джон Винсент Атанасов умер 15 июня 1995 года на 92 году жизни.
Если о жизни и деятельности Джона Атанасова нам известно достаточно многое, то о его соавторе Клиффорде Э. Берри в отечественной литературе имеются лишь некоторые упоминания, как об аспиранте д-ра Атанасова, хотя роль его в создании АВС компьютера значительна. Это подтвердил и сам Атанасов многие годы спустя: "Я считаю, что участие Клиффорда Э. Берри — это одно из самых главных условий успеха нашего проекта".
Сведения о жизненном пути и научной деятельности К. Э. Берри немногочисленны: это воспоминания его жены — Джин Берри, переписка с Р. Ричардсом и воспоминания Р. Мэдера, который помогал Берри в конструировании АВС.
Клифф (как называли его многие) Берри родился в 1918 году. Окончил высшую школу Маренго (штат Айова) в 1934 году. Так как он был очень юн, родители считали, что ему следует подождать год, прежде чем поступать в колледж. Клифф посвятил этот год изучению наук и конструированию радиоприемника. Он был помощником начальника отряда бойскаутов, любил классическую музыку. По финансовым причинам его овдовевшая мать переехала в Эймс, чтобы все четверо детей могли посещать колледж Айова. Клифф зарабатывал деньги на свое обучение в колледже, работая на фирме "Гулливер Электрик", и несмотря на эту дополнительную работу он имел чрезвычайно высокие успехи в учебе и был избран в четыре почетных общества — Сигма Кси, Эта Каппа Ню, Фи Каппа Фи и Пи Мю Эпсилон. На первом году обучения ему была присвоена специальная награда за лучший академический доклад на отделении электротехники за первый и второй курсы.
Клифф окончил колледж в 1939 году и начал работу над диссертацией по физике и математике, а также занимался компьютером, который позднее был назван АВС.
В 1941 году он получил степень магистра по физике. Его диссертация была посвящена одному из устройств компьютера АВС и называлась "Конструкция электрических механизмов записи и считывания данных". В этой диссертации Берри писал: "Настоящая работа проводилась совместно с разработкой быстродействующей вычислительной машины… Чтобы максимально реализовать скоростные вычисления на вычислительной машине, необходимо записать и считать числа на карточки со скоростью порядка 60 отверстий в секунду. Это кажется просто нереальным на практике для обычных механических методов, поэтому нами был разработан описанный ниже метод, отвечающий поставленным требованиям".