В годы правления И. И. Неплюева внутри крепостной ограды появились ещё две церкви. 5 мая 1755 г. «отстроена» надвратная церковь во имя Благовещения Пресвятыя Богоматери. Возведена она была на воротах нового Гостиного двора. Весь комплекс строился тоже по проекту И. В. Мюллера. Началось строительство в 1750 году. В 1757 году основана церковь на месте первого Гостиного двора, для которой первоначально предполагалось место на другой стороне главной улицы, напротив. Освящена эта церковь в 1760 году. И. И. Неплюев же при этом не присутствовал, он уехал из Оренбурга в 1758 году, уйдя в отставку по болезни.
Георгиевская церковь в казачьей слободке.
Прежде чем описывать эти две церкви, следует сказать о двух других храмах, появившихся при И. И. Неплюеве на периферии. Это Георгиевская церковь в загородной казачьей слободе, начавшей застраиваться не ранее 1752 года, и церковь на Меновом дворе. Георгиевская церковь освящена, очевидно, в 1756 году, так как атаман Могутов требовал тогда прислать священника со знанием калмыцкого языка, поскольку в слободе селились преимущественно калмыки. Возведен храм был на краю склона к пойме, место было ниже всего поселения, но хорошо просматривалось с левобережья Яика. Церковь не была большой, колокольня выделялась, но не отделялась от объема храма. Это был восьмерик на четверике с куполом, сохранявшим восьмиугольный план, также как и фонарик с луковичкой.
Меновой двор.
(Позже, при восстановлении церкви после крестьянской войны, профиль на венчающей восьмерик части был значительно изменен, пропал оттенок барокко). Оконные проемы церкви с наличниками и сандриками, кривая которых не совпадала с таковой завершения оконного проема. Дверные проемы полуциркульного завершения имели наличники с ушками. Всё это придавало постройке барочный оттенок.
На Меновом дворе за Яиком тоже был храм. Там, на внутреннем Азиатском дворе, была небольшая Захарие-Елисаветинская церковь, освященная в 1757 году. Находилась она на воротах двора, при этом на тех, которые обращены были на юг, и каждый приезжавший из степи человек мог её видеть, входя через ворота большого двора. Это тоже поддерживает предположение о ненавязчивом привлечении к православию.
Петропавловская церковь, вид до 1786 года.
Далее можно вернуться к упомянутым выше двум храмам, связанным с главной улицей, начав с основанной на месте первого Гостиного двора. Освятили её во имя святых Петра и Павла. Это была самая высокая церковь Оренбурга. Въезжающим в главные Сакмарские ворота она сразу бросалась в глаза. Таков примерно был её вид от этих ворот, показанный на рисунке. Высота её до купола равнялась 18,4 м, такой же была и высота до купола у колокольни, которая выходила из общего объема. Дальше колокольня уже отставала от церкви, у которой до фонаря было 24,5 м, а до креста — 30,6 м, у колокольни же до креста было всего 26,35 м. Барабан у церкви был восьмериком на возвышающемся над основным объемом четверике, ширина которого совпадала с таковой основного корпуса — 11,7 м.
Звонница была также восьмиугольной в плане. Вместе с карнизом высота основного здания равнялась 7,1 м, а длина без апсиды — 32,4 м. Так что отношение общей высоты к длине приближалось к 1:1. Все купола сохраняли восьмиугольный план объемов, которые они венчали. Углы восьмериков, исключая фонари, прикрывались двойными лопатками, что их значительно выделяло. Прямые углы оформлялись лопатками и мелкой рустовкой самого угла, только два восточных угла имели полностью рустованные лопатки. Плоскость стен также разделялась лопатками. Оконные проемы имели сегментное завершение, повторявшееся в наличниках, на которых выделялся замковый камень.
Сказать, что храм построен в стиле барокко, нельзя, но влияние этого стиля заметно не только в элементах декора, таких как наличники с ушками, но и в рисунке проемов, приеме выделения углов. В определенной мере сюда же можно отнести и не совсем обычное соотношение ширины к длине — 1:2,74. Но был только один центральный неф, что не позволяет назвать план базиликальным. В этом виде храм просуществовал очень короткое время, так как в 1786 году произошел огромный городской пожар, уничтоживший около 2/3 застройки. Здание очень пострадало, лишившись, судя по отчетным чертежам, всего, что было над звонницей и барабаном. Перекалились, видимо, и верхние ряды кладки барабана, так как его понизили при восстановлении храма, также как и звонницу. Общий вид храма изменился, о чем будет сказано в связи с постройками XIX века. Здесь же следует ещё добавить, что в своем первоначальном виде храм должен был производить значительное впечатление на приезжающих. Архитектором храма мог быть тот же И. В. Мюллер, других архитекторов в эти годы не отмечено.