Некоторое время он провёл в тюрьме Людвигсхафена — был заключён в неё из-за фотографии, где был снят в форме воспитанника Училища правоведения, которую приняли за форму офицера русской армии. Затем вместе с другими шахматистами был помещён в Раштатскую тюрьму, где находился в одной камере с Е. Боголюбовым, А. Рабиновичем и С. Вайнштейном. По воспоминаниям Алехина, в тюрьме не было ни книг, ни газет, и он проводил время, играя вслепую с Боголюбовым. В тюрьме был всего один надзиратель, дочь которого трижды в день приносила заключённым еду и весело с ними болтала. Сравнивая эту обстановку с тюрьмой в Одессе, где ему пришлось побывать в 1919 году, Алехин называл её «идиллической». Впрочем, идиллия была довольно условной: однажды за улыбку во время прогулки Алехин получил от надзирателя четыре дня одиночки.
Благодаря тому, что медкомиссией Алехин был признан негодным к воинской службе, он был освобождён немецкими властями и вернулся на родину через Швейцарию и Швецию. В Стокгольме 7 октября он дал сеанс одновременной игры на 24 досках (+18 -2 =4). 5 ноября, уже в Москве, состоялся сеанс Алехина на 33 досках (+19 -9 =5), сбор от которого поступил в фонд пожертвований для оставшихся в Германии русских шахматистов. 7 ноября началась консультационная партия А. Алехин и В. Ненароков — О. Бернштейн и В. Блюменфельд. Партия игралась в течение трёх дней и закончилась в пользу белых. 15 ноября Алехин дал сеанс одновременной игры в Серпухове (+32 -4 =2), 7 декабря — сеанс в Петроградском шахматном собрании в пользу пленных русских шахматистов (+20 -1), 8 декабря — сеанс в шахматном кружке при Петроградском политехническом институте (+22 -6 =6) — в фонд студента этого института II.Романовского, также находившегося в плену.
5 августа 1915 года в Московском шахматном кружке дал сеанс одновременной игры на четырёх досках, (+2 =2), вскоре чёрными выиграл консультационную партию против В. Розанова и Н. Целикова. 2 октября провёл сеанс в Московском кружке (+23 -5 =4), а 24 октября — в Серпухове, снова в пользу пленных русских шахматистов (+16 =2). В клубном турнире Московского шахматного кружка в октябре-декабре уверенно занял 1-е место (+10=1). За партию против Н. Зубарева получил специальный приз.
В апреле 1916 года Алехин приехал на гастроли в Одессу. 13 апреля дал сеанс (+17 -1 =2), сбор от которого пошёл в пользу находившихся в плену. 15 апреля дал сеанс вслепую на восьми досках. Сеанс длился до 4:30 утра 16 апреля, результат — +7–1. 19 апреля выиграл партию против В. Владимирова и Н. Лоран, 21 апреля — провёл совместный сеанс с П.Листом (+11 -1 =3). 25 апреля выиграл у Б. Берлинского, дав ему фору пешку и ход. Из Одессы Алехин поехал в Киев. Там он начал с сеанса на 20 досках (+17-3). 2, 6 и 8 мая сыграл партии с киевским маэстро Эвенсоном, проиграл первую из них и выиграл во второй и третьей. 4 мая дал сеанс вслепую на 8 досках, выиграв все партии, 10 мая провёл ещё один сеанс на 20 досках.
Попутно с шахматной деятельностью Алехин завершил своё юридическое образование. В 1916 году он отправился добровольцем на фронт, несмотря на то что по состоянию здоровья (из-за болезни сердца) не подлежал призыву в армию. Был командиром отряда Красного Креста. Получил орден Святого Станислава и две медали. Был дважды контужен. После второй контузии попал в госпиталь, где играл вслепую с навещавшими его местными шахматистами, в частности, дал сеанс вслепую на пяти досках. По завершении лечения вернулся в Москву.
13 сентября 1916 года в Москве Алехин дал сеанс на 37 досках (+28 -3 =6). 4 октября в Одессе провёл сеанс вслепую на 9 досках, сбор от которого пошёл в фонд помощи «Одесса — Сербии». Все партии были выиграны, сеанс занял менее 4 часов. В следующий приезд в Одессу Алехин сыграл серию лёгких партий с Б. Берлинским. 25 ноября и 2 декабря 1916 года в Москве сыграл с А. Рабиновичем. 4 декабря в Петрограде выиграл вслепую у А. Велихова. В феврале 1917 года в Москве сыграл одновременно две консультационные партии против двух пар сильных любителей, сведя одну из них вничью и выиграв вторую. 8 февраля сыграл ещё одну партию с А. Рабиновичем. 23 февраля 1917 года в Петрограде началась революция, и шахматная деятельность Алехина прервалась на три года.
Жизнь в Советской России
Революция 1917 года лишила Алехина дворянского титула и состояния. В 1918 году он отправился через Харьков в Одессу, по всей видимости, планируя морем покинуть Россию. Однако уехать ему не удалось. В 1919 году в Одессе Алехин был арестован ЧК по обвинению в шпионской деятельности и приговорён к расстрелу, его спасло вмешательство кого-то из высокопоставленных советских деятелей (по некоторым сведениям, это был член Всеукраинского ревкома Мануильский, лично знавший Алехина). После освобождения Алехин немного проработал в губисполкоме в Одессе, а после начала наступления войск Деникина вернулся в Москву.