В 1939 году вышла новая книга Алехина «Мои лучшие партии (1924–1937)», в которую вошли, в числе прочего, разборы лучших партий матчей с Эйве и дополнительные комментарии к партиям, которые уже были описаны в более ранних книгах. В августе-сентябре Алехин участвовал в 8-й шахматной Олимпиаде, проходившей в Аргентине. Выиграв 9 партий и сведя вничью 7, он получил максимум очков среди лидеров команд, но первое место досталось Капабланке, который обошёл чемпиона в финальной части турнира. Во время Олимпиады в Европе началась война — Германия напала на Польшу. В связи с этим Алехин и Тартаковер выступили по радио и в прессе с призывом о бойкоте немецкой команды. Обращение встретило поддержку, в запланированных матчах с немцами организаторы засчитали технические ничьи 2:2. После Олимпиады Алехин выиграл два небольших турнира в Южной Америке — в Монтевидео и Каракасе. Многие из европейских участников Олимпиады после начала войны не вернулись домой, оставшись в Америке, но Алехин вернулся.
Война
В 1940 году Алехин с женой сначала жил в Португалии, но после нападения фашистской Германии на Францию он вступил добровольцем во французскую армию, где служил переводчиком, в звании лейтенанта. После оккупации Франции Алехин на некоторое время выехал в Португалию. Продолжились переговоры о матче с Капабланкой. Оба соперника очень хотели сыграть этот матч; амбиции были отставлены в сторону, финансовые условия приняты достаточно скромные, соглашение было вскоре заключено; но Капабланке не удалось достать денег на проведение матча, а кубинское правительство отказало ему в помощи. В результате, матч в 1941 году так и не состоялся, а в 1942-м Капабланка умер.
Жена Алехина Грейс не пожелала уехать к нему в Португалию, поскольку не хотела бросать свой дом в Дьеппе, и так уже подвергшийся разграблению. Чтобы сохранить остатки имущества жены и обеспечить ей самой защиту от репрессий, Алехин был вынужден обратиться к германским властям за поддержкой. Благоразумные немцы охотно вошли в контакт с чемпионом мира, ведь его имя было неплохой рекламой. Спекулируя на положении Алехина, его привлекли к участию в турнирах на территории Рейха. Алехин охотно играл в международных турнирах, иногда проводил сеансы одновременной игры для офицеров вермахта. В одном из таких сеансов он достиг ошеломительного успеха — играя одновременно на 75 досках, выиграл все партии. Турнирные успехи Алехина также были высоки — он был явно сильнейшим из всех участников, уверенно обыгрывал сильнейших немецких шахматистов (счёт с Паулем Пересом — +3 =3, с Клаусом Юнге — +4–1 =1). Поскольку практически всё имущество Алехина и его жены было разграблено, шахматы остались единственным способом получения средств существования.
В январе 1943 года Алехин заболел скарлатиной. Как это обычно бывает, детская болезнь в зрелом возрасте протекала тяжело. Врачам удалось спасти жизнь Алехина, но здоровье его было подорвано.
В октябре 1943 года Алехин выехал на турнир в Испанию и более не вернулся на оккупированные фашистами земли. В Испании Алехин жил в бедности — вялая военная шахматная жизнь не могла дать достаточно средств. Принял участие в нескольких турнирах, с достаточно скромными результатами, выиграл небольшой матч у чемпиона Испании Рей Ардида со счётом +1 =3. Давал частные уроки подающему большие надежды 13-летнему Артурито Помару (впоследствии — гроссмейстер, неоднократный чемпион Испании), материалы которых свёл в позже опубликованный шахматный учебник «Завет!». Выпустил ещё один сборник, куда вошли партии, сыгранные во время Второй мировой войны (всего — 117, 30 из них — сыграны самим Алехиным).
Последние годы жизни
В 1945 году Алехин был приглашён на турниры в Лондоне и Гастингсе, но приглашения вскоре были отозваны: американская шахматная федерация потребовала от устроителей исключить Алехина из числа участников, угрожая в случае отказа бойкотировать турниры. На Лондонском турнире прозвучали требования лишить Алехина, как коллаборациониста и антисемита, звания чемпиона и объявить ему бойкот — не приглашать на турниры, не печатать его статьи и так далее. Решение о бойкоте принималось в обход ФИДЕ. По сути, это был самосуд. Ни объяснения Алехина, ни тот факт, что далеко не он один играл в турнирах на оккупированных территориях, во внимание не принимались. Одним из организаторов бойкота считают Макса Эйве, который рассчитывал быть провозглашённым чемпионом мира после лишения Алехина титула. Так, сам Алехин знал об этом и писал: «Я не удивился, узнав о протесте Эйве против моего приглашения в турнир. Меня удивило бы обратное».