Длинная винтовка предназначалась для замены в войсках 6,5-мм винтовок «тип 30», «38», «И», короткая – для замены 6,5-мм карабинов «тип 30», «38», «44». Однако старые винтовки продолжали применяться в войсках ещё некоторое время.
Многозарядная винтовка «Арисака тип 99», как и её предшественница, была сконструирована на базе системы Маузера, но с более лёгким и коротким затвором. Хотя новая винтовка, в принципе, была по конструктивному решению одной из самых старых в мире, она, как ни странно, неплохо зарекомендовала себя в годы второй мировой войны. Её можно назвать одной из лучших образцов японского стрелкового оружия.
Помимо нового затвора в конструкцию на винтовки «тип 99», были внесены и другие конструктивные изменения. Вместо открытого прицела с дополнительными откидными визирами для стрельбы по низколетящим воздушным целям был принят новый рамочный прицел с диоптрическим целиком. Прицел имел две шкалы. Шкальная маркировка на внешней стороне предназначалась для пролетающих мимо целей, а на внутренней – для целей, движущихся под углом по направлению к стрелку. Стрельба по самолётам, летящим на стрелка, осуществлялась посредством целика и мушки, причём на боковых поверхностях последней была нанесена вспомогательная маркировка для учёта упреждения. Однако, как выяснилось, огонь по самолётам из винтовок был мало эффективен.
Прицельные приспособления винтовок сверху вниз: «тип 44», «тип 38» и «тип 99»
На рамочном прицеле винтовки тип «99» имелись откидные визиры, для стрельбы по воздушным целям
В 1942 году на вооружение японских войск поступила снайперская винтовка «тип 99». Помимо М99 в качестве боеприпаса к ней мог применяться и патрон калибра 7,7 мм, аналогичный английскому .303 Lee Enfield. Первоначально снайперская винтовка «тип 99» оснащалась старым оптическим прицелом «тип 97», но уже с 1942 г. завод в Нагое стал снабжать винтовки 4-х кратным прицелом «тип 2». За год до конца войны все снайперские винтовки «тип 99» оснащались новым, усовершенствованным оптическим прицелом «тип 4» с механизмом внесения поправок и углом поля зрения 7°, что существенно повысило боевые возможности данного оружия. Градуировка углов прицеливания последней модификации начиналась с 300 метров, поэтому при стрельбе на малые дистанции стрелок пользовался обычным рамочным прицелом. При этом, оптический прицел, располагавшийся слева, как на снайперской винтовке Арисака «тип 97», не снимался, а заряжание патронами оставалось обойменным.
Модель винтовки 1939 г. стала образцом для создания её десантной модификации. Винтовка была приспособлена к специфике ВДВ – при необходимости, она разбиралась на две части. В авиадесантные подразделения она поступила в 1941 г. Крепление ствола этой винтовки осуществлялось посредством сухарно-резьбового соединения, которое оказалось непрочным, что вызывало резкое недовольство десантников. В 1943 г. арсеналу в Нагоя пришлось снять с производства эту винтовку и заменить её другим образцом, разработанным для ВДВ первым армейским техническим НИИ. Новая винтовка калибра 7,7 мм получила обозначение «тип 2» (образец 1942 г). Она также была создана на базе короткой винтовки «тип 99», но с учётом предыдущего неудачного эксперимента. Узел замыкания был сконструирован по другой схеме – с клиновым замыкателем, применявшимся в ручных пулемётах. До конца войны арсенал в Нагоя для армии и флота изготовил 25 000 винтовок «тип 2».
В связи с нехваткой ряда материалов и уменьшением производственных возможностей японцы, с конца 1943 г, вынуждены были пойти на создание эрзац оружия. Так появилась японская «резервистская» винтовка «тип 99». Её изготавливали из низкокачественных материалов и с существенными техническими погрешностями, чем она походила на карабины, выпускаемые для немецких ополченцев фольксштурма в конце второй мировой войны.
Качество этих винтовок было крайне низким. Всюду заметны сварочные швы и следы металлообработки. Вместо регулируемого прицела был установлен обычный целик, затыльник приклада делался не из металла, а из фанеры. Кроме того, короткие винтовки были изготовлены с укороченными ствольными накладками. Не случайно у этих винтовок отмечались случаи разрыва стволов при выстреле. В специальной литературе эти винтовки обозначаются как «модель 99/2» или «99/3».
Винтовки этого типа пытались оснастить магазином от ручного пулемёта на 20 патронов, но дальше экспериментов дело так и не продвинулось.
С 1940 по 1945 г.г. промышленность Японии поставила в армию и на флот не менее 3,5 миллионов винтовок «тип 99» всех модификаций. Помимо вышеперечисленных фирм, производством этих винтовок занимались и частные оружейные заводы Японии – «Дай Ниппон Хейки Когё» в Нотобе, «Каяба Когё» и «Токио Юки» в Токио и «Тойо Юкки» в Хиросиме.