После атаки авианосной авиации над Лаэ появились 8 бомбардировщиков В-17 из базировавшейся на Таунсвилл (Австралия) 19-й бомбардировочной авиагруппы ВВС армии США. Вслед за ними японцев атаковала восьмёрка австралийских "Хадсонов" из Порт-Морсби.
Результаты атаки были весьма неплохими для американцев: транспорты "Тэнъё-мару", "Конго-мару" и "Йокогама-мару" потоплены, гидроавианосец "Киёкава-мару", крейсер "Юбари", минзаг "Цугару", эсминцы "Юнаги" и "Асанаги", транспорт "Кокай-мару" повреждены — самые большие потери, понесённые японцами в этом районе с начала войны. Потери японцев в личном составе составили 130 человек убитыми и 245 ранеными.
Авиагруппа "Киёкава-мару" в тот день недосчиталась трёх гидросамолётов: R-18 был потерян в воздушном бою, R-22 вернулся на корабль, но затонул при попытке подъёма на борт, R- 19, поднятый в воздух на перехват американских самолётов уже после начала атаки, был потерян при вынужденной посадке (скорее всего, именно этот самолёт атаковал TBD, бомбившие "Киёкава-мару").
К счастью, после непродолжительного ремонта экипаж "Ки- ёкава-мару" смог обеспечить кораблю ход, хотя и не больше 10 узлов. В вот же день гидроавианосец покинул свою стоянку и на небольшой скорости доковылял до Гасматы (прибыл 11 марта). В Гасмате был произведён дополнительный ремонт, после чего на следующий день гидроавианосец добрался до Рабаула, где сгрузил на берег авиагруппу и занялся более основательными ремонтными работами. Наличествующая в Рабауле ремонтная база не позволяла полностью устранить полученные повреждения, и 27 марта гидроавианосец покинул Рабаул, отправляясь в Йокосука, куда и прибыл 8 апреля (с заходом на Трук).
Сдав в Йокосука свои 15-см орудия и артустановки (для ремонта и модернизации), 13 апреля корабль был переведён в Йокогама. Впрочем, настырные американцы достали гидроавианосец и в Японии: 18 апреля 1942 г. район Йокогама-Йокосука подвергся атаке американских бомбардировщиков В-25 "рейдеров Дулиттла" — отряда бомбардировщиков ВВС Армии США, взлетевших с авианосца "Хорнет" и атаковавших различные военные объекты на территории Японских островов. Вместе с другими кораблями "Киёкава-мару", стоявший у пирса на верфи компании Мицубиси, участвовал в отражении налёта, отстреляв между 12:51 и 13:35[* Огонь по одиночным В-25 вёлся в периоды: 12:51-12:55, 12:58-13:05, 13:14-13:21 и 13:31-13:35. При этом второй из обстрелянных самолётов был поражён несколькими 25-мм снарядами.] по четырём вражеским самолётам 330 25-мм и 235 7,7-мм патронов и заявив о попаданиях в один из В-25.
20-го числа "Киёкава-мару" стал в док №2 на верфи компании Асано (Йокогама), но уже через 4 дня его вернули обратно на верфь Мицубиси для окончания ремонта. Закончив ремонт, "Киёкава-мару" вернулся в Йокосука для установки 15- см орудий и пополнения запасов, после чего 26 мая 1942 г. отправился на Трук (прибыл 1 июня), а оттуда — в Рабаул (покинул Трук 3 июня, прибыл в Рабаул 6-го числа). При этом, несмотря на месяц, проведённый в Японии, корабль так не успел пройти всех послеремонтных испытаний, которые пришлось заканчивать уже в Рабауле (8 июня).
Пока "Киёкава-мару" ремонтировался в Японии, его авиагруппа успела принять в операции "МО" (конец апреля — начало мая 1942 г.). Входившие вместе с авиагруппой гидроавианосца "Камикава-мару" в состав Сил прикрытия гидросамолёты прикрывали продвижение японских конвоев, а потом — высадку на острова Флорида и Гуадалканал. При этом с 3 мая авиагруппа "Киёкава-мару" действовала с бухты Реката на острове Санта-Исабель.
4 мая 1942 г. в 08:15 японские корабли соединения контр- адмирала Сима Киёхидэ, действовавшие у Гуадалканала, были атакованы самолётами с авианосца "Йорктаун". Как и в рейде на Лаэ и Саламауа, американцы зашли с противоположной от противника стороны острова, перевалили через расположенный в его центре горный хребет и вышли в атаку. Два F1M2 из авиагруппы "Киёкава-мару" пытались поодиночке помешать американским самолётам, атаковавшим минный заградитель "Окиносима", но сами были сбиты: около 12:15 один из них стал жертвой пикировщиков SBD, а часом позже другой корректировщик был контратакован и сбит парой уже сбросивших торпеды торпедоносцев TBD. При этом японские лётчики успехов не добились, хотя, как знать, может быть, именно их безуспешные атаки помешали американцам поразить "Окиносима" (один корректировщик атаковал американцев именно во время пикирования).
Всего в тот день японцы потеряли 5 F1M2 (3 с "Камикава- мару" и 2 с "Киёкава-мару"). Кроме того, американцы потопили эсминец "Кикудзуки", тральщик "Тама-мару" и вспомогательные тральщики №1 и №2. Минзаг "Окиносима", эсминец "Юдзуки" и транспорт "Адзумасан-мару" были незначительно повреждены. Впрочем, атака американцев не помешала самолётам с "Киёкава-мару" быстро перебазироваться на гидроаэродром у островка Тулаги, расположенного у острова Флорида.
В последующие дни, закончившиеся первым в истории войны на море сражением между авианосцами (сражение в Коралловом море), авиагруппа "Киёкава-мару", отправленная на усиление авиагруппы "Камикава-мару"[** 6 мая 1942 г. три Е13А1 под командованием младшего лейтенанта специальной службы Косэки Ёсиюки прилетели на Дебойн из Рабаула, а три E8N2 и один F1M2 под командованием капитан-лейтенанта Ямада Масадзи — из Тулаги (с остановкой у Шортленда).], действовавшей с гидроаэродрома у острова Дебойн, ничем особым себя не проявила, потеряв вдобавок, ещё один F1M2.
С созданием 14 июля 1942 г. нового 8-го флота, отвечавшего теперь за действия в юго-западной части Тихого океана, в том числе на Новой Гвинее и Соломоновых островах, "Киёкава-мару" был немедленно включён в его состав. Первой операцией, в которой гидроавианосец был задействован в составе нового флота, стала операция "RI" по переброске японских войск в район Буна-Гона (восточное побережье острова Новая Гвинея) с целью атаки Порта-Морсби сухопутным путём. 20 июля гидроавианосец покинул Рабаул в эскорте конвоя, а на следующий день в 14:40 его гидросамолёт обстрелял миссию в Буне, не встретив ни вражеской авиации, ни ПВО.[*** В этом районе находился только один взвод Папуанского пехотного батальона, состоявшего из туземных солдат под командованием австралийских офицеров.] Высадка японских войск у Гона вечером 21 июля прошла без проблем, как и расширение плацдарма, так что уже 24-го "Киёкава-мару" вернулся в Рабаул.
Вскоре после возвращения в Рабаул корабль был отправлен в Давао, где он вместе с транспортом "Мёко-мару" принял на борт 2-й и 3-й батальоны 41-го пехотного полка, после чего повёз их в Рабаул, а оттуда — в Гона, где и выгрузил их 21 августа, после чего вернулся в Рабаул.
Конец августа — начало сентября 1942 г. "Киёкава-мару" провёл в Рабауле, периодически используясь в качестве плавучей заправочной станции. Впрочем, это не мешало его авиагруппе активно действовать — её самолёты долетали даже до Порт- Морсби. 18 сентября корабль покинул Рабаул и отправился в Йокосука, куда прибыл 26-го числа. Там он получил нового командира — капитана 1 ранга Хигути Ко, до того командовавшего знаменитой истребительной авиагруппой "Тайнань".
2 октября "Киёкава-мару" покинул Йокосука и взял курс на Рабаул, но добраться до него без происшествий кораблю не удалось: 11 октября в проходе Сент-Джордж неподалёку от Рабаула его атаковал Локхид "Хадсон" из 6-й эскадрильи RAAF, заявивший о двух прямых попаданиях 113-кг бомб. После ремонта, проведённого в середине октября с помощью плавмастерской "Хаккай-мару", гидроавианосец продолжал отстаиваться в Рабауле. Только один раз в начале ноября "Киёкава- мару" сходил в Буну с грузом боеприпасов и других предметов снабжения для японских войск на Новой Гвинее.