29 ноября "Киёкава-мару" вышел из Рабаула и направился в Японию, при этом его авиагруппа, оставшаяся на передовой, была включена в состав 958-й авиагруппы флота.
1 декабря 1942 г. приказом по внутренней службе №2212 гидроавианосец "Киёкава-мару" был исключён из списков флота. В тот же день приказом по внутренней службе №2213 судно было внесено в списки флота в качестве транспорта (приписка к BMP Йокосука при этом не изменилась).
Корабль прибыл в Йокосука 7 декабря, где и прошёл переоборудование в транспорт. При этом 13-го числа в командование транспортом вступил капитан 1 ранга резерва Хара Сэйтаро.
В отличие от гидроавианосца "Киёкава-мару", транспорт "Киёкава-мару" путешествовал много, перевозя грузы и войска по Тихому и Индийскому океанам. Так, уже 20 декабря 1942 г. "Киёкава-мару" покинул Йокосука и отправился на Трук, затем в Рабаул и на Шортленд, после чего вернулся в Сасэбо, а в конце января 1943 г. ходил в Шанхай.
Следующей задачей, поставленной перед транспортом, была перевозка подкреплений на Новую Гвинею. 3 февраля "Киёкава-мару" покинул Сасэбо и через два дня прибыл в Циндао, где на борт был погружен личный состав и снаряжение частей 41-й дивизии. 7 февраля транспорт покинул Циндао и отправился к островам Палау, куда прибыл 14-го числа. 21 февраля "Киёкава-мару" отправился с Палау в Вевак (остров Новая Гвинея) в составе небольшого конвоя, состоящего из транспортов "Киёкава-мару", "Ясукуни-мару" и "Укисима-мару", которых прикрывал эсминец "Исонами". В 12:20 24 февраля корабли прибыли в Вевак. После быстрой разгрузки конвой покинул порт в 04:30 следующего дня. 26-го конвой разделился, и "Киёкава-мару" отправился в Японию самостоятельно (прибыл в Кобэ 13 марта).
В Японии транспорт прошёл ремонт и докование (в Йокогама; конец марта — середина апреля) и, кроме того, сменил подчинённость (с 1 апреля 1943 г. был подчинён 2-му Южному экспедиционному флоту, отвечавшему за центральную и восточную части Голландской Восточной Индии) и капитана (12 апреля должность принял капитан 1-го ранга резерва Фудзисава Такуо).
После этого "Киёкава-мару" отправился к островам Рюкю, а позднее — в Юго-Восточную Азию, где посетил Макассар и Сингапур. Вернувшись в Японию (Сасэбо) 26 июля, 12 августа транспорт снова был отправлен на юг. Там его передали в подчинение Флоту Юго-Западного района (с 1 сентября 1943 г.), который отвечал за морскую оборону всей Юго-Восточной Азии.[* Фактически это был не флот, а группа флотов, поскольку его командованию подчинялись все Южные экспедиционные флоты.] Впрочем, обязанности "Киёкава-мару" от этого не изменились (перевозка войск и грузов между базами), зато заметно расширился район походов. В ноябре 1943 г. транспорт выходил даже в Индийский океан, дважды (6 и 23 ноября) доставляя грузы в Мергуи (Бирма) под эскортом миноносца "Кари". За время этой работы транспорту не повезло только один раз — 11 сентября у Макассара он получил незначительные повреждения от атаки с воздуха.
26 декабря 1943 г. в командование транспортом вступил капитан 1-го ранга Оцука Мики, после чего "Киёкава-мару" продолжил путешествовать между портами Тихого (Сингапур, Сабанг, Амбон, Сурабая и т.д.) и Индийского (Порт-Блер на Андаманских островах) океанов. При этом с 23 по 30 июня 1944 г. транспорт прошёл ремонт в Сингапуре.
Поскольку военная промышленность Японии требовала всё больше ресурсов, 14 июля 1944 г. "Киёкава-мару", гружённый алюминиевой рудой, вышел из Сингапура в Модзи в составе конвоя "ХИ-68". В составе конвоя, кроме 2 транспортов, было целых 5 танкеров, поэтому командование флота не поскупилось на эскорт, состоявший из минного заградителя и 5 кайбоканов. Конвой без приключений добрался до Манилы (в 13:00 20 июля), которую покинул в 06:00 24-го. За счёт присоединившихся в Маниле судов конвой увеличился до 14 единиц, но вырос и эскорт, состоявший из авианосца "Кайё", 1 миноносца и 7 сторожевиков. Впрочем, даже такой эскорт оказался не в состоянии уберечь конвой от атак группы американских подлодок под общим командованием капитана 2 ранга Рёйбена Витакера. При этом подлодка "Кревалле" (SS291), атаковавшая конвой в 15:40 25 июля, успеха не добилась, но зато "Флэшер" (SS249) самого Витакера, атаковавший конвой, по данным радара в 02:11 26 июля, ухитрился шестью торпедами потопить 3 японских судна, в том числе танкер. Последней — в 03:58 26 июля — в атаку вышла подлодка "Энглер" (SS240). Из шести торпед, выпущенных лодкой из надводного положения, одна попала в носовую часть "Киёкава-мару" в 04:00. С таким повреждением корабль не мог угнаться за конвоем и в 06:55 отделился от него и отправился в Такао, куда прибыл на следующий день. В Такао его немного подлатали, но, похоже, возможности провести нормальный ремонт там не имелось. Поэтому 2 августа "Киёкава-мару" перешёл в расположенную неподалёку военно- морскую базу Мако (Бако),[** Ныне Магун на одноимённом острове в арх. Пэнхуледао (Пескадорские о- ва), в Тайваньском проливе.] где, наконец, отремонтировался. Покинув Мако 17 августа, транспорт осторожно двинулся в Японию, не стесняясь несколько раз бросать якорь в различных портах и бухтах. 28 августа "Киёкава-мару" пришёл в Курэ, где на следующий день на нём снова начались ремонтные работы, совмещённые с усилением зенитного вооружения и нанесением (23-30 сентября) камуфляжной окраски. В результате "Киёкава-мару" покинул Курэ только 7 октября 1944 г. После нескольких рейсов между портами Японии 14 ноября транспорт снова включили в состав идущего на юг конвоя — "ХИ-81". Этот конвой подвергся форменному избиению американскими подводными лодками, но "Киёкава-мару" не пострадал и смог добраться до Такао, а потом также без повреждений в составе конвоя "МАМО-5" добраться до Японии с грузом в 6000 тонн сахара.
После возвращения в Японию и очередного ремонта в Курэ (в конце декабря) "Киёкава-мару" не покидал вод метрополии до 29 января 1945 г., когда вместе с конвоем "ХИ-93" вышел из Модзи на Хайнань. К тому времени опасность от американских подлодок была такой, что даже относительно неплохо защищённые конвои старались прижиматься к берегу и передвигаться только днём, останавливаясь на ночь в небольших бухтах. В результате дорога до острова Хайнань и обратно в Японию заняла у "Киёкава-мару" почти месяц. Сразу по возвращении транспорт был отправлен в короткий рейс в Китай, по возвращении из которого Окада, ещё 15 октября 1944 г. произведённый в контр-адмиралы, был сменён на посту командира "Киёкава-мару" другим офицером.[*** Позднее Окада будет назначен командиром линкора "Нагато" и погибнет на его мостике 19 июля 1945 г. во время атаки стоящего на приколе линкора американскими авианосными самолётами.]
В марте-апреле 1945 г. "Киёкава-мару" последний раз за войну покидал воды метрополии, отправившись из Модзи в Кирю (ныне Цзилун на острове Тайвань). Из-за постоянной угрозы со стороны американских подлодок обычно недолгое путешествие туда и обратно заняло почти месяц — с 16 марта по 14 апреля. 24 мая у мыса Мотоямамисаки (западная часть Внутреннего моря) корабль подорвался на мине, выставленной американскими бомбардировщиками В-29. Повреждения оказались незначительными, и в конце мая-начале июня его достаточно быстро отремонтировали в Курэ. Но американцы не оставляли "Киёкава-мару" своим вниманием: 20 июля 1945 г. он был тяжело повреждён атаками американской авианосной авиации и выбросился на мель к северу от порта Каминосэки (центральная часть Внутреннего моря). В этот раз до ремонта транспорта у японцев просто не дошли руки, и 22 ноября 1945 г. всё ещё сидящий на мели "Киёкава-мару" затонул после сильного шторма.