Действия Гуандунского флота в Южно-Китайском море совпали с реформой цинских ВМС. В 1909 г. на смену старому морскому ведомству (Цзунли хайцзюнь шиу ямэнь) пришло Министерство по делам организации флота (Чоубань хайцзюнь шиу чу) во главе с принцем Цзай Сюнем. В 1910 г. ведомство было переименовано в Морское министерство (Хайцзюнь бу). Наньянский и Бэйянский флоты были объединены под единым командованием, появились крейсерская эскадра и речная флотилия Янцзы. Гуандунский флот был переименован в Эскадру провинции Гуандун (Аохай цзяньдуй), но продолжал оставаться под контролем местных властей.
Последним пополнением Гуандунской эскадры накануне Синьхайской революции 1911 г. стала серия речных канонерок, построенных в Гонконге в 1908-1909 гг.: «Цзянгун», «Цзянда», «Цзянгу», «Цзянъань» и «Цзянхань». Они имели водоизмещение 250 т, длину 44 м, ширину 6 м, осадку 2,2 м, развивали скорость 14 уз и вооружались одной 75-мм пушкой и 2-4 пулеметами. Экипаж состоял из 62 человек.
Правительство молодой Китайской Республики сделало попытку окончательно объединить все военно-морские силы страны, но она оказалась сорвана региональными милитаристами, во второй половине 1910-х гг. взявшими курс на подготовку к гражданской войне. Большинство из них не нуждалось во флоте, а случайно доставшиеся корабли рассматривало как товар. Так, гуандунский генерал Мо Жунсин в 1918 году за 900 000 юаней продал за границу транспорт «Гуанхай». В то же время, именно гражданская война привела к неожиданному усилению Гуандунской эскадры.
В первые годы республики единственным достоверно известным пополнением Гуандунской эскадры стали 200-тонные мелкосидящие канонерки «Дунцзян» и «Бэйцзян». 20 марта 1913 г. на железнодорожном вокзале в Шанхае был убит один из основателей Гоминьдана (Национальная партия) и лидер парламентского большинства Сун Цзяожэнь. Ответственность за его гибель лежала на временном президенте республики Юань Шикае, видевшем в парламенте средство ограничения своей власти. Опасаясь репрессий, руководство Гоминьдана во главе с Сунь Ятсеном бежало в Японию. В конце 1915 г. Юань Шикай попытался провозгласить себя императором под девизом Хунсянь (Великий Закон), но встретил сопротивление армии и уже в марте следующего года вернулся к республиканской форме правления. Смерть диктатора в июне 1916 г. открыла верхушке Гоминьдана дорогу для возвращения в Китай, но отнюдь не означала моментальный приход партии к власти. Прибыв из Японии в Шанхай, Сунь Ятсен почел за благо тут же уехать на родину - в провинции Гуандун его идеи традиционно пользовались поддержкой.
Так как премьер-министр Пекинского правительства Дуань Цижуй объявил о созыве нового парламента, Сунь Ятсен призвал всех депутатов старого прибыть в Гуанчжоу для формирования альтернативных органов власти. Конституционное движение сразу же получило поддержку флотского командования. Это объяснялось тем, что ни Пекинское правительство, ни провинциальный генералитет не интересовались проблемами флота. Немалую роль сыграл также тот факт, что во главе республиканских ВМС стоял давний соратник Сунь Ятсена адмирал Чэн Бигуан. Вместе с командующим Первой (Шанхайской) эскадрой Линь Баоцзэ он фактически поднял мятеж, объявив о неподчинении правительству Дуань Цижуя. 22 июля 1917 г. адмирал увел на юг корабли Первой эскадры, стоявшие в Лунхуа близ Шанхая. В их числе были бронепалубный крейсер «Хайци», минный крейсер «Фэйин», эсминец «Тунъань», а также канонерки «Юнфэн» и «Уфэн». Сунь Ятсен присоединился к Чэн Бигуану. По пути к отряду примкнули эсминец «Юйчжан» и транспорт «Фуань», ранее посланные в Фуцзянь. 4 августа 1917 г. семь кораблей прибыли в Гуанчжоу, где уже находились бронепалубный крейсер «Хайчэнь», канлодки «Юнсян» и «Чуюй». Так под командованием Чэн Бигуана была сформирована «Эскадра, защищающая конституцию» (Хуфа цзяньдуй). В октябре 1917 г. к ней присоединился крейсер «Чжаохэ», в результате чего в Гуандуне оказались сосредоточены 44% всех боевых кораблей Китая.
После гибели Чэн Бигуана в начале 1918 г. выяснилось, что не все моряки эскадры безоговорочно поддерживают Сунь Ятсена. В 1921 г. фуцзяньцы из команды крейсера «Хайци» пытались организовать мятеж, однако эта попытка была подавлена командиром корабля Вэнь Шудэ. После этого он был назначен командующим эскадрой и в июне 1922 г. поддержал лидера Гоминьдана в конфликте с гуандунским губернатором анархистом Чэнь Цзюнмином. Однако уже в конце следующего года Вэнь Шудэ изменил Сунь Ятсену и перешел на сторону северного милитариста У Пэйфу.