Остов легкого крейсера "Кисо", затонувшего на мелководье в гавани Манилы (снимок сделан 5 марта 1945 г., после захвата порта американцами)
Тем временем быстроходные авианосцы адмирала Шермана 12 ноября отошли для приема топлива и пополнения боеприпасов, затем вернулись в район восточнее Лусона и 13 ноября провели повторную штурмовку Манильского залива. Теперь пилоты получили приказ концентрировать атаки на судах, которые могли бы быть использованы для доставки подкреплений на Лейте. В результате силы Окавати опять понесли тяжелые потери.
Поврежденные накануне "Акебоно" и "Акисимо", стоявшие рядом у пирса Кавите, были быстро уничтожены (совместные потери их экипажей составили 48 человек). На дно легли находившиеся на рейде эсминцы "Окинами" (14 погибших, 19 раненых), "Хацухару" и легкий крейсер "Кисо" (последний прибыл в Манилу только накануне чтобы стать флагманом адмирала Кимура). Все эти корабли затонули на мелководье (экипаж "Хацухару" продолжал бороться с пожарами в течение 10 часов после того, как киль эсминца коснулся дна), однако у японцев не было ни времени, ни технических возможностей для подъема и ремонта потерянных единиц. Кроме того, были уничтожены или безнадежно выведены из строя семь ценных транспортов, включая ветерана ТА №2 и №4 "Кинка-мару", а немногие уцелевшие боевые корабли получили повреждения. Так на "Усио" близким разрывом бомбы была выведена из стоя одна из двух машин, 23 члена экипажа погибло и 9 было ранено.
Бедствия 11 и 13 ноября были для японцев поистине чрезмерными. Вице-адмирал Окавати временно приостановил операцию "ТА". Находящийся в Брунее вице-адмирал Курита приказал адмиралам Сима и Кимура немедленно покинуть район Манилы со всеми военными кораблями. Те вышли к Брунею около полночи 13-го с "Касуми", "Асасимо", "Хацусимо" (флаг Сима), "Усио" и "Таке". Один лишь "Таке" вскоре возвратился, для всех же остальных кораблей (как и для контр-адмирала Кимура) операция "ТА" и Манила остались минувшими страницами боевой биографии.
Среди последствий больших потерь в эскадренных миноносцах октября и ноября было расформирование 20 ноября 1944 г. 1-й эскадры эсминцев Пятого флота и передача большинства уцелевших единиц контр-адмирала Кимура во 2-ю эскадру эсминцев Второго флота. Вместо этого в состав Пятого флота вошла 31-я эскортная эскадра (ЭЭ), созданная за три месяца до этого и организационно включавшая практически все японские эскортные и противолодочные силы. Всего через пять дней - 25 ноября - 31-я ЭЭ оказалась полностью обезглавленной, когда с потопленным американской подводной лодкой "Кавэлла" (SS-244) эсминцем "Симоцуки" погиб командир эскадры контр- адмирал Эдо Хеитаро [8] и весь ее штаб.
В начале декабря в Японии был создан новый штаб эскадры, теперь под командованием контр-адмирала Цуруока Нобумити, но до самого конца года он так и не смог попасть в Манилу. Тем не менее, 5 декабря 1944 г. Пятый флот и 31-я ЭЭ были официально переданы флоту Юго-западного района для использования в операции "ТА".
Результаты американских воздушных налетов середины ноября привели к двухнедельной паузе в японских транспортных походах к Лейте, самым негативным образом сказавшейся на положении войск на передовой. Американская 6-я армия смогла прочно закрепиться и теперь перешла в наступление, замедленное, но не остановленное соединениями генерала Судзуки.
Реалии обстановки повлекли за собой изменение оперативных планов. Первоначально предполагалось, что десантные корабли адмирала Соне будут использоваться в ТА №5 для доставки 68-й бригады, в то время как транспорты доставят боеприпасы. Однако, 26-я дивизия была высажена на берег практически без боеприпасов, что совместно с недавними тяжелыми потерями торгового тоннажа вынуждало вице-адмирала Окавати использовать военные транспорты Соне как суда снабжения, в то время как 68-я бригада была вынуждена прохлаждаться в Маниле. Для эскорта имелось немного: всего два эскортных миноносца "Таке" и "Кува", только что прибывшие в Манилу с конвоем из Мако, охотники и небольшой сторожевик.