Стрелковое вооружение самолета вместо предусмотренных проектом 12,7-мм пулеметов состояло из пары 7,7-мм пулеметов «Кольт-Браунинг», снятых со списанных истребителей-бомбардировщиков «Москита» FB Mk.VI. Переход к меньшему калибру позволил увеличить боекомплект, составлявший 650 патронов на ствол. Прицел также взяли «бывший в употреблении» - советский ПБП-16. Два подкрыльевых бомбодержателя были рассчитаны на максимальную нагрузку 150 кг каждый. На них можно было подвесить бомбы ФАБ-50 или ФАБ-100, 150-л напалмовые баки ПЛАБ-150, кассетные бомбы КРТ-150, снаряжаемые 2,4-кг осколочными суббоеприпасами, связки 16-кг осколочных бомб С-8-16 (по 8 единиц в связке), или же 12-зарядные блоки 70-мм НАР FFAR (ранее применявшиеся на истребителях F-86D «Сейбр»). Помимо этого, под каждой консолью крыла имелось по одной направляющей для 127-мм НАР HVAR.
В перечне тактико-технических требований к «Крагую» появилось и новое требование, нехарактерное для ночных штурмовиков периода Второй мировой и Корейской войн. Опыт боевых действий в Индокитае, Алжире, Малайе наглядно показал, что партизанские отряды будут подвергаться постоянной опасности со стороны вертолетных десантов противника. Поэтому на «партизанский самолет» возложили и задачу борьбы с вертолетами. Главным её средством должны были стать 70-мм НАР, поскольку бортовые 7,7-мм пулеметы считались малопригодными для нанесения существенных повреждений винтокрылым машинам.
Первый прототип «Крагуя» с серийным номером 30001 впервые поднялся в воздух с мостарского аэродрома 21 ноября 1962 г. Пилотировал его заводской летчик-испытатель капитан Рудольф Хумар. После короткого цикла заводских тестов 12 декабря 1962 г. его перегнали на аэродром Батайница (севернее Белграда), где испытания продолжились в Авиационном исследовательском центре. По их итогам в конструкцию самолета внесли некоторые изменения. В частности, для улучшения устойчивости была увеличена площадь хвостового оперения. Кроме того, в конструкцию ввели пару длинных реактивных выхлопных патрубков, выходящих под центроплан. Такое решение позволило, во-первых, исключить возможность ослепления пилота пламенем выхлопа, а во-вторых - получить прибавку мощности примерно в 70 л.с. за счет реактивной тяги выхлопа. Эти нововведения опробовали на втором прототипе (с/н 30002), впервые поднявшемся в воздух 23 апреля 1963 г. под управлением капитана Владислава Славуевича. И хотя испытания показали наличие некоторых проблем - в частности, недостаточное охлаждение двигателя и его повышенную шумность, самолет приняли к производству.
В Авиационном исследовательском центре провели также цикл испытаний, направленных на расширение сферы применения «Крагуя». В частности, в 1964 г. было отработано применение самолета с лыжного шасси вместо колесного. Испытывались также подвесные контейнеры, которые размещались на подкрыльевых узлах и позволяли самолету перевозить груз общей массой до 300 кг или даже людей - раненых или курьеров. Разработали и подвесной комплект оборудования для применения самолета в качестве сельскохозяйственного - для опрыскивания посевов (это оборудование испытывалось в конце 1964 г.). Однако ни грузовые контейнеры, ни сельскохозяйственное оборудование не были одобрены к применению, поскольку их подвеска вызывала существенное ухудшение летных качеств самолета. Нереализованным остался и гражданский вариант «Крагуя», предназначавшийся для буксировки спортивных планеров. На этой модификации предполагалось применение чехословацкого мотора «Вальтер» «Минор» 5-III, а её взлетная масса составляла 990 кг - почти на полтонны меньше, чем у базового варианта.
Снаряжение ПУ 70-мм НАР на полевом аэродроме
Пока шли проектирование и испытания «Крагуя», планы командования ВВС и ПВО по закупкам «партизанских самолетов» подверглись существенной коррекции в сторону уменьшения: теперь такими машинами предполагалось вооружить лишь одну эскадрилью. Причиной такого охлаждения интереса стало сопоставление тактико-технических характеристик «Крагуя» с уже строящимся серийно самолетом SOKO 522. Последняя машина, хотя и проектировалась прежде всего как учебная, превосходила «Крагуй» по вооружению (два 12,7-мм пулемета), скоростным качествам (благодаря наличию убирающегося шасси) и гибкости применения (двухместная кабина SOKO 522 позволяла помимо пилота перевозить пассажира или небольшой груз без необходимости применения подвесных контейнеров). В итоге, первый заказ на «Крагуй» ограничили всего 14 экземплярами (с/н 30101-30114). Первые четыре из них были готовы в марте 1967 г., а в следующем месяце машины передали заказчику. Оставшиеся машины были переданы к концу июня 1967 г.