Летом 1586 года священник и ученый Бернардино де Эскаланте, друг Филиппа II, составил меморандум с различными стратегическими альтернативами нападения на Англию. Всего их было три:
1) атака с севера с высадкой в Шотландии;
2) высадка на юго-западном побережье Острова и в Уэльсе;
3) блицкриг из Фландрии.
Все три сами по себе были признаны опасными, поэтому Эскаланте предложил совместить два последних варианта. Предполагалось, что крупная эскадра доберется до Ирландского моря, где установит опорный пункт высадкой либо в Ирландии (Уотерфорд), либо в Уэльсе (Мэлфорт или Хейвен). Пока англичане будут заниматься отражением этого десанта, а планировалась высадка не менее чем тридцати тысяч человек, Фарнезе со своими ветеранами быстро переправится через Ла-Манш, высадится в Эссексе и ударит по Лондону.
План предполагал еще один возможный этап, политический, в зависимости от конкретных успехов этого двойного десанта - смещение Елизаветы. Филипп немного модифицировал план: первый десант высадится в Ирландии, флот останется у пролива Св. Георга, оттягивая на себя английские морские силы в течение, как минимум, двух месяцев, а по прошествии этого времени - неожиданно перебазируется в Ла-Манш и возьмет пролив под контроль (каким образом - неизвестно). Тогда, и только тогда Фарнезе осуществит форсирование Па-де-Кале и высадку. Это добавление вызвало резкую критику со стороны самого Фарнезе. В октябре 1586 года герцог написал Филиппу длинное письмо, в котором недвусмысленно указывал на недостатки предлагаемой двухмесячной задержки между двумя нападениями. И хотя король проявил явное нежелание модифицировать свой план, все же его уверенность была поколеблена. В последующем послании герцог, вполне резонно раскритиковал также элемент, касающийся высадки в Ирландии. Наконец, после многомесячного обсуждения, Филипп смирился. В июне 1587 г. был отброшен вариант с Ирландией, а в сентябре план принял окончательную форму: Армада направляется в Ла-Манш, там встречается с Пармой и защищает его переправу.
Испанский король предложил Фарнезе и Базану (которого уже назначили начальником экспедиции) новые соображения: генерал-капитан берет на борт небольшое (4000 пехоты и 3000 кавалерии) количество войск. Задача Армады - очистить Канал от вражеских кораблей и обеспечить высадку первого эшелона в Англии, которым будет командовать сам де Базан. Далее флот идет в Дюнкерк и грузит второй и третий эшелоны войск, которые уже состоят из фламандских ветеранов. Флотом и войсками в дальнейшем командует Фарнезе.
И де Базан, и Фарнезе были недовольны планом короля. По мнению Базана, Филипп II сильно упрощал ситуацию, но совершенно не исключал минусы плана фламандского наместника. А если первый эшелон будет разбит до прибытия второго? А если бурное море задержит высадку? В конце концов, с учетом последующей переброски армии из Дюнкерка, высадка должна будет планироваться в неудобном Кенте, тогда как в районе Плимута или Саутгемптона высаживать войска гораздо удобнее! И самое главное - зачем эта совершенно непонятная смена командования в самой середине операции?
Базан понимал, что первоначально предложенный им план также не идеален, но все же более реалистичен. Генерал Океана придерживался принципа "все свое вожу с собой". Да, это будет громоздкое соединение разнокалиберных транспортов, но он, как начальник экспедиции, с таким конвоем мог поступать сообразно обстановке, без оглядки на ситуацию во Фландрии. Он мог высадить армию, как в холмистом Корнуолле, так и в низинном Эссексе, а большое количество кораблей позволяло отбить любые атаки и англичан, и голландцев. Таким образом, по мнению генерал-капитана, основным врагом такого гигантского конвоя была исключительно погода.