После вступления в строй М-2 принимала участие в маневрах флота, как в водах метрополии, так и в окрестностях Гибралтара. Единственным происшествием стало крушение самолета, который в 1930 г. упал на пляж в районе Райта. К счастью, не пострадали ни отдыхающие, ни экипаж. В начале 30-х годов подводный авианосец одним из первых был снабжен спасательными аппаратами Дэвиса, правда, до момента последнего выхода в море никто из моряков так и не был научен пользоваться ими.
26 января 1932 г. М-2 отправилась из Портленда на рутинную боевую подготовку. Во время выхода она должна была провести серию погружений с последующим запуском и приемом с воды самолета. Во время этого выхода в море субмариной командовал лейтенант-коммандер Джон Д. де Лите. Это был опытный подводник, прошедший всю Первую мировую войну. Молодой офицер Бен Брайант, некоторое время служивший под его командованием, запомнил последнего командира М-2 таким: "Он мог спать в любое время и в любом месте, когда выдавалась свободная минутка — наверное, самое ценное качество для подводника. Он был высоким и худым, любил пить джин".
М-2 вскоре после впереоборудования в подводный авианосец
М-2 с самолетом Парнелл "Пето" после переоборудования, 1928 г. Обратите внимание на щит 76-мм пушки
Подготовка к запуску гидроплана с подводной лодки М-2. Обратите внимание на легкие переходные мостики сбоку от ангара
М-2 с самолетом Парнелл "Пето" после переоборудования, 1928 г. Обратите внимание на щит 76-мм пушки 12-13 Подготовка к запуску гидроплана с подводной лодки М-2. Обратите внимание на легкие переходные мостики сбоку от ангара 14 Старт гидроплана Парнелл "Пето" с катапульты М-2
Последним донесением с подводного авианосца стал сигнал о готовности к погружению, которое начнется в 10:30.
Радиограммы о всплытии, запланированном на 16:30, не поступило. Около 19 часов начался поиск подводной лодки. На следующий день из Франции пришло сообщение, проливающее свет на то, что произошло с субмариной. Капитан английского торгового судна "Тьюнсайдер" мистер А. Ховард сообщил, что во время перехода из Портленда в Гравлин (Франция) около 11:30 утра наблюдал подводную лодку, которая погрузилась кормой вперед. Для уточнения обстоятельств происшествия и получения точных координат, во французский порт был отправлен эсминец "Скимитэр", но не известно, помогла ли эта информация в поисках погибшей М-2.
Район возможного нахождения субмарины обследовался с помощью гидролокационных станций. 8 февраля подводный авианосец был обнаружен на дне на глубине 31 м. Субмарина лежала на ровном киле, причем корма находилась на грунте, а нос был немного приподнят. Водолазы обнаружили, что открыты двери ангара, люк из ангара внутрь прочного корпуса и рубочный люк.
Используя эту информацию, специалисты представили картину гибели М-2. По их мнению, двери были открыты слишком рано, волна захлестнула ангар, субмарина пошла на погружение. Поднявшийся на мостик командир успел спрыгнуть вниз, но не сумел задраить люк. Распространению воды внутри корпуса способствовало то, что, в обычной готовности переборочные двери не задраивались.
Другие специалисты утверждали, что данная картина маловероятна, поскольку, исходя из показаний капитана торгового судна и изучения корпуса погибшей подводной лодки, она погрузилась кормой, и эта оконечность первой коснулась грунта. Поэтому была высказана альтернативная версия гибели субмарины: она всплыла, были открыты двери ангара, началась подготовка к запуску самолета. По неизвестной причине клапана вентиляции кормовых цистерн оказались открытыми. Поднявшийся на мостик командир заметил, что лодка погружается, но было уже поздно. Вода захлестнула ангар, а так как у субмарины в это время был уже дифферент на корму, она пошла на свое последнее погружение кормой вперед.
Нельзя было исключить возможность аварии вертикальных рулей или их гидравлической системы.
Старт гидроплана Парнелл "Пето " с катапульты М-2
М-3 в 1922 г.
Адмиралтейство приняло решение о подъеме лодки. Заказ на судоподъемные работы был выдан получившей широкую известность работ по подъему немецких кораблей в Скапа-Флоу фирме Эрнеста Кокса. Его инженеры разработали следующий план: герметизация всех отверстий с помощью цемента, затем продувание отсеков сжатым воздухом под давлением. План был простой, и, казалось, ничего не предвещало неудачу. Во время детального обследования выяснилось, что открыт люк в одном из отсеков энергетической установки. Почему это произошло, сказать сложно; наиболее вероятная версия, что в момент катастрофы кто-то из находившихся рядом моряков открыл его, пытаясь спастись, как это было на К-13 во время ее знаменитой аварии. Возможно, этот люк во время всплытия был открыт раньше, чем следовало. Во время подготовки к подъему в ангаре были обнаружены два тела: 18 марта было найдено и позднее поднято на поверхность тело старшего матроса Альберта Якоба, а 1 июля — старшего пилота Лесли Грегори. На погибшем авиаторе был надет полетный комбинезон, а это значило, что на момент гибели субмарины заканчивалась подготовка самолета к вылету.