Забегая вперед, следует отметить, что революция 1890 г. не решила всех назревших проблем, что привело к целой серии восстаний и переворотов, наиболее мощной из которых стала «Революция радикалов» в сентябре 1893 г., приведшая к очередному разделению флота по разные стороны баррикад (флагманом восставших стал монитор «Лос Андес»). Но все эти события практически не коснулись «Патагонии», оказавшейся далеко от зоны боевых действий и сохранившей верность правительству.
«Патагония» на морском параде в Рио-Сантьяго, 1902 г. На крейсера произведена замена артиллерии
В 1891 г. крейсер снова выполняет роль стационера, контролируя судоходство и санитарный контроль в Ла-Плате, после чего для капитального ремонта его отправили в Монтевидео. На обратном пути он снова выполнил траурную миссию по доставке на родину останков героев войны за независимость, умерших в изгнании - бригадного генерала Мартина Родригеса, генералов Феликса де Оласабала и Элиаса Галвана, а также полковника Хуана Кесада.
В период с 1892 по 1899 гг. крейсер постоянно участвует в разнообразных маневрах флота, а на его борту периодически располагалась школа артиллерийских капралов - командиров орудий (Escuela de Cabos de Canon), а в 1894 г., когда в соседней Бразилии разразилась гражданская война, «Патагония» осуществляла контроль над бразильскими кораблями, периодически заходившими в аргентинские территориальные воды.
В 1899 г. очередной капитальный ремонт крейсера совместили с модернизацией артиллерийского вооружения. Желая облегчить корабль, носовое 254-мм и бортовые 152- мм орудия отправились в береговые арсеналы, единственное оставшиеся 152-мм орудие перенесли в нос, спонсоны удалили, а артиллерию на верхней палубе сгруппировали в батарею. Как следствие пришлось несколько перестроить надстройки, что изменило внешний вид.
В последующий за этим период «Патагония» «исколесила» не только ставшим уже привычным район Ла-Платы с Буэнос-Айресом и военно-морской базой в Рио-Сантьяго, но и даже отметилась в составе морского дивизиона Байя- Бланка (Division Naval de Bahia Blanca) на военно-морской базе в Пуэрто-Бельграно. В 1901 г. школа артиллеристов в последний раз разместилась на борту «Патагонии», после чего ее перевели на борт броненосца «Альмиранте Браун».
В 1904 г. крейсер прошел еще один «курс омоложения» в Рио-Сантьяго, совмещенный с капитальным ремонтом. На сей раз, последние представители оригинальной артиллерии отправились на склады, а вооружение стало состоять из носового 152-мм и кормового 120-мм скорострельных орудий. Батарею на надстроечной палубе теперь сформировали восемь новых 75-мм пушек. Старые машины уступили место новым, снятым с корвета «Ла Аргентина». Впрочем, все эти изменения, конечно же, не вернули корабль в первую линию, и в 1905 г. он переходит в ведение гидрографической службы.
В 1908 г., закончив свою очередную кампанию в роли гидрографического судна, «Патагония» была выведена в резерв и разоружена. В ожидании очередной перестройки экипаж корабля сократили до четырех человек. На следующий год корабль прошел, вероятно, самую серьезную перестройку: батарейную палубу продлили в нос и корму, из-за чего в оконечностях пришлось увеличить высоту борта. Из-за изменившихся надстроек в очередной раз перетасовали всю артиллерию и произвели замену мачт с учетом нужд радиотелеграфистов. Поскольку к этому времени корабль явно не смотрелся на фоне новейших крейсеров, его официально переклассифицировали в канонерскую лодку, тем более, что своим вооружением он практически соответствовал новейшим речным канонеркам «Парана» и «Росарио», сформировав с ними «Дивизион канонерских лодок» (Division Canoneras). Именно в этом качестве «Патагония» и приняла участие в грандиозном (разумеется, по латиноамериканским меркам) морском параде, посвященном столетию аргентинской независимости. Но уже вскоре после этого «Патагонию» включили в Третий дивизион флота (Тегсега Division de Mar de la Flota) и отправили с визитом по портам Патагонии и соседней Чили. Проведенное плавание показало, что хотя высота борта и увеличилась, мореходность плоскодонного корабля все равно осталась на низком уровне. В связи с этим, несмотря на серьезные планы, его эксплуатацию пришлось ограничить прикомандированием к артиллерийской школе, а чуть позднее на его борту разместили школу радиотелеграфистов.
Следующий пик активности канонерки выпал на 1911 г., когда она свершила ряд рейсов по рекам Парана и Уругвай. Одновременно на ее борту открылась Школа юнг (Escuela de Grumetes), где будущие моряки практиковались в условиях реального плавании. Из-за старения материальной части гораздо больше времени корабль проводил на якорной стоянке в городе Консепсьон-дель-Уругвай. Во время одной из них, 12 октября 1913 г., местные власти преподнесли в подарок боевой флаг, тем самым установив духовную и эмоциональную связь между городом и канонерской лодкой.
После начала мировой войны, в 1915-1916 гг., «Патагония» осуществляла патрулирование в Ла-Плате, наблюдая за режимом нейтралитета Аргентины. Однако к этому времени годы уже взяли свое, и боевая ценность старого корабля стала чисто условной. Осознавая это, в 1917 г. «Патагонию» подвергли очередной масштабной перестройке, переделав ее в войсковой транспорт. Идея этой переделки могла прийти в голову высоких начальников в 1914 г., когда в ходе маневров аргентинского флота «Патагонию» использовали для переброски войск. В 1915 г. вышел даже специальный Декрет правительства №4, снова классифицировавший полностью устаревший корабль как крейсер! К счастью, логика восторжествовала, и по завершению перестройки, правительственным декретом №285 от 21 декабря 1916 г. корабль переклассифицировали в транспортное судно аргентинского флота.
В работах по этой переделке участвовали не только специалисты Рио-Сантьяго, но и Мастерских Северного бассейна порта Буэнос-Айрес. В результате перестройки размерения судна изменились: длина 68,33 м, ширина 10 м, высота борта 7,58 м, средняя осадка - 3,1 м; валовая вместимость - 1203 брт, чистая регистровая вместимость - 534 нрт. Старые угольные котлы заменили на мазутные, ранее стоявшие на кораблях «Ла Аргентина» и «25 де Майо». В новом качестве скорость транспорта составила около 10 узлов. Корпус перестроили для перевозки войск, хотя фактически обновленной «Патагонии» пришлось заниматься обычными грузопассажирскими перевозками между Ушуайей и Буэнос-Айресом.
Проведенное в 1925 г. освидетельствование показало явно чрезмерные затраты на техническое обслуживание и ремонт окончательного устаревшего корабля, и 16 ноября 1927 г. общим приказом № 205/1927 по Морскому министерству постановлялась «окончательная разукомплектация и последующая продажа» бывшего крейсера. Исходя из приказа, машины и другие ценные узлы демонтировали, превратив «Патагонию» в понтон. Однако добротно сделанный корпус власти базы не спешили продавать на сторону и в период с 1928 по 1934 г. он используется в качестве плавучего склада.
«Патагонии» после модернизации
Корпус «Патагонии» в качестве понтона яхт-клуба «Уругвай»
После длительной переписки министерства и руководства базой, 27 декабря 1935 г. корпус сдавался в аренду яхт- клубу «Уругвай» города Консепсьон-дель-Уругвай. Некоторое время спустя началась буксировка, и 9 марта 1936 г. бывший крейсер занял временное место у казенного склада №6. Наконец, 18 апреля, буксир, специально вызванный из базы Рио-Сантьяго, отбуксировал понтон сначала к зданию муниципалитета, а потом - к предварительно подготовленному месту постоянной стоянки на реке Итапа.