Плохая погода помешала действиям авиации 9 декабря, но 10-го числа 34 истребителя 3-й АГ под командованием капитан-лейтенанта Ёкояама, ведомые 3 С5М, отправились к Маниле на свободную охоту. Около 12.20 истребители появились над целью, чтобы позднее сразиться с Р-40 из состава 17-й и 21-й истребительных эскадрилий, поднятых в воздух для перехвата японских бомбардировщиков, бомбивших Манилу, аэродромы Дель Кармен и Николс, а также военно-морскую базу Кавите. Кроме того, и в этот раз истребители штурмовали неприятельские аэродромы Николс и Ниельсон. Результат, по заявлениям лётчиков, превзошёл все ожидания - 30 машин достоверно сбито в воздухе (и ещё 3 - вероятно), на земле уничтожено 34 самолёта, среди них 6 В-17. Реальность, однако, была вовсе не такой замечательной. Общие потери американцев над Манилой составили всего 11 Р-40, также были сбиты 2 летающие лодки PBY (из 3, заявленных японцами). Точное количество машин, уничтоженных на земле, установить сложнее, но среди них точно не было ни одного В-17, зато была всякая рухлядь вроде старых бомбардировщиков-бипланов В-ЗА или неисправных учебных бомбардировщиков В-10. За эти победы 3-я авиагруппа заплатила жизнями 2 сбитых пилотов (старшина 1-й статьи Тэдзука Токихару и старшина 2-й статьи Кодзима Тамоцу). Кроме того, ещё 16 истребителей получили повреждения, причём 4 из них не смогли дотянуть до аэродрома и были вынуждены идти на вынужденную посадку (2 сели на суше, 2 пришлось садиться на воду). К счастью, все 4 лётчика (включая капитан-лейтенанта Ёкояма, которому пришлось искупаться в море) были спасены.
После очередного перерыва, вызванного погодой, 12 декабря одинокий С5М повёл 25 А6М из 3-й АГ (командир - капитан-лейтенант Куросава Такэо) к Маниле с задачей обеспечить прикрытие бомбардировщиков, наносивших удары по аэродромам. У аэродрома Кларк истребители 3- й АГ столкнулись с 8 Р-26 из состава 6-й филиппинской истребительной эскадрильи. Казалось, результат боя трёхкратно превосходящих по численности новейших японских истребителей с опытными пилотами против устаревших Р- 26 с неопытными пилотами-филиппинцами предрешён. Так оно и выглядит по японским заявкам о победах - 8 сбитых. Но в действительности японцам удалось сбить только 2 Р- 26 (1 пилот погиб), а ещё 1-2 Р-26 были повреждены. Кроме того, ещё один филиппинский пилот погиб, когда А6М сбили его Р-26, возвращавшийся из разведывательного полёта. Не лучше выглядит и сравнение заявленных результатов штурмовки эскадрильей 3-й авиагруппы гидроаэродрома в бухте Субик. Общее число сожженных летающих лодок было даже больше, чем заявили лётчики 3-й АГ (7 против 6)... но за час до этого гидроаэродром в бухте Субик уже проштурмовали «Рэйсэны» из авиагруппы «Тайнан», которым и надлежит записать как минимум большинство из уничтоженных РВУ. По крайней мере, в этот день 3-я АГ не понесла потерь.
На следующий день 15 А6М (командир - капитан-лейтенант Мукаи Итиро) и 1 С5М снова участвовали в прикрытии бомбардировщиков, наносивших удары по аэродромам. Убедившись, что бомбардировщики отбомбились без помех, истребители произвели штурмовку аэродрома Дель Кармен, заявив об уничтожении на земле 13 самолётов (из них 4 Р- 40 и 9 учебных машин) плюс повреждении ещё 7 Р-40. За это авиагруппе пришлось заплатить 2 А6М, из которых один был сбит прямо над аэродромом, а второй вынужден был пойти на вынужденную посадку у Вигана. Пилот первого самолёта (старшина 2-й статьи Судзуки Канэо) был убит (по одной из версий, филиппинский солдат поразил его в полёте прямо в голову одним выстрелом из своей винтовки), пилот второго (старшина 1-й статьи Оосуми Фумио) был серьёзно травмирован при посадке.
Как видно, 3-я авиагруппа добилась в первых боях над Филиппинами неплохих результатов - чего, впрочем, и следовало ожидать, исходя из количественного и качественного превосходства японцев, а также безобразного управления авиацией со стороны американского командования. Однако каких-либо выдающихся результатов 3-я авиагруппа не добилась, несмотря на элитный личный состав и современную матчасть (в боях над Филиппинами участвовали только новые А6М).
Впрочем, даже «не выдающихся» успехов японской авиации хватило, чтобы разгромить американскую авиацию и обеспечить высадку десантов на Филиппинах. При этом течение второй половины декабря обеспечение окончательного захвата Филиппинских островов всё больше принимали на себя авиачасти японской армии, высвобождая флотские авиагруппы для переброски на юг для захвата Нидерландской Ост-Индии (нынешняя Индонезия). 23 декабря передовой эшелон 3-й АГ отправился с аэродрома Такао на аэродром Давао (остров Минданао), причём большая часть авиагруппы закончила перебазирование к 29 декабря.
Уже 26 декабря 6 истребителей 3-й авиагруппы под командованием капитан-лейтенанта Кавадзоэ Тосидада атаковали гидроаэродром на озере Тондано у Менадо (остров Целебес), уничтожив там 5 голландских летающих лодок: 4 Do-24 морской авиации и 1 S-43B авиакомпании KNILM. Два дня спустя 7 А6М Кавадзоэ, ведомые С5М, атаковали аэродром Таракан (остров Борнео), где их пытались перехватить голландские истребители В-339 «Буффало». Японцы сбили три вражеских самолёта, а голландцам в отместку удалось незначительно повредить только один «Рэйсен».
Крупнейшей операция января 1942 г. для 3-й авиагруппы стало участие в комбинированной (морской и воздушной) десантной операции по захвату Менадо, начавшейся 11 января. 12 января, истребители из состава авиагруппы были отправлены из Давао к Менадо для прикрытия десантов с воздуха. Прикрытие оказалось очень кстати, поскольку в тот день две группы австралийских «Гудзонов» пытались атаковать корабли у Менадо. Одной группе (из 3 машин) удалось отбомбиться безнаказанно (но и безрезультатно), а вот во второй группе из 5 машин уцелела только одна - остальные были сбиты истребителями 3-й АГ с помощью гидросамолётов 11-й дивизии авианосцев (гидроавианосцы «Титосэ» и «Мидзухо»). При этом 1 А6М из-за нехватки топлива был вынужден пойти на вынужденную посадку на аэродроме Менадо.
После захвата Менадо туда была немедленно переброшена передовая группа 3-я АГ для обеспечения захвата другой важной базы Союзников в том регионе - острова Амбон. 15 и 16 января самолёты авиагруппы атаковали остров, сбив в воздухе 2 В-339 и 2 РВУ (кроме того, возможно, что 1 ранее повреждённый «Гудзон» был уничтожен ими на земле). На следующий день 5 американских бомбардировщиков были отправлены из Кендари бомбить залив Менадо и расположенный неподалёку аэродром Лангоан. Однако 3-я АГ была настороже, и никаких успехов американцы не добились, потеряв, вдобавок, 3 бомбардировщика (1 В-17 и 2 LB-30 (экспортная версия В-24)), повреждённые настолько, что их пришлось бросить после вынужденных посадок. Тем временем к 19 января 3-я авиагрупа закончила перебазирование на Менадо, увеличив количество А6М на аэродроме до 51, из них 41 машина была в полной боевой готовности.
Истребители 3-й АГ собираются после взлёта нал островом Целебес, 1942 г.