Несмотря на все старания и эксперименты с составом краски, да Винчи все-таки не удалось произвести революцию в написании фресок. Обычно подразумевалось, что они делаются для того, чтобы радовать глаз многие века, а разрушение красочного слоя «Тайной вечери» началось еще при жизни живописца. И уже в середине XVI века Вазари упоминал, что «не видно ничего, кроме путаницы пятен».
Многочисленные реставрации и попытки спасти роспись авторства легендарного итальянца только усугубляли потери. Британский искусствовед Кеннет Кларк в 30-х годах прошлого века исследовал подготовительные эскизы и ранние копии «Тайной вечери», выполненные художниками, принимавшими участив ее создании. Он сравнил их с тем, что осталось от фрески, и его выводы были неутешительны: «Преувеличенно гримасничающие лица, словно сошедшие со «Страшного суда» Микеланджело, принадлежали кисти немощного маньериста XVI века».
Последняя и наиболее масштабная реставрация была окончена в 1999 году. Она заняла около двух десятков лет и потребовала вложения более 20 миллиардов лир. И немудрено: реставраторам предстояла работа тоньше ювелирной: требовалось удалить все слои ранних реставраций, при этом не повредив те крохи, что остались от первоначальной росписи. Руководитель реставрационных работ вспоминал, что с фреской обходились так, «словно она была настоящим инвалидом».
Сегодня «Тайная вечеря» все-таки ближе к тому, что видели перед собой монахи монастыря Санта-Мария-делле-Грацие во время трапезы. Главный парадокс заключается в том, что одно из самых знаменитых и узнаваемых произведений искусства в мире содержит всего лишь не более чем 20 процентов от оригинала. По сути, сейчас это воплощение коллективной интерпретации замысла Леонардо да Винчи, полученной путем кропотливых исследований и анализа всей доступной информации.
Интерес к человеческой анатомии Леонардо начал проявлять в конце 1480-х, когда он был придворным художником Лодовико Сфорца, правителя Милана. На первой странице нового манускрипта, известного сейчас под названием «Анатомический манускрипт В» да Винчи поставил дату «Второй день апреля 1489». На 44 страницах художник сделал несколько точных и изящных рисунков человеческого черепа. Однако в те годы у Леонардо было слишком мало доступа к анатомическим материалам, которые он мог бы изучать. Поэтому на некоторое время он переключился на другие проекты: огромный конный монумент отца Лодовико Сфорца, украшение комнат в замке герцога и, конечно, «Тайную вечерю».
Вернуться к изучению анатомии да Винчи побудила работа над фреской «Битва при Ангиари». Для того чтобы достоверно изобразить динамичные фигуры всадников, художнику требовалось досконально исследовать работу мускулатуры. К началу 1500-х он уже был настолько влиятельной фигурой, что ему позволялось самому проводить вскрытия: чаще всего ему для этого предоставляли тела казненных преступников (всего он провел около 30 вскрытий). Можно сказать, что с этого момента Леонардо из художника, интересующегося наукой, превратился в ученого с художественными талантами.
Несмотря на то что Леонардо был далеко не единственным художником эпохи Возрождения, изучавшим человеческую анатомию, его интерес к этой области науки был гораздо более глубоким. В последние годы жизни да Винчи был по-настоящему одержим работой и строением сердечных клапанов. Он создал стеклянную модель аортального клапана, через которую пропускал воду с семенами, и наблюдал за движением жидкости, фиксируя особенности работы клапана. Леонардо создал эту модель в 1513 году, а после него подобные исследования начнут проводиться лишь в ХХ веке.
К сожалению, да Винчи так и не удалось опубликовать ни одно из своих анатомических исследований. После смерти художника в 1519 году около 6500 страниц из его трактатов рассредоточились по всей Европе. К 1690 году почти все известные анатомические зарисовки да Винчи были собраны в британской Королевской коллекции, однако никто не придавал им особого значения и не публиковал их вплоть до конца XIX века. Поэтому огромное количество исследований и открытий, совершенных Леонардо за несколько столетий до этого, так и не вошли в историю науки.
В 1513 году, после долгих лет переездов между Миланом и Флоренцией, Леонардо да Винчи оказывается в Риме. Покровитель художника Джулиано Медичи и брат новоизбранного Папы Льва Х предоставил Леонардо комнаты в Бельведерском дворце в Ватикане. Медичи финансово поддерживал да Винчи, но не делал ему никаких серьезных заказов, в то время как остальные известные художники и скульпторы того времени переживали настоящий подъем творческой активности. В 1515 году французы снова захватили Милан, и Леонардо получил от короля Франциска I необычный заказ: ему предстояло сконструировать фигуру механического льва, который мог ходить, а в его груди открывалась камера, заполненная лилиями. Восхищенный мастерством да Винчи, король Франциск предложил ему место «Главного художника, инженера и архитектора короля».