Асара был человеком необыкновенным — образованным, талантливым. Артигас работал вместе, с ним и вскоре, оставив оружие, взял в руки инструменты землемера. Он начал руководить постройками новых домов, а также скотобойным промыслом для снабжения населения.
К сожалению, в этот короткий период мирной и созидательной деятельности произошел очередной разрыв отношений между Испанией и Португалией, в результате которого были изменены существовавшие пограничные линии. Португальцы немедленно вторглись в только что созданное поселение. Асара, будучи человеком осторожным, приказал оставить эти места, Артигас же был готов защищать Сан-Габриэль до последнего. Однако в это время он получил указание возвращаться в Монтевидео. Здесь он провел почти целый год (1802), так как здоровье его сильно пошатнулось.
К этому времени относится начало его романа с его двоюродной сестрой Рафаэлой Росалией Вильягран, дочерью доньи Франсиски Артигас, сестры его отца. Артигас чувствовал себя очень усталым от многих лет тяжелой походной жизни. У него обнаружились ревматизм и артрит, которые, как видно из медицинских документов, не поддавались лечению. Поэтому он решил остаться в Монтевидео, чтобы отдохнуть и подлечиться.
Монтевидео, где он давно не был, изменился очень мало. Каждый новый губернатор пытался применять более строгие меры, чем его предшественник, отчего, однако, не было никакой пользы; власть Испании становилась все более слабой. Олагера-и-Фелиу на посту губернатора сменил Хосе Бустаман-те-и- Герра, человек более прогрессивных взглядов. Он сразу же оценил экономическое значение порта Монтевидео и будущее этого города и принялся за его переустройство. Он улучшил состояние улиц, очистил окружавшие город пустыри, привел в порядок общественные здания. В начале XIX века в Монтевидео насчитывалось свыше 15 тысяч жителей — больше трети всего населения Восточной провинции, составлявшего 40 тысяч человек. И хотя соседний порт Буэнос-Айрес был больше и по значению и по количеству населения, Монтевидео ни в чем ему не уступал. Сотни больших пароходов входили в его прекрасную гавань, не считая множества каботажных суденышек, способствовавших развитию прибрежных поселений.
Политика Бустаманте, направленная на развитие Монтевидео, не мешала ему со вниманием относиться к делам сельских местностей. А положение там было тяжелое. После роспуска ополчения — этого неутомимого и упорного стража — снова начались прежние беды: вторжение португальских захватчиков, нападения индейцев, рост контрабанды. Снова началась анархия, и жизненные интересы страны оказались в опасности.
Тогда вспомнили об Артигасе и обратились к вице-королю Ла-Платы Собремонте с просьбой послать Артигаса для борьбы с бандитизмом. Собремонте ответил согласием, и Артигас взялся за дело. Действовал он, как всегда, блестяще — ловил бандитов, приводил в панику тех, кто еще не попал в его руки. И снова в сельских местностях воцарилось спокойствие.
Возвратившись в Монтевидео после этой блестящей кампании в марте 1803 года, Артигас доложил полковнику Лекоку о выполнении задания и попросил его посредничества перед вице-королем для получения отпуска, чтобы восстановить здоровье, тем более что знакомый хирург обещал вылечить его без всякого вознаграждения. Зная о болезнях Артигаса и сочувствуя ему, Лекок согласился.
24 октября 1803 года Артигас написал прошение уже об отставке, перечислив все трудности, которые ему пришлось перенести на протяжении последних шести лет и которые подорвали его здоровье. Он подтверждал это соответствующими медицинскими документами. Он писал также, что глубоко опечален невозможностью продолжать службу. Ответ от имени испанского короля был вручен ему 19 июня 1804 года. В отставке ему было отказано.
В этом же году Артигас был вынужден вернуться на службу. Его многочисленные доклады этого периода свидетельствуют о том, что он продолжал вести неустанную борьбу по очищению местности от преступников. Чаще всего он находился в районе Такуарембо и холмов Трес-Крусеса, жители которого постоянно просили о помощи Артигаса и его оборванных ополченцев, которые даже не находили себе достаточно пищи, так как португальцы систематически уводили отсюда скот. Нередко он получал специальные приказы непосредственно от нового губернатора — Паскуаля Руиса Уидобро, что вызывало недовольство испанских офицеров, считавших, что Артигасу предоставляется слишком большая свобода действий.
Когда подполковник Франсиско Хавьер де Виана (сын первого губернатора Монтевидео), для которого не существовало никаких преград в военной карьере, был назначен начальником карательной экспедиции, отправившейся в конце 1804 года в глубь страны, Артигас со своим отрядом вошел в состав его войска. Виана отдавал себе отчет, что ему не хватало не только военных сил, но и знания местности; поэтому помощь Артигаса была ему крайне необходима. Артигас со своими сорока двумя всадниками, одетыми в лохмотья, присоединился к отрядам Вианы в апреле 1805 года и вместе с ними вел мужественную борьбу против индейцев чарруа и минуанов. Единственным вознаграждением, которое Артигас получил за эту длительную службу, было никому не принадлежавшее поле в районе Сальто. Это поле было крохотным куском земли, прижавшимся к огромным владениям, которые захватили отец его командира и сам командир.
Здоровье Артигаса все время ухудшалось. 20 марта 1805 года из лагеря в Такуарембо-Чико он вновь направил петицию — на сей раз уже об окончательной отставке из армии. Хирург, находившийся при экспедиции Вианы, подтвердил, что Артигас не в состоянии продолжать военную службу из-за расшатанного здоровья. Отставка его была принята, и ему было предоставлено право пользоваться военными привилегиями и право ношения военной одежды. Для Артигаса началась новая жизнь гражданского человека.
В сентябре 1805 года отец Артигаса отправляет из своего поместья письмо Дамасо Антонио Ларраньяге, священнику в Монтевидео, с просьбой начать переговоры о браке своего сына. Месяц спустя невеста передала в распоряжение Совета офицерских вдов три тысячи песо — таково было правило, установленное для женщин, вступавших в брак с военными. Свидетелем при этом был Бартоломе Идальго — в будущем известный поэт, связанный с семьей Артигасов давними узами Дружбы.
23 декабря Ларраньяга сочетал браком офицера ополчения Хосе Артигаса с Рафаэлой Росалией Вильягран, уроженкой Монтевидео. Церемония бракосочетания была весьма скромной, как вообще все, что он делал в своей жизни. Рафаэла Росалия стала второй женщиной, которая вошла в жизнь Артигаса. Первая из них, Исабель Веласкес, из испанской семьи в Сан- Доминго-де-Сориано, умерла незадолго до этого. От этого союза, как говорили, остался сын Мануэль, которому тогда было 14 лет. Артигас всегда заботился о сыне и помогал ему до последнего дня своей жизни на родине.
Так как Артигас был уволен с действительной военной службы, губернатор Руис Уидобро, покровительствовавший Артигаеу, назначил его офицером сторожевой службы, охранявшей местность от Кордона до Пеньароля. В эту должность Артигас вступил во время своего медового месяца.
Артигас в борьбе против английской интервенции
Неразумная политика Испании в отношении Англии все больше способствовала английским планам колониального проникновения в Испанскую Америку. Великобритания становилась теперь первым в мире центром промышленности и банковских операций. Уже давно намеревалась она вторгнуться на этот континент через Ла-Плату. Разбив в 1805 году у Трафальгара франко-испанскую эскадру, Англия стала владычицей морей. Обеспечив за собой всю торговлю с Ост-Индией и завладев базой на юге Африки, Англия теперь решила начать осуществление своего плана. При этом сыграли свою роль благоприятные сообщения английских торговцев в Буэнос- Айресе о незащищенности города и антииспанских настроениях населения. Во главе экспедиции стал адмирал Пофем, его помощниками были Верд и Кэрр Бересфорд. Экспедиция тронулась в путь. Подойдя к Монтевидео и обнаружив, что порт хорошо защищен и укреплен, она направилась дальше, к Буэнос- Айресу, который был атакован и взят в июне 1806 года без всякого сопротивления.