Комплектование Военного отдела ВЧК проходило не без трудностей. Сказывалась нехватка надежных и опытных кадров. Получил назначение в этот отдел и А. X. Артузов, инженер-металлург по образованию. Он не без основания считал себя учеником Кедрова. Был знаком с ним с гимназической поры, под его личным влиянием пришел в революцию. Он возглавил особое бюро при Московском окружном военном комиссариате. Это чекистское подразделение участвовало в проверке бывших офицеров до зачисления их на службу в части и учреждения Красной армии. Во второй половине декабря 1918 года в Военном отделе ВЧК было создано военно-регистрационное бюро, которое приступило к регистрации бывших офицеров.
Деятельность ЧК на фронтах и в армиях встречала подчас возражения со стороны комиссаров, создававшихся в тот период армейских политических органов. В таком реагировании сказывались в определенной мере последствия и отзвуки необъективных суждений о чекистской работе в ходе дискуссии о ВЧК. Так, деятельности Кедрова противостояли с одной стороны враги, а с другой — свои.
В первый период своего руководства Особым отделом ВЧК Кедрову пришлось столкнуться с открытым саботажем медицинских работников. В начале 1919 года по всей стране была объявлена мобилизация медицинского персонала для отправки на фронт. Эту мобилизацию некоторые медицинские работники встретили в штыки. Под разными предлогами они не являлись на медкомиссии для освидетельствования или предъявляли «документы», освобождающие от призыва в армию за «непригодностью». Такой «документ» в те времена нетрудно было купить на Сухаревском рынке. В середине мая 1919 года группа работников Особого отдела ВЧК во главе с М. С. Кедровым была направлена в Петроград, с заданием обезвредить силы внутренней контрреволюции, связанной с иностранными миссиями. Незадолго до этого были подавлены восстания на фортах Серая Лошадь и Красная Горка. Для проведения этих операций Кедров имел мандат от Дзержинского, дававший ему широкие полномочия. В состав группы входили работники следственного органа Особого отдела ВЧК Владимир Дмитриевич Фельдман, Иоган Фридрихович (Иван Федорович) Тубала, старший сын Кедрова Игорь Михайлович и несколько латышских стрелков. Позднее в Петроград приехал заместитель Кедрова по особому отделу Иван Павлович Павлуновский. Вся работа группы осуществлялась через Петроградскую ЧК, которую возглавлял тогда Филипп Демьянович Медведь (все вышеуказанные чекисты в конце тридцатых были расстреляны).
М. С. Кедров разработал остроумный и весьма эффективный план вылавливания Петроградских контрреволюционеров. Идея плана основывалась на том, что многие иностранные посольства и миссии в Петрограде превратились в своеобразные центры контрреволюции. Для врагов советской власти они стали местом явок. Здесь они получали оружие и продовольствие, информацию. По всему городу одновременно были произведены массовые обыски в буржуазных кварталах, в пустующих зданиях, подвалах и на чердаках. Операция была неожиданной для контрреволюционных заговорщиков, и это способствовало ее успеху. Иностранные посольства и миссии в обычных условиях пользуются правом экстерриториальности. Но в данном случае иностранные послы и консулы столь грубо попирали все нормы международного права, так нагло и открыто вмешивались во внутренние дела нашей страны, что выход оставался единственный. Решено было одновременно занять все без исключения иностранные миссии и посольства и устроить там засады, задерживая всех приходящих. Расчет оказался правильным. За несколько суток удалось захватить большое количество бывших офицеров, членов знатных фамилий и других лиц, участвовавших в подготовке контрреволюционного выступления в Петрограде.
Кедров сам участвовал в организации засад, а затем и в допросе арестованных. При этом Михаил Сергеевич строго следил за тем, чтобы в отношении кого бы то ни было не допускались грубость и насилие. Сам Кедров по отношению к арестованным держался очень корректно.
— Моя группа стала производить обыск в доме номер четыре по Строгановской улице, в особняке швейцарской миссии, — вспоминал впоследствии Кедров. — В кладовках у «нейтральных» швейцарцев оказалось шестьдесят девять револьверов разных систем, один маузер, четыре охотничьих ружья, много опечатанных в ящиках патронов и снаряженных обойм…
Группа Кедрова уже в другом месте обнаружила замурованные в подвале двести с лишним ящиков и сейфов с серебряными изделиями фирмы Фаберже и несметное количество часов разных марок, сданных на хранение питерскими капиталистами.