Ошибки временного руководства первым ополчением в плане устройства судьбы беглых крестьян, холопов, отстранение атаманов и казаков от управления — раскололо единство патриотов, ослабило их военную силу, взять Москву они уже не решились. Впрочем, партизанская война против поляков не прекращалась.
В сентябре 1611 года со страстным призывом помочь «Московскому государству» выступил в Нижнем Новгороде посадский староста, торговец мясом Кузьма Минин. Горожане горячо отозвались на призыв, отдали пятую часть своего имущества на нужды второго ополчения Воеводой избрали князя Дмитрия Пожарского, уже отличившегося в уличных боях в Москве. «Заводчика» Кузьму Минина определили войсковым казначеем и в дальнейшем о нем писали и говорили, как о «выборном человеке всея земли».
Начинается сплочение городов в едином порыве. Они призывают друг друга: «быти в любви и в совете и в соединении друг другом… в том крест целовати меж себя, что нам с вами, а вам с нами и ожить и умереть вместе; и за истинную христианскую веру на разорителей нашея христианские веры, на польских и литовский людей и на русских воров стояти крепко… а потом… выбрати нам на московское государство государя земли Российския державы».
Ядром второго ополчения стали ушедшие из Арзамаса смоляне, дорогобужане, вязьмичи, арзамасцы. Шла в ополчение арзамасская мордва. В это трудное время казанский митрополит обратился к татарам и марийцам с призывом освободить Москву от поляков. Марийцы и татары начали вливаться в Нижегородское ополчение. В феврале собранное войско пошло из Нижнего сначала к Костроме, а потом к Ярославлю. Здесь и создали «Совет всей земли». Армия Пожарского значительно возросла, готовилась к боям.
Патриарх Гермоген звал народ в ополчение, поднимал значение Москвы как центра православия, призывал спасти первопрестольную: «Здесь образ Божией Матери, который святой Лука написал. Здесь великие светильники и хранители — Петр, Алексей и Иона чудотворцы. Или вам, православным христианам, все это нипочем?!»
Михаил Салтыков от имени бояр начал уговаривать, настаивать на том, чтобы патриарх Гермоген отправил от своего имени грамоту ополченцам с запрещением подходить к Москве. Высший духовный пастырь отказался выполнить требование, сказал: «Да будет им (ополченцам) от Бога милость и от нашего смирения благословение; на вас же изменниках да излиется от Бога гнев и от нашего смирения будьте прокляты в сем веце и в будущем».
Продажные бояре заточили Гермогена в темницу и уморили голодом в Чудовом монастыре. Он скончался 17 февраля 1612 года.
В августе ополчение во главе с князем Дмитрием Пожарским стояло уже возле Москвы. Приход земской рати испугал казаков атамана Заруцкого, и две тысячи их ушли из столицы в Калугу. У Москвы помощью Пожарскому стояли казаки князя Дмитрия Трубецкого, а его прежний сподвижник Прокопий Ляпунов, подозреваемый во враждебных умыслах, еще в июне 1611 года был зарублен.
Подошедший к Москве гетман Ходкевич рвался к Кремлю, чтобы выручить поляков. Казаки князя Трубецкого не раз меняли настроение, колебались во время решающего боя — зорко следили, за кем будет перевес… 24 августа в критическую минуту, когда поляки, казалось, одолеют, Кузьма Минин выпросил у князя Дмитрия Пожарского отряд в триста воинов, дерзко ударил у Крымского брода на конных и пеших поляков Ходкевича. Минину помогли другие ополченцы, и гетман, потерявший в бою до пятисот человек, отступил начально к Донскому монастырю, а потом, бросив свой обоз, побежал к Вязьме…
22 октября патриоты штурмом взяли Китай-город. Поляки в Кремле стали голодать, а 26 октября сдались. Родная Москва была освобождена!
Когда после благодарственного молебна на Лобном месте Красной площади русские вошли в Кремль с иконой Владимирской Богоматери, они с ужасом увидели «поруганные и оскверненные всякою мерзостью церкви, рассеченные на части образа с продырявленными очесами, ободранные и разоренные престолы». И это надругались над русскими святынями католики, якобы христиане!