Американских и наших конструкторов вынудила устанавливать торпеды таким образом необходимость заполнения носовой части лодки громадной сферической антенной гидроакустического комплекса.
Подбирая в свой штаб людей, Дениц обращал внимание, прежде прочего, на умение работника мыслить творчески, проявлять инициативу. В первую очередь он отдавал предпочтение офицерам с недюжинным умом и увлеченностью каким-нибудь направлением развития «Кригсмарине». Разумеется, верность идеям фюрера играла не второстепенную роль (однако не главную). По мнению многих командиров лодок, самым «рьяным» нацистом был прославленный В. Лют. Однако Дениц решил, что Лют больше подходит на роль руководителя Центра подготовки подводников, и в свой штаб его не пригласил. В то же время О. Кречмеру, не являющемуся членом нацистской партии, он неоднократно предлагал службу в штабе.
Надо сказать, что особых трудностей у Деница с подбором немногочисленных работников штаба не было, т. к. он хорошо знал командиров лодок: со многими из них он ходил в море (особенно в период формирования первых флотилий), обучая их оперативно-тактическому мастерству.
Первой флотилии подводных лодок, организованной штабом «Кригсмарине», было присвоено имя прославленного подводника Отто Веддигена, который во время Первой мировой войны потопил 3 броненосных крейсера и повредил еще один всего за несколько минут, Впоследствии он погиб от атак английских эсминцев.
Вторая флотилия лодок была названа в честь другого героя-подводника Первой мировой войны — Йоханнеса Лоса.
В дальнейшем наименование флотилий в честь прославленных подводников вошло в практику и было отменено только в конце 1942 г.
Третьей флотилии было присвоено имя героя-подводника Барнхарда Вегенера. Четвертой — Паулуса Гундиуса. Пятой — Ганса Иоахима Эмсмана и т. д.
После отмены практики присвоения флотилиям персональных имен подводников было дано право особо отличившимся флотилиям, а также некоторым выдающимся командирам лодок иметь свою эмблему.
Кроме флотилий, в состав подводных сил входило несколько специальных групп:
— Группа подводных лодок специального назначения — носители ударных мини-лодок для действий против кораблей Северного флота Советского Союза;
— Испытательная группа новых лодок, в частности, ПЛ «XIII» и «XXI» серий;
— Учебная группа по подготовке технических специалистов;
— Группа экспериментальных лодок (с парогазовыми турбинами Вальтера);
— Отдельные учебные группы в Балтийском море.
Надо отметить, что особое внимание в учебных группах по подготовке технических специалистов уделялось специалистам по радиолокации, гидроакустике, гироскопии, радиоразведке, шифровальщикам и т. д.
Из последних 3 флотилий 31-я была сформирована в сентябре 1943 г. и базировалась на Вильгельмсхавен (г. Киль).
32-я флотилия была сформирована в августе 1944 г. в Кенигсберге. С января 1945 г. была переведена в Гамбург.
Последняя 33-я флотилия была сформирована в начале 1944 г. во Флексбурге, под названием группа «Дальний Восток». В нее входили крейсерские подводные лодки «IX» серии, минные заградители серии «X В», лодки, находящиеся в дальневосточных морях и Тихом океане. Сюда же входили и бывшие итальянские лодки. С марта 1944 г. штаб флотилии базировался на Панангу, затем на Пенанг, Батавию, Джакарту. Последнее место базирования штаба этой флотилии — Кобе (Япония).
В отличие от военно-морских штабов других стран личный состав ОКБ за время войны изменился мало. Кое-какие изменения произошли только в конце войны, когда возник настоящий кадровый «голод» на командиров лодок. Неслучайно Дениц некоторых своих помощников вынужден был направить командирами лодок, чтобы они смогли показать молодым командирам образец командирского мастерства, которому надо следовать. Чтобы продемонстрировать «выдающиеся» качества новых лодок «XIII» и «XI» серий и «вдохновить подводников на новые подвиги во славу Великой Германии».
Особое значение Дениц придавал Восьмой флотилии подводных лодок, сформированной в 1940 г. и базировавшейся на Пиллау (в районе Кенигсберга). В феврале 1942 г. эта флотилия была перебазирована в Данциг. Именно она была основой учебного Центра подготовки подводников и всегда имела в своем составе от 20 до 30 подводных лодок. В этой флотилии до 1945 г. проходили подготовку до 100 экипажей для вновь строящихся субмарин. Именно личный состав этого самого крупного в Германии Центра подготовки подводников вместе с личным составом экипажей (и их командиров) для новых лодок отправил на дно командир советской подводной лодки «С-13» Александр Маринеско, потопив плавбазу подводных лодок «Вильгельм Густлоф».